Production de domaines recombinants PRODH en vue de l'analyse structurale & Caractérisation de la région 51-160 de la protéine KIN17 humaine par RMN et Modélisation Moléculaire

• Préambule
  
• PREMIERE PARTIE
  
• Production de domaines recombinants
  
• PRODH en vue de l'analyse structurale
  
• CHAPITRE 1
  
  • 1) Contexte biologique
    
    • 1.1) Le catabolisme de la proline
      
    • 1.2) Hypothèses sur les partenaires biologiques de PRODH chez les
      
    • organismes eucaryotes.
      
    • 1.3) Modèle de régulation du catabolisme de la proline chez la bactérie E. coli
      
    • 1.4) Les troubles de l'activité de PRODH chez les eucaryotes supérieurs
      
    • 1.5) Conclusions
      
  • 2) Stratégie d'étude structurale de PRODH humaine par RMN
    
    • 2.1) Analyse bio-informatique préliminaire
      
    • 2.2) Démarche entreprise
      
• CHAPITRE 2
  
• Expression des protéines PRODH
  
• sauvage et mature chez E. coli
  
  • 1) Production de PRODH sauvage
    
    • 1.1) Caractérisation de l'expression et de la solubilité de la protéine hétérologue
      
    • 1.2) Optimisation de paramètres d'expression et d'extraction
      
  • 2) Prédiction du peptide signal de la séquence PRODH humaine
    
    • 2.1) Les messages d'adressage mitochondrial
      
    • 2.2) Résultats de la prédiction
      
  • 3) Production de la protéine mature PRO564
    
  • 4) Conclusions
    
  • 5) Matériels et Méthodes
    
    • 5.1) Création des plasmides d'expression
      
    • 5.2) Production, extraction, et analyse de PRODH et PRO564
      
• CHAPITRE 3
  
• Etude bio-informatique :
  
• sélection de 3 domaines PRODH
  
  • 1) Description de la structure du domaine PRODH de E. coli
    
  • 2) Caractérisation de l'organisation de PRODH humaine
    
    • 2.1) Report de la structure secondaire de PutA669 sur l'alignement initial
      
  • 3) Sélection des 3 domaines à exprimer
    
  • 4) Matériels et Méthodes
    
• CHAPITRE 4
  
• Expression de 4 protéines PRODH dans le
  
• cadre d'un programme de production
  
  • 1) Stratégie de production des 4 protéines PRODH
    
    • 1.1) Stratégie générale
      
    • 1.2) Stratégie de construction des vecteurs d'expression
      
    • 1.3) Criblage des conditions d'expression en microplaques
      
    • 1.4) Production à grande échelle et obtention de la protéine d'intérêt
      
  • 2) Production des 4 domaines PRODH
    
    • 2.1) Bilan du criblage des conditions d'expression en microplaques
      
    • 2.2) Production, purification, et obtention des protéines d'intérêt
      
  • 3) Conclusions
    
  • 4) Matériels et Méthodes
    
    • 4.1) Production à grande échelle et extraction des protéines
      
    • 4.2) Purification des protéines de fusion et des protéines d'intérêt
      
• CHAPITRE 5
  
• Conclusions & Perspectives
  
• SECONDE PARTIE
  
• Caractérisation de la région 51-160 de la protéine KIN17 humaine par RMN et Modélisation Moléculaire
  
• CHAPITRE 1
  
  • 1) Généralités sur le maintien de l'intégrité du génome
    
    • 1.1) Les dommages de l'ADN
      
  • 2) La protéine KIN17
    
    • 2.2) Organisation des domaines structuraux de KIN17
      
  • 3) Conclusions
    
• CHAPITRE 2
  
• Production et analyses préliminaires
  
• du domaine K2 de la protéine humaine KIN17
  
  • 1) Préparation des échantillons pour l'analyse RMN
    
  • 2) Caractérisations préliminaires
    
  • 3) Conclusions
    
• CHAPITRE 3
  
• Stratégie d'étude par RMN et Modélisation
  
• Moléculaire du domaine K2
  
  • 1) Méthode d'attribution des raies de résonance
    
    • 1.3) Attribution des chaînes latérales
      
  • 2) Détermination de la topologie et recueil des contraintes structurales
    
    • 2.1) L'effet Overhauser nucléaire
      
    • 2.2) Détermination de la structure secondaire et de la topologie
      
    • 2.3) Recueil des contraintes structurales
      
• CHAPITRE 4
  
• Caractérisation structurale du domaine K2
  
• par RMN et Modélisation Moléculaire
  
  • 1) Détermination de la structure du domaine K2 de KIN17 humaine
    
    • 1.3) Calcul de la structure par Modélisation Moléculaire sous contraintes RMN
      
  • 2) Description de la structure tridimensionnelle du domaine K2
    
• CHAPITRE 5
  
• Relations structure-activité : quel est le rôle
  
• du domaine K2 de KIN17 humaine ?
  
  • 1) Le domaine K2 de KIN17 adopte un repliement de type Winged Helix
    
  • 2) Le motif Winged Helix de KIN17 est-il capable de lier l'ADN
    
  • ou l'ARN ?
    
  • 3) Le motif Winged Helix du domaine K2 présente une surface ultra conservée
    
  • 4) Caractérisation de la position du motif prédit en « doigt de zinc »
    
  • autour du domaine Winged Helix
    
• CHAPITRE 6
  
• Conclusions & Perspectives
  
• ANNEXE
  
• Criblage des conditions d'expression des
  
• protéines PROentier, PROcatal, PROter, et PROinser
  
• Références Bibliographiques