Comparaison de trois tests de détection rapide des β-lactamases à spectre elargi dans les échantillons d’hémocultures et d’urines

• DEDICACES
  
• REMERCIEMENTS
  
• LISTE DES FIGURES
  
• LISTE DES TABLEAUX
  
• LISTE DES SIGLES ET ABREVIATIONS
  
• INTRODUCTION/ ENONCE DU PROBLEME
  
• Chapitre 1 : Résistance bactérienne aux antibiotiques
  
  • 1. Mécanismes de résistance bactérienne aux antibiotiques
    
  • 1.1 Imperméabilité aux antibiotiques
    
  • 1.2 Résistance par efflux
    
  • 1.3 Modification de la cible
    
  • 1.4 Modification des antibiotiques
    
  • 2.â-lactamases des entérobactéries
    
  • 2.1 â-lactamases à sérine 
    
  • 2.1.1 Pénicillinases
    
  • 2.1.2 â-lactamases à spectre élargi
    
  • 2.1.3BLSE de types TEM et SHV
    
  • 2.1.4BLSE de type CTX-M
    
  • 2.1.5Carbapénèmases à sérine
    
  • 2.2 Métallo-â-lactamases
    
  • 2.3 Oxacillinases
    
  • 2.4Céphalosporinases 
    
  • 3. Classification des entérobactéries en fonction de leur phénotype de résistance
    
  • 3.1 Groupe 0 : phénotype sensible d'espèces dépourvues de gènes de â-lactamases
    
  • 3.2 Groupe 1 : phénotype céphalosporinase de bas niveau
    
  • 3.3 Groupe 2 : phénotype pénicillinase bas niveau
    
  • 3.4 Groupe 3 : Phénotype céphalosporinase de bas niveau
    
  • 3.5 Groupe 4 : Yersinia enterocolitica et Serratia fonticola
    
  • 3.6 Groupe 5 : phénotype céfuroximase
    
  • 3.7 Groupe 6 : Phénotype â-lactamase à spectre étendu chromosomique
    
  • 4. Impact économique et social de la résistance bactérienne
    
• Chapitre 2 :Outils de détection de la résistance bactérienne
  
  • 1. Antibiogramme
    
    • 2. Outils de détection rapide
      
    • 2.1 Tests immunochromatographiques
      
    • 2.2 Tests chromogéniques
      
    • 2.3 Tests de biologie moléculaire
      
• DEUXIEME PARTIE : NOTRE ETUDE
  
  • 1. Objectif général
    
  • 2. Objectifs spécifiques
    
  • 3. Cadre d'étude
    
  • 4. Type d'étude
    
  • 5. Analyse des échantillons
    
  • 5.1 Matériel biologique
    
    • 5.2 Prise en charge des hémocultures positives à Saint Louis (figure 2)
      
    • 5.3 Prise en charge des échantillons d'urines à l'hôpital Saint Louis
      
    • 5.4 Test chromogénique de détection de la résistance aux C3G
      
      • 5.4.1 Matériel nécessaire
        
    • 5.4.2 Réalisation du test à partir des flacons d'hémocultures
      
      • 5.4.3 Réalisation du test à partir des échantillons d'urines
        
    • 5.5 Identification des espèces bactériennesà partir des culots
      
      • 5.5.1 Matériel nécessaire
        
      • 5.5.2 Réalisation des identifications
        
    • 5.6 Test immunochromatographique de détection de BLSE
      
      • 5.6.1 Matériel nécessaire
        
      • 5.6.2 Réalisation du test
        
    • 5.7 Analyse des échantillons sur l'automate ePlex® de GenMark
      
      • 5.7.1 Matériel nécessaire
        
      • 5.7.2 Réalisation du test 
        
  • 6. Traitement des données
    
• RESULTATS
  
  • 1. Aspects épidémiologiques
    
    • 1.1 Total des échantillons analysés
      
    • 1.2 Espèces responsables d'ITU et de bactériémie
      
    • 1. 3 Résistance aux antibiotiques
      
    • 1.3.1 Phénotypes de résistance des entérobactéries isolées
      
    • 1.3.2 Répartition des BLSE issues des uroculturesen fonction des services
      
  • 2. Performances diagnostiques des tests
    
    • 2.1 Identification sur MALDI-TOF-MS à partir des culots de produits pathologiques
      
    • 2.2 Identification des espèces sur l'automate ePlex® de GenMark
      
    • 2.3 Détection des gènes de résistance sur ePlex®
      
    • 2.4Détection des BLSE par les tests immunochromatographiques
      
    • 2.5Mise en évidence de la résistance aux C3G par le test â-LACTATM
      
    • 2.6 Résultats comparés du diagnostic de la résistance aux C3G par production de BLSE
      
• DISCUSSION
  
  • 1. Aspects épidémiologiques
    
    • 1.1 Répartition des échantillons analysés
      
    • 1.2 Fréquence des germes responsables de bactériémie
      
    • 1.3 Fréquence des germes responsables d'infection du tractus urinaire
      
    • 1.4 Fréquence des BLSE parmi les entérobactéries isolées dans les hémocultures
      
    • 1.5 Fréquence des entérobactéries uropathogènes productrice de BLSE
      
  • 2. Performances diagnostiques des tests
    
    • 2.1 Performances du MALDI-TOF-MS dans l'identification d'espèces bactériennes à partir des culots de centrifugation
      
    • 2.2 Performances de l'automate ePlex® pour l'identification des espèces à partir des produits pathologiques
      
    • 2.3 Performances de l'automate ePlex® pour la détection des gènes de résistance
      
    • 2.4 Performances du NG-Test-CTX-M MULTI dans la détection des BLSE
      
    • 2.5 Performances du â-LACTATMtest dans la détection des BLSE
      
  • 3. Avantages et limites des trois tests étudiés
    
• CONCLUSION
  
• Recommandations
  
• Perspectives
  
• REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
  
• RESUME
  
• ABSTRACT