2. 2. Caractérisation moléculaire des
souches nodulant le sulla
L'étude de la diversité génétique
entre les 45 isolats issus de nodosités de sulla porte graines
originaires de huit stations a été analysée par
différentes techniques.
2. 2. 1. Analyse de la diversité intra
spécifique par Rep-PCR
La Rep-PCR est utilisée pour l'étude de la
variabilité intra spécifique des rhizobiums. Par cette
méthode, les variations génétiques sont
détectées au niveau chromosomique. Utilisée avec
succès pour le typage d'isolats de grandes collections, cette technique
s'est révélée d'un bon pouvoir de résolution (Judd
et al., 1993; Leung et al., 1994; Louws et al.,
1996; Versalovic et al., 1994).
La séparation électrophorétique des produits
de l'amplification a montré une abondance de séquences dont le
nombre varie de 9 à 20 bandes par profil (Figure 26).
HC28 HC29 HC30 HC31 HC32 HC33 HC35 HC36 HC45 M M HC38 HC39 HC40
HC41 HC42 HC44 HC14 HC15 HC16 HC10
1500 pb
600 pb
Figure 26: Electrophorèse des amplifias
obtenus par Rep-PCR de quelques souches nodulant le sulla. M: marqueur
moléculaire 100pb.
La comparaison des différents profils a permis
d'établir un dendrogramme illustrant les relations
phylogénétiques entre les différentes souches (Figure 27).
Ce dernier a révélé l'existence d'une importante
diversité intra spécifique entre les souches de la collection.
Similarity
20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100
Groupe 1 Groupe 2 Groupe 3 Groupe 4 Groupe 5 Groupe 6 Groupe 7
Figure 27: Dendrogramme (UPGMA) illustrant les
relations génétiques estimées par l'indice de Dice
résultant de l'analyse par Rep-PCR des souches nodulant le sulla.
Un niveau de similitude de 100 % a été
noté entre deux souches originaires de Smadah et 3 autres de Medjez El
Bab; réduisant ainsi le nombre de génotypes de la collection
à 43. Ces isolats bien que représentés par des
génotypes similaires ont des caractéristiques
phénotypiques différentes (Tableau12), ce qui exclue
l'hypothèse de la présence de clones parmi les isolats.
En se situant à un niveau de similarité de 60 %,
on obtient 7 groupes et 15 lignages indépendants (Figure 27). Ces
groupes englobent les isolats à nodulation efficiente alors que les
endophytes non spécifiques à la culture sont
représentés par des lignages indépendants. L'analyse de
ces groupements révèle une corrélation entre la
diversité intra spécifique, la diversité
phénotypique et les origines géographiques des souches
(Tableau14).
De même, un regroupement de la majorité des
souches originaires de la station Téboursouk dans les mêmes
groupes a été observé; aussi bien pour les
caractères phénotypiques que génotypiques. Ce regroupement
concerne aussi les souches H, HC3 et HC4 de la station Medjez El Bab; ainsi que
6 souches parmi 9 de la collection de Tunis.
Tableau 14: Origines géographiques et
limites de tolérance au stress osmotique des souches dans chacun des
groupes délimités par l'analyse Rep-PCR à 60 % de
similitude.
|
Groupes
|
Nombre de
souches
|
Site d'origine
|
NaCl
(mM)
|
PEG
(Mpa)
|
pH
|
|
Groupe 1
|
2
|
El Fahs
|
700
|
-0,50
|
10,5
|
|
Groupe 2
|
7
|
Téboursouk
|
200
|
-0,90
|
10-10,5
|
|
Groupe 3
|
2
1
|
Smadah
Tunis
|
200-400
|
-0,9-0,95
|
8,5-9
|
|
Groupe 4
|
3
|
Smadah
|
150-200
|
-0,5-0,9
|
9-10,5
|
|
Groupe 5
|
7
1
|
Tunis
El Fahs
|
150-400
|
-0,5-0,95
|
9-10,5
|
|
Groupe 6
|
4
|
Medjez El Bab
|
150-200
|
-0,5-0,9
|
9 -10,0
|
|
Groupe 7
|
2
|
Oued Zarga
|
200
|
-0,90
|
10
|
| 
