5.7 Analyse des
échantillons sur l'automate ePlex® de GenMark
5.7.1 Matériel
nécessaire
Les cartouches GenMark RUO lot numéro 53043525 et CE
lot 53111999, une pipette calibrée de 50ul, et l'automate ePlex® de
GenMark ont servi à l'identification d'espèces et de gènes
de résistance (figure 7).
B
A
Figure 7: Matériel
nécessaire pour l'analyse des échantillons sur
ePlex®
A= cartouche CE, B= automate ePlex®
La technologieePlex® de GenMark repose sur un principe de
PCR multiplex, elle est entièrement automatisée et permet
l'identification d'espèce et de gènes de résistance. Le
temps requis pour l'identification d'un germe est de 1h37 minutes. Cette
technologie propose actuellement trois panels : un panel Gram positif, un
panel de fungi et un panel Gram négatif, ce dernier est celui
utilisé dans notre étude, il permet la détection de 21
bactéries à Gram négatif et de 6 gènes de
résistance (figure 8).
Figure 8: Composition du panel
BCID-GN de ePlex®
5.7.2 Réalisation du
test
La préparation et le chargement des cartouches sur
l'appareil ePlex® a suivi le protocole ci-contre.
Les cartouches ePlex® de GenMark ont été
ramenées à température ambiante du laboratoire avant leur
utilisation.Un code-barres d'identifiant échantillon correspondant au
code-barres de l'échantillon principal a été
appliqué sur la cartouche. Après homogénéisation de
l'échantillon par retournement du tube, 50 ul ont été
prélevés au moyen d'une pipette calibrée et
transférés dans l'orifice d'échantillonnage sur la
cartouche. Le bouchon a ensuite été tourné de 90°
dans le sens des aiguilles d'une montre et pressé pour fermer la
cartouche. Les codes-barres de la cartoucheont été balayés
au lecteur. Après une lecture réussie du code-barres de
numéro unique d'identification de la cartouche et du code-barres
d'identifiant échantillon, le lecteur émet un bip et la LED
clignote en vert pour indiquer la réussite de la lecture. La cartouche
est ensuite insérée dans l'une des baies prêtes,
indiquées par une LED blanche clignotante. Le système fait
correspondre cet identifiant échantillon avec la baie et lance
automatiquement le test.
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