Comparaison de trois tests de détection rapide des β-lactamases à spectre elargi dans les échantillons d’hémocultures et d’urines

BURKINA FASO

UNITE-PROGRES-JUSTICE

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MINISTERE DE L'ENSEIGNEMENT SUPERIEUR, DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE ET DE L'INNOVATION

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UNIVERSITE JOSEPH KI-ZERBO

Unité de Formation et de Recherche en Sciences de la Santé (UFR/SDS)

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Année académique 2018 - 2019Mémoire n° 213

Comparaison de trois tests de détection rapide des â-lactamases à Spectre Elargi dans les échantillons d'hémocultures et d'urines

Présenté le 24 Juillet 2019 pour l'obtention du Diplôme d'Etude Spécialisée deBiologie Clinique

Par Hervé KAFANDO

Né le 17 Juin 1986 à Guéswindé (BURKINA-FASO)

Directeur de mémoire : Pr Idrissa SANOU, Professeur titulaire UFR-SDS/ U-JKZ	Jury Présidente:Pr Rasmata OUEDRAOGO, Professeur titulaire UFR-SDS/ U-JKZ
Co-directrice:Pr Béatrice BERÇOT, PU-PH Université Paris VII, AP-HP	Membres :Pr Idrissa SANOU DrMahamoudou SANOU, maître de conférences agrégé UFR-SDS/ U-JKZ

LISTE DES RESPONSABLES ADMINISTRATIFS ET DES ENSEIGNANTS DE L'UFR/SDS ANNEE 2018-2019

DEDICACES

Je dédie ce travail à :

Ø A ma petite famille, mon fils Aaron et ma femme Sandrine

Vous avez été un grand apport dans la réalisation de ce travail, vous avez fait preuve de patience durant mon absence pour le stage. Retrouvez ici, l'expression de mes sentiments les plus sincères. Que Dieu nous garde toujours unis à jamais.

Ø A mes amis et camarades internes de l'hôpital Saint Louis de Paris, en particulier Morgane PETIT, Clément JANOT, Nicolas SALOUM.

Je ne peux trouver les mots justes et sincères pour vous exprimer mon affection et mes pensées, vous êtes pour moi tous des amis.

Ø A mes amis et camarades du DES

Ce travail est le couronnement du chemin que nous avons tous emprunté en 2014, je vous remercie très sincèrement pour votre parfaite collaboration. Vous êtes pour moi tous des amis.

REMERCIEMENTS

Ø Aux enseignants du D.E.S de biologie clinique :

Merci pour vos enseignements, vos encouragements et votre engagement pour la biologie clinique.

Ø A notre maître de stage et co-directrice du mémoire, Pr Béatrice BERÇOT :

Chère maître, votre simplicité, votre disponibilité, votre rigueur scientifique et vos soutiens multiples ont permis la réalisation de ce travail. Merci pour tout et que Dieu vous bénisse et vous donne une longue vie pleine de succès.

Ø A notre directeur de mémoire,Pr Idrissa SANOU :

Votre simplicité, votre disponibilité et la confiance dont vous avez placée en nous, ont facilité l'élaboration de ce document. Je vous remercie très sincèrement.

Ø A laprésidente du jury,Pr Rasmata OUEDRAOGO/TRAORE :

Merci pour votre disponibilité à présider ce jury.

Ø Aux membres du jury: Pr Idrissa SANOU et Dr Mahamoudou SANOU:

Merci pour votre disponibilité à lire et à critiquer ce document.

Ø A tout le personnel du laboratoire de bactériologie de l'hôpital Saint Louis :

En particulier monsieur François CAMELENA, merci pour les soutiens multiformes et pour la bonne collaboration.

Table des matières

DEDICACES xi

REMERCIEMENTS xii

Liste des figures xvi

Liste des tableaux xvii

Liste des sigles et abréviations xviii

INTRODUCTION/ ENONCE DU PROBLEME 1

PREMIERE PARTIE: REVUE BIBLIOGRAPHIQUE 4

Chapitre 1 : Résistance bactérienne aux antibiotiques 5

1. Mécanismes de résistance bactérienne aux antibiotiques 5

1.1 Imperméabilité aux antibiotiques 5

1.2 Résistance par efflux 6

1.3 Modification de la cible 6

1.4 Modification des antibiotiques 7

2. â-lactamases des entérobactéries 7

2.1 â-lactamases à sérine 7

2.1.1 Pénicillinases 7

2.1.2 â-lactamases à spectre élargi 7

2.1.3 BLSE de types TEM et SHV 8

2.1.4 BLSE de type CTX-M 8

2.1.5 Carbapénèmases à sérine 9

2.2 Métallo-â-lactamases 9

2.3 Oxacillinases 9

2.4 Céphalosporinases 10

3. Classification des entérobactéries en fonction de leur phénotype de résistance 10

3.1 Groupe 0 : phénotype sensible d'espèces dépourvues de gènes de â-lactamases 10

3.2 Groupe 1 : phénotype céphalosporinase de bas niveau 11

3.3 Groupe 2 : phénotype pénicillinase bas niveau 11

3.4 Groupe 3 : Phénotype céphalosporinase de bas niveau 11

3.5 Groupe 4 : Yersinia enterocolitica et Serratia fonticola 11

3.6 Groupe 5 : phénotype céfuroximase 12

3.7 Groupe 6 : Phénotype â-lactamase à spectre étendu chromosomique 12

4. Impact économique et social de la résistance bactérienne 12

Chapitre 2 : Outils de détection de la résistance bactérienne 14

1.Antibiogramme 14

2. Outils de détection rapide 14

2.1 Tests immunochromatographiques 14

2.2 Tests chromogéniques 14

2.3 Tests de biologie moléculaire 15

DEUXIEME PARTIE : NOTRE ETUDE 16

1.Objectif général 17

2.Objectifs spécifiques 17

3.Cadre d'étude 17

4.Type d'étude 17

5.Analyse des échantillons 17

5.1Matériel biologique 17

5.2Prise en charge des hémocultures positives à Saint Louis (figure 2) 17

5.3Prise en charge des échantillons d'urines à l'hôpital Saint Louis 18

5.4Test chromogénique de détection de la résistance aux C3G 19

5.4.1Matériel nécessaire 19

5.4.2 Réalisation du test à partir des flacons d'hémocultures 19

5.4.3Réalisation du test à partir des échantillons d'urines 20

5.5Identification des espèces bactériennes à partir des culots 20

5.5.1Matériel nécessaire 20

5.5.2Réalisation des identifications 21

5.6Test immunochromatographique de détection de BLSE 21

5.6.1Matériel nécessaire 21

5.6.2Réalisation du test 22

5.7Analyse des échantillons sur l'automate ePlex® de GenMark 22

5.7.1Matériel nécessaire 22

5.7.2Réalisation du test 24

6.Traitement des données 24

RESULTATS 25

1.Aspects épidémiologiques 26

1.1Total des échantillons analysés 26

1.2Espèces responsables d'ITU et de bactériémie 26

1. 3 Résistance aux antibiotiques 28

1.3.1 Phénotypes de résistance des entérobactéries isolées 28

1.3.2 Répartition des BLSE issues des urocultures en fonction des services 30

2.Performances diagnostiques des tests 31

2.1Identification sur MALDI-TOF-MS à partir des culots de produits pathologiques....................................................................................... 31

2.2 Identification des espèces sur l'automate ePlex® de GenMark 31

2.3 Détection des gènes de résistance sur ePlex® 32

2.4 Détection des BLSE par les tests immunochromatographiques 33

2.5 Mise en évidence de la résistance aux C3G par le test â-LACTA^TM 33

2.6 Résultats comparés du diagnostic de la résistance aux C3G par production de BLSE 35

DISCUSSION 38

1.Aspects épidémiologiques 39

1.1Répartition des échantillons analysés 39

1.2Fréquence des germes responsables de bactériémie 39

1.3Fréquence des germes responsables d'infection du tractus urinaire 39

1.4Fréquence des BLSE parmi les entérobactéries isolées dans les hémocultures 40

1.5Fréquence des entérobactéries uropathogènes productrice de BLSE 40

2.Performances diagnostiques des tests 41

2.1Performances du MALDI-TOF-MS dans l'identification d'espèces bactériennes à partir des culots de centrifugation 41

2.2Performances de l'automate ePlex® pour l'identification des espèces à partir des produits pathologiques 42

2.3Performances de l'automate ePlex® pour la détection des gènes de résistance 42

2.4Performances du NG-Test-CTX-M MULTI dans la détection des BLSE 42

2.5Performances du â-LACTA^TM test dans la détection des BLSE 43

3.Avantages et limites des trois tests étudiés 43

CONCLUSION 45

Recommandations 47

Perspectives 47

Références bibliographiques 48

Résumé xix