2. 4. 2. Caractérisation moléculaire des
rhizobiums
Le génome des bactéries est constitué en
plus de l'ADN chromosomique, d'ADN plasmidique qui peut constituer
jusqu'à 50 % du génome entier. Les méthodes d'analyse
impliquent par conséquent des gènes d'origine chromosomique et
d'autres d'origine plasmidique comme les gènes symbiotiques dans le cas
des rhizobiums.
Parmi les techniques de classification des bactéries
qui visent l'ADN chromosomique, se trouvent le séquençage total
du génome et la détermination du pourcentage d'homologie
ADN/ADN.
La détermination du pourcentage d'homologie ADN/ADN par
hybridation de l'ADN de souches à identifier avec l'ADN de souches de
référence est reconnue comme la méthode standard pour
identifier les espèces (Wayne et al., 1987). Sur la base de ce
type d'analyse, le genre Mesorhizobium a été
crée. Certaines espèces initialement classées dans le
genre Rhizobium ont été renommées (Jarvis et al., 1997) et
de nouvelles espèces ont été décrites dans le genre
Rhizobium comme c'est le cas pour R. sullae (Squartini et
al., 2002).
Le développement des techniques moléculaires a
permis à travers les méthodes basées sur la
Polymérase Chain Reaction (PCR) de caractériser des
populations naturelles de rhizobiums et d'examiner les relations
phylogénétiques entre les différents isolats.
Parmi ces méthodes, on site, la RFLP (restricion
fragment length polymorphism) (Laguerre et al., 1996; Pobell
et al., 1996) ou encore l'utilisation d'amorces dérivées
de séquences palindromiques réputées très
conservées chez les bactéries: séquences REP
(repetitive extragenic palindromic) (De Bruijn, 1992).
Revue bibliographique
La séquence la plus largement utilisée chez les
rhizobiums est celle de l'ADNr 16S (Weisburg et al., 1991).
L'utilisation de la variation de la séquence de l'ADNr 16S pour un but
taxonomique suppose que l'évolution du génome progresse à
un taux constant et que les gènes soient hérités de
manière stricte d'une génération à une autre sans
aucun transfert latéral. L'étude des gènes codant pour
I'ADN ribosomique 16S a démontré la proximité
phylogénétique entre les genres Rhizobium et
Agrobacterium d'une part, et entre Bradyrhizobium,
Rhodospeudomonas et Nitrobacter d'autre part (Willems et
Collins, 1993 ; Yanagi et Yamasato, 1993; De Lajudie et al., 1994; Van
Berkum et al., 1996).
La caractérisation des rhizobiums en se basant sur les
critères génotypiques est maintenant couramment réalisable
dans plusieurs laboratoires. Le choix des techniques dépend du nombre et
du type de souches à étudier et du niveau de résolution
désiré car chaque méthode a un pouvoir de
résolution propre.
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