2. 3. Les microsymbiotes du sulla
Le premier isolement de bactéries à partir des
nodules de sulla remonte au 19ème siècle (Mottareale,
1898). Ces rhizobiums ont été étudiés et
décrits dans plusieurs travaux de recherche et il a été
recommandé de les nommer provisoirement Rhizobium hedysari
(Casella et al., 1984; Selenska-Pobell et al., 1996; Toffanin
et al., 1996). Par ailleurs des études plus approfondies sur
l'identification des souches isolées à partir de nodules de
Hedysarum coronarium ont montré qu'elles sont relatives
à Rhizobium etli, Rhizobium leguminosarum et Sinorhizobium
meliloti (Tighe et al., 1994). Avec le développement des
techniques moléculaires, il y a eu une meilleure caractérisation
des bactéries nodulant les légumineuses, en particulier la ARDRA
(Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) de l'ADNr 16S et la
comparaison des séquences de ADNr 16S; les bactéries nodulant le
sulla ont par conséquent été baptisés R.
sullae (Squartini et al., 2002).
D'autres études plus récentes ont mis en
évidence que des bactéries du groupe Gamma
protéobactéries peuvent également noduler les
légumineuses en les isolant à partir des nodosités de
Hedysarum (Benhizia et al., 2004).
Dernièrement, de nouvelles espèces de
bactéries auxquelles on a attribué le nom Rhizobium alamii
sp. Nov. ont été isolées à partir des racines
de tournesol (Helianthus annuus L.) et des nodules de Medicago
ruthenica L.. Ces espèces qui appartiennent à la
lignée des alpha-protéobactéries sont
génétiquement les plus proches de l'espèce R.
sullae (Berge et al., 2009).
2. 4. Caractérisation des rhizobiums
Plusieurs études ont été
réalisées par les microbiologistes pour évaluer la
diversité des rhizobiums. Ces études ont permis l'analyse de
différents traits phénotypiques et génétiques qui
sont devenus par la suite une base de définition du concept de
l'espèce (Jarvis, 1983; Zhang et al., 1991; Moreira et
al., 1993; De Lajudie et al., 1994; Dupuy et al.,
1994).
2. 4. 1. Caractérisation phénotypique
La caractérisation phénotypique classique des
rhizobiums se base sur des critères morphologiques, symbiotiques,
biochimiques, et physiologiques (Graham et al., 1991). Les
critères morphologiques regroupent les caractéristiques de la
cellule bactérienne (forme, nombre et type de flagelles, coloration
Gram, présence d'endospores) et les caractéristiques de la
colonie (couleur, dimension, forme).
Revue bibliographique
Les critères symbiotiques indiquent la capacité
infective, effective et compétitive d'une souche donnée.
Les critères biochimiques évaluent la
présence et/ou l'activité de différentes enzymes telles
que glutamate déshydrogénase, glucose 6-phosphate
déshydrogénase, indole-phénol oxydase, nitrate
réductase, uréase, adénylate kinase ainsi que d'autres
enzymes impliqués dans les voies métaboliques d'assimilation des
substrats carbonés.
Les critères physiologiques regroupent le taux de
croissance de la bactérie sur le milieu YEM (Yeast Extract
Mannitol) (Vincent, 1970), la capacité d'utiliser différents
carbohydrates et différentes sources d'acides aminés, la
tolérance à différentes concentrations en sels et aux
variations du pH, la croissance à différentes
températures, la résistance aux antibiotiques, aux métaux
lourds, etc...
2. 4. 1. 1. La croissance
Parmi les critères phénotypiques les plus
importants dans la caractérisation des rhizobiums, figure la croissance
dans le milieu YEM (Vincent, 1970). La première classification des
bactéries symbiotiques fixatrices de l'azote en deux genres Rhizobium et
Bradyrhizobium s'était basée sur ce critère (Jordan, 1982,
1984). En fait, les souches à croissance rapide du genre Rhizobium
possèdent un temps de génération inférieur à
4 heures et forment des colonies circulaires convexes
généralement translucides avec un diamètre de 2 à 4
mm après 3 à 5 jours sous des conditions optimales d'incubation.
En revanche, les souches à croissance lente du genre Bradyrhizobium
possèdent un temps de génération de 6 à 8 heures et
forment des colonies circulaires convexes et rarement translucides avec un
diamètre de 1 à 2 mm après 5 à 7 jours
d'incubation.
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