2. Performances diagnostiques des
tests
2.1 Identification
sur MALDI-TOF-MS à partir des culots de produits pathologiques
Les résultats de l'identification sur MALDI-TOF-MS
à partir des culots de centrifugation sont consignés dans le
tableau ci-dessous.
TableauIII: Résultats de
l'identification sur MALDI-TOF-MS à partir des culots de
centrifugation
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Résultats identification
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Échantillons d'urines
|
Hémocultures
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P - value
|
|
Positif
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9 (16,9 %)
|
32 (71 %)
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< 0,001
|
|
Échec
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44 (83,1 %)
|
13 (29 %)
|
|
Total
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53 (100 %)
|
45 (100 %)
|
|
Tous les échantillons d'urines (100 %) ont
bénéficié d'un test d'identification sur MALDI-TOF-MS
à partir du culot. Des résultats mitigés ont
été enregistrés. En effet, 17% (9/53) d'identification
correcte ont été enregistré.
Quant aux hémocultures, l'identification à
partir des culots de suspensions a été réalisée sur
45 échantillons dont 71 % (32/45) d'identification correcte.
L'identification bactérienne par MALDI-TOF-MS à partir des
suspensions d'hémocultures a donné des meilleurs résultats
comparativement au culot urinaire P < 0,001.
2.2 Identification des
espèces sur l'automate ePlex® de GenMark
Parmi les bactéries isolées dans les
hémocultures, 44 BGN du panel, 4 BGN et 3 BGP hors panel GN de
ePlex® ainsi que 5cocci à Gram positif ont été
enregistrés. Dans les 44 BGN identifiés en culture faisant partir
du panel Gram négatif de ePlex®, 1 échec, 3 tests
négatifs ont été enregistrés et 41 bactéries
ont été détectées sur ePlex®, soit une
concordance de 95,3 % (41/43).
Dans les 53 échantillons d'urines, 56 souches
bactériennes ont été identifiées en culture dont
52BGN du panel GN de ePlex®, 1 BGN anaérobie, 1BGN hors panel et 2
cocci à Gram positifont été enregistrés.Parmi les
52 BGN identifiés en culture faisant parti du panel GN de ePlex®, 4
échecs ont été enregistrés, 2 tests négatifs
et 46 (95,8%)bactéries ont été identifiées sur
ePlex®.
Les concordances diagnostiques de l'automate ePlex® de
GenMark pour l'identification des espèces bactériennes
étaient de l'ordre de 95 % dans les deux produits pathologiques
étudiés (tableau 1 et 2).
2.3 Détection des
gènes de résistance sur ePlex®
Sur un total de 12 entérobactéries
uropathogènes résistantes aux C3G isolées dans les urines,
11 BLSEet 1 HCASE ont été enregistrées. 9/11 BLSE de type
CTX-Mont étédétectées sur ePlex®, 1
échec d'identification et 1 test négatif ont été
enregistrés.
Quant aux 9 entérobactéries productrices de BLSE
isolées dans les hémocultures, 8/9 BLSEde type CTX-M ont
été mise en évidence sur ePlex®. Un échec
d'identification d'un E. coli BLSE a également
été enregistré.
Les résultats des performances diagnostiques de
ePlex®, dans la détection des gènes de résistance
sont consignés dans le tableau 4.
TableauIV: Performance diagnostiques
de ePlex® dans la détection des gènes de
résistance
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Echantillons d'urines
|
|
Résultats du test ePlex®
|
Présence de BLSE
|
Absence de BLSE
|
Total
|
|
Positif
|
9
|
1
|
10
|
|
Négatif
|
2
|
36
|
38
|
|
Total
|
11
|
37
|
48
|
|
Sensibilité= 81,8% VPP=90%
Spécificité=97,3% VPN=94,7%
|
|
Hémocultures
|
|
Résultats du test ePlex®
|
Présence de BLSE
|
Absence de BLSE
|
Total
|
|
Positif
|
8
|
0
|
8
|
|
Négatif
|
1
|
24
|
25
|
|
Total
|
9
|
24
|
33
|
|
Sensibilité= 88,9% VPP= 100%
Spécificité=100 % VPN= 96%
|
VPP= valeur prédictive positive ; VPN = valeur
prédictive négative
Les 2 bactéries productrices de BLSE résistantes
aux C3G dont aucungène de résistance n'a été mis en
évidence dans les urines sont des E. coli : l'une n'a pas
été détectée sur l'automate ePlex® et l'autre
a été détectée sans gène de
résistance associé.
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