2. 3. Discussions
Une importante diversité phénotypique des
isolats qui semble dépendante des origines géographiques des
isolats a été trouvée (Tableau 12). Les souches les plus
tolérantes aux pH élevés (10 - 10,5) ont toutes
été isolées depuis les sites à pH de sols alcalins
(8,2 - 8,5). De même, les souches les plus tolérantes au stress
salin (700 mM) ont été isolées à partir des sites
de Ghzéla et El Fahs qui se caractérisent par les
conductivités électriques les plus élevées (1,4 -
1,5). L'existence de souches tolérantes à la salinité dans
les sites halomorphes peut être une indication de leur adaptation au
stress osmotique conséquente d'une augmentation de la concentration
d'ions et de la variation de l'humidité du sol durant les
périodes sèches (Mpepereki et al., 1997).
Cette diversité phénotypique est aussi
corrélée à la diversité génétique
intra spécifique révélée par la Rep-PCR qui semble
elle aussi dépendante de la distribution géographique des
isolats.
Ces résultats concordent bien avec ceux trouvés
par Richardson (2002) qui a noté une corrélation entre les
groupements génotypiques et l'origine géographique des isolats.
Dans le même sens, Zghan et al. (1999) ont aussi noté, en
utilisant la Rep-PCR, que les souches isolées à partir d'un
même cultivar et d'une même région ont appartenu au
même groupe génotypique. Contrairement à ces auteurs, il a
été souvent rapporté que la distribution des rhizobiums
est indépendante du site d'origine (Khbaya, 1998; Rejili, 2009; El
Boutari, 2009). Dans notre situation, il est possible que les
propriétés physico-chimiques des sols ainsi que l'exposition des
rhizobiums à l'activité agricole dans les stations soient
à l'origine de la diversité phénotypique et
génotypique des souches de la collection (Palmer et Young 2000; Andrade
et al., 2002; Laguerre et al., 2006). Dans ce sens, Giongo
et al. (2008) ont rapporté l'existence d'un haut niveau de
similarité génotypique entre des isolats nodulant le haricot
collecté depuis des champs cultivés dans le sud du Brésil.
Il est toute fois à noter que certaines souches tels que HC1 (Medjez El
Bab), HC5 (Smadah), ou encore H3 (Téboursouk) présentent des
caractéristiques phénotypiques et /ou génotypiques
différentes de celles des autres isolats des mêmes stations. Cette
distinction est probablement due à l'exposition de ces souches à
différentes niches ayant des propriétés physico-chimiques
variables.
L'analyse de la diversité génétique par
PCR-RFLP de l'ADNr 16S associé au séquençage du
gène 16 S confirme la haute spécificité symbiotique entre
H. coronarium L. et R. sullae (Glatzle et al.,
1986; Kishinevsky et al., 1996; 2003; Squartini et al.,
2002). Concernant les autres souches, il est possible qu'un transfert
horizontal de gènes de nodulation entre ces isolats soit à
l'origine de leur capacité infective (Moulin et al., 2001). Il
a été rapporté que les nodules de certaines
fabacées peuvent être colonisés par des bactéries
non fixatrices de l'azote. Ces microorganismes appelés aussi endophytes
ont même été décris dans le xylème des
racines de plants de luzerne (Gagné et al., 1987). Recuenco
et al. (2000) ont découvert que Pantoea agglomerans et
Pseudomonas fluorescens sont les endophytes les plus communs des
cultivars de petit pois. Tokala et al. (2002) ont signalé la
présence de Streptomyces lydicus dans les nodules de pois et
Bai et al. (2003) ont montré que Bacillus subtilis et
B. thuringiensis peuvent naturellement cohabiter les nodules du
haricot avec le symbiote Bradyrhizobium japonicum, et améliorer
ainsi la productivité de la culture.
Plus récemment, Benhizia et al. (2004) et
Mureso et al. (2008) ont signalé la présence de
bactéries non fixatrices de l'azote (Enterobacter cloacae,
Enterobacter kobei, Escherichia vulneris, Pantoea
agglomerans et Leclercia adecarboxylata) dans les nodules
racinaires du genre Hedysarum.
Ces souches qui ont temporairement nodulé le sulla
peuvent contenir des gènes de nodulations (Nif, Nod), d'où
l'intérêt de vérifier dans un travail ultérieur
l'existence de ces gènes.
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