DEUXIEME PARTIE : NOTRE
ETUDE
1.
Objectif général
Evaluer les performances
diagnostiques des 3 testspour la détection des BLSE à partir des
urines et des flacons d'hémocultures positives à BGN.
2.
Objectifs spécifiques
- Déterminer la sensibilité de l'automate
ePlex® pour l'identification des espèces et la détection des
gènes de résistance ;
- Evaluer les performances des cassettes
immunochromatographiques pour la détection des BLSE à partir des
échantillons d'urines et d'hémocultures ;
- Déterminer la sensibilité et la
spécificité du â-LACTATM test dans la mise en
évidence de la résistance aux C3G par production de BLSE.
3. Cadre d'étude
Le service de bactériologie de l'hôpital Saint
Louis a servi de cadre d'étude. L'hôpital Saint Louis est
situé au dixième arrondissement de la ville de Paris et constitue
avec l'hôpital Lariboisière et Fernand Vidal le Groupe Hospitalier
Universitaire Saint Louis-Lariboisière-Fernand Vidal, rattaché
à l'université Paris VII.
4. Type d'étude
Il s'agit d'une étude prospective qui s'est
déroulée du03 Mai au 28 Septembre 2018.
5. Analyse des échantillons
5.1 Matériel biologique
Les échantillons d'urines collectés dans des
tubes monovettesavec comme critères d'inclusion une leucocyturie =
100/mm3et la présence de BGN (>1 bacille par champs) ainsi
que les flacons d'hémocultures positives avec la présence de BGN
à l'examen microscopique ont servi à la réalisation de ce
travail.
5.2 Prise en charge
des hémocultures positives à Saint Louis (figure 2)
Les flacons d'hémocultures positives subissent les
étapes de l'examen cytobactériologique suivantes :
J0 : sont réalisés au premier jour de la
positivité d'un flacon d'hémoculture, l'examen microscopique
après coloration de Gram, l'ensemencement sur milieu
gélosé, l'identification au MALDI-TOF-MS et la réalisation
de l'antibiogramme à partir de la suspension d'hémoculture si
présence de BGN à l'examen microscopique.
J1 : rendu des antibiogrammes réalisés en
milieu solide et transmission de souches isolées (cocci à Gram
positif) pour l'antibiogramme en milieu liquide.
J2 : rendu des antibiogrammes des cocci à Gram
positif et conservation des souches.
30 min
24 h
24 h
10-15 min min
24 h
Equipe mobile
Figure 2: procédure de
prise en charge des hémocultures positives à Saint Louis
5.3 Prise en charge
des échantillons d'urines à l'hôpital Saint Louis
A l'hôpital Saint Louis, l'examen
cytobactériologique des urines est réalisé suivant les 3
étapes classiques que sont : l'examen direct, la culture et
l'antibiogramme.
Examen direct : la numération
des éléments cellulaires (hématies et leucocytes), ainsi
que la détection de bactéries dans l'urinesont
réalisées sur l'automate UF500i de bioMérieux.La
coloration de Gram n'est réalisée que sur les urines dans
lesquelles l'automate a détecté la présence de
bactéries.
Culture et identification : les
urines sont ensemencées sur milieu chromogène (gélose
URI4) et incubées à 37°C pendant 18 à 24h. Les
bactéries obtenues en culture sont identifiées par
spectrométrie de masse (VITEK2 SM de bioMérieux) comme suit:
Au moyen d'öses, les colonies bactériennes ont
été prélevées puis étalées sur les
cibles de la lame pour spectrométrie. La lame est ensuite mise à
sécher à l'étuve. Enfin, 1 ul de matrice a
été ajouté sur chaque dépôt et le tout a
été mis à sécher avant de passer la lame au
MALDI-TOF-MS.
Figure 3: Processus
d'identification sur MALDI-TOF SM (Clark et
al.,2013).
Antibiogramme :l'antibiogramme en
milieu liquide sur VITEK2 a été le plus couramment
réalisé à l'hôpital Saint Louis. La méthode
par diffusion n'est effectuée que pour les cas nécessitant des
tests complémentaires afin d'étayer au mieux les
phénotypes de résistance.L'ADAGIO a été l'automate
de lecture utilisé pour l'antibiogramme en milieu solide.
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