Diversités phénotypique et moléculaire des microsymbiotes du Sulla du nord (Hédysarum Coronarium L. ) et sélection de souches rhizobiales efficientes

• DEDICACES
  
• Remerciements
  
• Sommaire
  
• Résumé
  
• Summary
  
• Liste des tableaux
  
• Liste des figures
  
• Liste des abréviations
  
• Introduction
  
• REVUE BIBLIOGRAPHIQUE
  
• 1. Les légumineuses
  
  • 1. 1. Les Caesalpinoideae
    
  • 1. 2. Les Mimosoideae
    
  • 1. 3. Les Papilionoideae
    
  • 1. 4. Le sulla du nord : Hedysarum coronarium L.
    
    • 1. 4. 1. Ecologie et distribution
      
    • 1. 4. 2. Potentiel fourrager
      
    • 1. 4. 3. Intérêts environnementaux
      
    • 1. 4. 4. Exportation des éléments majeurs et fertilisation
      
• 2. La diversité des rhizobiums
  
  • 2. 1. La rhizosphère
    
  • 2. 2. Les rhizobiums
    
  • 2. 3. Les microsymbiotes du sulla
    
  • 2. 4. Caractérisation des rhizobiums
    
    • 2. 4. 1. Caractérisation phénotypique
      
      • 2. 4. 1. 1. La croissance
        
      • 2. 4. 1. 2. Les critères symbiotiques
        
      • 2. 4. 1. 3. Tolérance à la salinité
        
      • 2. 4. 1. 4. Tolérance au pH
        
    • 2. 4. 2. Caractérisation moléculaire des rhizobiums
      
  • 2. 5. Distribution des rhizobiums et choix des sites de collecte
    
• 3. Symbiose Légumineuse/Rhizobium
  
  • 3. 1. La nodulation
    
    • 3. 1. 1. Historique de la nodulation
      
    • 3. 1. 2. Les étapes de la nodulation
      
      • 3. 1. 2. 1. Echange de signal d'infection
        
      • 3. 1. 2. 2. Infection
        
      • 3. 1. 2. 3. Développement du nodule et maturation des bactéroïdes
        
    • 3. 1. 3. Morphologie des nodules
      
    • 3. 1. 4. Génétique de la nodulation
      
  • 3. 2. Spécificité symbiotique
    
  • 3. 3. Efficience symbiotique
    
  • 3. 4. Facteurs influençant la fixation symbiotique
    
    • 3. 4. 1. Facteurs abiotiques
      
      • 3. 4. 1. 1. Le pH du sol
        
      • 3. 4. 1. 2. Le stress salin
        
      • 3. 4. 1. 3. Le stress hydrique
        
    • 3. 4. 2. Effet des techniques culturales sur la fixation symbiotique
      
      • 3. 4. 2. 1. Effet de la fertilisation chimique
        
      • 3. 4. 2. 2. Effet du travail du sol
        
      • 3. 4. 2. 3. Effet des traitements phytosanitaires
        
  • 3. 5. Effet des bactéries amélioratrices de la croissance des plantes
    
  • 3. 6. Formes et qualité des inoculums
    
• MATERIEL ET METHODES
  
  • 1. Sites de collecte des rhizobiums
    
  • 2. Conduite des cultures au niveau des champs de production de semences
    
  • 3. Caractérisation agronomique et symbiotique du sulla cultivé
    
    • 3. 1. Hauteur de végétation
      
    • 3. 2. Biomasse sèche
      
    • 3. 3. Semences en gousses
      
    • 3. 4. Protéines brutes
      
    • 3. 5. Paramètres de nodulation et collecte des rhizobiums
      
    • 3. 6. Conservation des Rhizobiums
      
      • 3. 6. 1. Conservation des nodules par déshydratation
        
      • 3. 6. 2. Conservation des isolats bactériens
        
      • 3. 6. 3. Conservation dans le glycérol
        
    • 3.7. Analyse des données
      
  • 4. Etude de la diversité des microsymbiotes du sulla
    
    • 4. 1. Caractérisation phénotypique
      
      • 4. 1. 1 Infectivité des isolats
        
      • 4. 1. 2. Critères morphologiques
        
      • 4. 1. 3. Critères physiologiques des colonies
        
      • 4. 1. 4. Analyse numérique
        
    • 4. 2. Caractérisation moléculaire
      
      • 4. 2. 1. Extraction de l'ADN bactérien
        
      • 4. 2. 2. Evaluation de la diversité génétique des isolats de la collection par Rep-
        
      • PCR
        
      • 4. 2. 3. Identification moléculaire par PCR-RFLP de l'ADNr 16S
        
      • 4. 2. 4. Séquençage du gène de l'ADNr 16S
        
      • 4. 2. 5. Analyse numérique
        
  • 5. Evaluation de l'efficience symbiotique des isolats de la collection
    
    • 5. 1. Conduite de l'essai
      
    • 5. 2. Paramètres mesurés
      
  • 6. Evaluation de l'efficience symbiotique du couple Hedysarum coronarium L./R. sullae en conditions de stress hydrique
    
    • 6. 1. Installation de l'essai
      
    • 6. 3. Conduite de l'irrigation
      
    • 6. 4. Paramètres mesurés
      
  • 7. Evaluation de l'activité symbiotique des souches en plein champ
    
    • 7. 1 Caractéristiques climatiques des sites
      
    • 7. 2. Caractéristiques chimiques des sols
      
    • 7. 3. Dénombrement des populations natives de rhizobium nodulant le sulla dans les stations d'essai
      
    • 7. 4. Installation et conduite des essais
      
    • 7. 5. Paramètres mesurés sur le sulla de 1ère année
      
    • 7.6. Paramètres mesurés sur le sulla de 2ème année
      
  • 8.Analyses statistiques
    
• RESULTATS ET DISCUSSIONS
  
• 1. ETUDE DE LA VARIABILITE AGRONOMIQUE DU SULLA PORTE-GRAINES EN REGIONS NORD DORSALIENNES
  
  • 1. 1. Caractéristiques édapho-climatiques des sites géographiques prospectés
    
  • 1. 2. Caractérisation agronomique des sullas
    
  • 1. 3. Etude de la variabilité des sullas
    
  • 1. 4. Discussions
    
  • 1. 5. Conclusion
    
• 2. ETUDE DE LA DIVERSITE DES MICROSYMBIOTES DU SULLA
  
  • 2. 1. Caractérisation phénotypique des rhizobiums
    
    • 2. 1. 1. Evaluation de l'infectivité des isolats
      
    • 2. 1. 2. Critères morphologiques
      
      • 2. 1. 2. 1. Description des isolats
        
      • 2. 1. 2. 2. Tolérance à la salinité
        
      • 2. 1. 2. 3. Tolérance au pH basique
        
      • 2. 1. 2. 4. Tolérance au stress hydrique
        
      • 2. 1. 2. 5. Tolérance au stress calcaire
        
    • 2. 1. 3. Analyse des critères phénotypiques par UPGMA
      
  • 2. 2. Caractérisation moléculaire des souches nodulant le sulla
    
    • 2. 2. 1. Analyse de la diversité intra spécifique par Rep-PCR
      
    • 2. 2. 2. Analyse de la diversité intra-spécifique par PCR-RFLP de l'ADNr 16S
      
    • 2. 2. 3. Séquençage du gène 16S
      
  • 2. 3. Discussions
    
  • 2. 4. Conclusion
    
• 3. EVALUATION DE L'EFFICIENCE SYMBIOTIQUE DES BACTERIES NODULANT LE SULLA
  
  • 3. 1. Evaluation des paramètres de croissance
    
  • 3. 2. Analyse de la nodulation du sulla
    
  • 3. 3. Evaluation des paramètres de rendement du sulla
    
    • 3. 3. 1. Biomasse sèche aérienne
      
    • 3. 3. 2. Teneur en protéines brutes
      
  • 3. 4. Discussions
    
  • 3. 5. Conclusion
    
• 4. EFFET DE LA CONTRAINTE HYDRIQUE SUR LA SYMBIOSE
  
• RHIZOBIUM/SULLA
  
  • 4. 1. Effet de la contrainte hydrique sur la croissance et la nodulation du sulla
    
    • 4. 1. 1. Croissance en hauteur
      
    • 4. 1. 2. Surface foliaire
      
    • 4. 1. 3. Nodulation du sulla
      
  • 4. 2. Effet de la contrainte hydrique sur les rendements du sulla inoculé
    
    • 4. 2. 1. Biomasse sèche aérienne des sullas
      
    • 4. 2. 2. Rapport partie racinaire sur partie aérienne du sulla
      
    • 4. 2. 3. Protéines brutes aériennes fixées par le sulla
      
  • 4. 3. Discussions
    
  • 4. 4. Conclusion
    
• 5. ETUDE DE L'EFFICIENCE SYMBIOTIQUE DES SOUCHES RHIZOBIALES SELECTIONNEES AU CHAMP
  
  • 5. 1. Evaluation de la densité rhizobiale autochtone spécifique au sulla dans les sites expérimentaux
    
  • 5. 2. Effet de l'inoculation rhizobiale sur la culture de sulla de 1ère année dans les sites Tunis et Goubellat
    
    • 5. 2. 1. Croissance en hauteur du sulla première année
      
    • 5. 2. 2. Surface foliaire du sulla de première année
      
    • 5. 2. 3. Nodulation du sulla de première année
      
    • 5. 2. 4. Biomasse sèche aérienne du sulla de première année
      
    • 5. 2. 5. Protéines brutes aériennes du sulla de première année
      
  • 5. 3. Evaluation des croissances et nodulation du sulla de deuxième année dans la station de Goubellat
    
    • 5. 5. Discussions
      
    • 5. 6. Conclusion
      
• Conclusions générales et perspectives
  
• Conclusions générales et perspectives
  
• Conclusions générales et perspectives
  
• REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
  
• ANNEXES
  
• Annexe1 : Milieux de culture pour les bactéries
  
• Annexe 3 : Marqueurs de poids moléculaire
  
• Annexe 10 : Carrés moyens des paramètres mesurés au champ sur le sulla de 1ère année