RESULTATS
1. Aspects
épidémiologiques
1.1 Total des
échantillons analysés
Au total, 53 échantillons d'urines et 52
hémocultures non redondants ont été inclus dans cette
étude.
Parmi les 52 hémocultures positives, 47 (90,4 %)
flacons aérobies et 5 (9,6 %) flacons anaérobies ont
été enregistrés.Quant aux 53 échantillons d'urines,
ils sont issus de 29 femmes (55%) contre 24 hommes (45%), soit un sex-ratio
Homme/Femme de 0,83.
1.2 Espèces
responsables d'ITU et de bactériémie
Les échantillons positifs à BGN ont fait l'objet
d'identification directe sur ePlex®, et sur spectrométrie de masse
(MALDI-TOF-MS) à partir des colonies isolées en culture (tableau
1 et 2)
Tableau I: Récapitulatif des
espèces identifiées, ePlex® versus MALDI-TOF-MS à
partir des urines
|
Identification par automate ePlex® de GenMark
|
Identification par MALDI-TOF-MS après culture
|
Concordance d'identification
|
|
Espèces
|
Positif
|
Négatif
|
Echec
|
Positif
|
Négatif
|
ePlex® Vs Culture
|
|
Escherichia coli
|
33
|
2
|
2
|
37
|
0
|
33/35
|
|
Klebsiella pneumoniae
|
10
|
0
|
0
|
10
|
0
|
10/10
|
|
Klebsiella oxytoca
|
1
|
0
|
0
|
1
|
0
|
1/1
|
|
Enterobacter cloacae
|
2
|
0
|
1
|
3
|
0
|
2/2
|
|
Providencia rettgeri
|
Hors panel
|
|
1
|
0
|
-
|
|
Pseudomonas aeruginosa
|
0
|
0
|
1
|
1
|
0
|
0
|
|
Bacteroidesfragilis
|
1
|
0
|
0
|
-
|
1
|
-
|
|
Staphcoagnég
|
Pan Gram positive = 1
|
1
|
0
|
-
|
|
Strepto B
|
0
|
1
|
0
|
1
|
0
|
-
|
|
Total
|
47
|
4
|
4
|
55
|
1
|
46/48 (95,8%)
|
Au total, 56 souches bactériennes ont été
identifiées en cultures à partir des 53 urines. Les
entérobactéries représentaient 93 % des espèces
(52/56) dont le chef de fil (E. coli) représentait 66 % (37/56)
de l'ensemble suivi des espèces du genre Klebsiella qui
constituaient 19,6 % (11/56) des isolats.
TableauII: Récapitulatif des
espèces identifiées ePlex® versus MALDI-TOF-MS à
partir des hémocultures positives
|
Espèces
|
Identification par automate ePlex® de GenMark
|
Identification par MALDI-TOF-MS après culture
|
Concordance d'identification
|
|
Positif
|
Négatif
|
Echec
|
Positif
|
Négatif
|
ePlex® Vs Culture
|
|
Escherichia coli
|
20
|
1
|
0
|
21
|
0
|
20/21
|
|
Klebsiella pneumoniae
|
5
|
0
|
0
|
5
|
0
|
5/5
|
|
Klebsiella oxytoca
|
1
|
0
|
0
|
1
|
0
|
1/1
|
|
Enterobacter cloacae
|
3
|
0
|
0
|
3
|
0
|
3/3
|
|
Morganella morganii
|
1
|
0
|
0
|
1
|
0
|
1/1
|
|
Proteus mirabilis
|
1
|
0
|
0
|
1
|
0
|
1/1
|
|
Salmonella sp
|
1
|
0
|
0
|
1
|
0
|
1/1
|
|
Pseudomonas aeruginosa
|
6
|
0
|
1
|
7
|
0
|
6/6
|
|
Fusobacteriumnecrophorum
|
0
|
1
|
0
|
1
|
0
|
0/1
|
|
Stenotrophomonasmaltophilia
|
1
|
0
|
0
|
1
|
0
|
1/1
|
|
Acinetobacterbaumanii
|
2
|
0
|
0
|
2
|
0
|
2/2
|
|
Acinetobacterlwoffii,
Campylobacter coli,
Pseudomonas oryzyhabitans,
Pseudomonas stutzeri
|
Hors panel
|
1
1
1
1
|
0
|
-
-
-
-
|
|
Paenibacilusresidui
|
-
|
1
|
-
|
|
Bacillus subtilis
|
Pan Gram positive = 1
|
1
|
|
-
|
|
Bacillus licheniformis
|
Pan Gram positive = 1
|
1
|
0
|
-
|
|
Staphylococcus epidermidis
|
Pan Gram positive=2
Echec = 1
|
3
|
0
|
-
|
|
Staphylococcus hominis
|
Pan Gram positive= 1
|
1
|
0
|
-
|
|
Staphylococcus haemolyticus
|
Pan Gram positive= 1
|
1
|
0
|
-
|
|
Total
|
41
|
2
|
1
|
55
|
1
|
41/43 (95,3 %)
|
Au total, 56 souches bactériennes ont été
identifiées en culture à partir des 52 flacons
d'hémocultures dont 48 BGN, 3 BGP et 5 CGP. Les
bactériémies à BGN étaient essentiellement
dominées par les entérobactéries qui représentaient
environ 69 % (33/48) des cas, avec E. coli en tête43,7 %
(21/48).
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