Etude bactériologique des infections urinaires au Centre Pasteur du Cameroun

REMERCIEMENTS

Nous ne dérogerons pas à la règle en manifestant notre reconnaissance à ceux qui, de près ou de loin, nous ont aidé dans la réalisation de ce travail. Aussi, nous exprimons notre gratitude et nos sincères remerciements à l'endroit de :

Docteur Jocelyne ROCOURT, Directeur Général du Centre Pasteur du Cameroun, pour nous avoir accepté comme stagiaire dans sa structure ;

Docteur Suzanne BELINGA et Valérie NTONE qui n'ont ménagé aucun effort pour notre encadrement malgré leurs multiples occupations ;

M. Jean Robert TIKOUOKA, responsable du bureau des stages à l'ISSEA pour son orientation à ce stage ;

nos promotionnaires pour la convivialité et l'esprit de soutien qui règnent entre nous depuis le début de notre formation à l'ISSEA ;

Qu'il nous soit enfin permis d'exprimer notre profonde gratitude à M. KENGNI Simplice qui a pris la peine de relire ce travail.

TABLE DE MATIÉRES

DÉDICACE i

REMERCIEMENTS ii

TABLE DE MATIÉRES iii

LISTE DES TABLEAUX v

LISTE DES GRAPHIQUES vi

LISTE DES ACRONYMES vii

AVANT-PROPOS viii

RÉSUMÉ ix

INTRODUCTION 1

Chapitre I : CONTEXTE GÉNÉRAL ET CADRE MÉTHODOLOGIQUE 3

I- PRÉSENTATION DE LA STRUCTURE D'ACCUEIL ET DÉROULEMENT DU STAGE 3

I.1 Présentation de la structure d'accueil 3

I.2 Déroulement du stage et objectif à atteindre 4

II- CADRE MÉTHODOLOGIQUE 5

II.1 Description des sources de données 6

II.2 Analyse critique de la source de données 9

Chapitre II : GÉNÉRALITÉS SUR LES INFECTIONS URINAIRES 11

I- DÉFINITION, INFECTION ET TRAITEMENT 11

I.1. Types d'infections urinaires 11

I.2. Infection et traitement 12

I.3 Personnes à risque et facteurs de risques des infections urinaires 13

II- MÉTHODOLOGIE DES ECBU 15

II.1 Contexte clinique et prélèvement 16

II.2 Techniques utilisées et interprétations des résultats 17

III- SYNTHÈSE D'ÉTUDES PORTANT SUR L'ÉPIDÉMIOLOGIE DES INFECTIONS URINAIRES 18

Chapitre III : CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DES ECBU AU CENTRE PASTEUR DU CAMEROUN 20

I- PRINCIPALES CARACTÉRISTIQUES DES ECBU AU CENTRE PASTEUR DU CAMEROUN EN 2007 20

I.1 Caractéristiques démographiques des patients 20

I.2 Caractéristiques des résultats des ECBU 21

II- PROFILS ÉTIOLOGIQUES DES PRINCIPAUX GERMES ET LEURS SPECTRES DE RÉSISTANCE 22

II.1 Étiologies des principaux germes 22

II.2 Résistance des principaux germes aux antibiotiques 24

Chapitre IV : FACTEURS DE RISQUES ET RÉSISTANCE DES PRINCIPAUX GERMES AUX ANTIBIOTIQUES 27

I- PRÉSENTATION DU MODÈLE DE RÉGRESSION LOGISTIQUE 27

I.1 Justification du choix du modèle de régression logistique binaire 27

I.2 Formulation du modèle et aide à l'interprétation des résultats du modèle 28

II-PRÉSENTATION ET INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS 30

II.1 Facteurs de risque 30

II.2 Facteurs explicatifs de la sensibilité des germes aux antibiotiques 31

CONCLUSION ET RECOMMANDATIONS 33

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES 35

ANNEXES XXXVI

ANNEXE I : Tableaux XXXVI

ANNEXE II : Tests de khi-deux et graphiques de l'AFC XXXVIII

ANNEXE III : Tableaux récapitulatifs de l'estimation des paramètres du modèle de régression logistique XL

ANNEXE IV : Organigramme du CPC XLIV

ANNEXE V : Les encadrés XLV

ANNEXE VI : Estimations des coefficients du modèle logistique et tests XLVI

LISTE DES TABLEAUX

Tableau 1: Interprétation de l'ECBU 18

Tableau 2: Répartition des patients des ECBU du CPC en 2007 selon le sexe et l'âge (en pourcentage) 21

Tableau 3 : Répartition des germes rencontrés dans les ECPU au CPC XXXVI

Tableau 4: Profil de résistance d' Escherichia coli aux antibiotiques (en %) XXXVII

Tableau 5 : Répartition des principaux germes isolés dans les ECBU au CPC en 2007 en fonction de l'âge et du sexe XXXVII

Tableau 6 : Résultat du test de khi-deux effectué sur Sexe et les principaux germes isolés dans les ECBU au CPC en 2007 XXXVIII

Tableau 7 : Résultat du test de khi-deux effectué sur age et les principaux germes isolés dans les ECBU au CPC en 2007 XXXVIII

Tableau 8 : Estimation des coefficients des facteurs de risque des infections urinaires XL

Tableau 9 : Estimation des coefficients des facteurs explicatifs de la sensibilité des principaux germes isolés dans les infections urinaires au CPC en 2007 à la Fosfomycine XL

Tableau 10 : Estimation des coefficients des facteurs explicatifs de la sensibilité des principaux germes isolés dans les infections urinaires au CPC en 2007 à l'Amikacine XLI

Tableau 11 : Estimation des coefficients des facteurs explicatifs de la sensibilité des principaux germes isolés dans les infections urinaires au CPC en 2007 à la Cefotaxime XLI

Tableau 12 : Estimation des coefficients des facteurs explicatifs de la sensibilité des principaux germes isolés dans les infections urinaires au CPC en 2007 à la Cefixime XLII

Tableau 13 : Estimation des coefficients des facteurs explicatifs de la sensibilité des principaux germes isolés dans les infections urinaires au CPC en 2007 à la Ceftazidime XLII

Tableau 14 : Estimation des coefficients des facteurs explicatifs de la sensibilité des principaux germes isolés dans les infections urinaires au CPC en 2007 à la Ciprofloxacine XLIII

LISTE DES GRAPHIQUES

Graphique 1 : Répartition des ECBU positifs du CPC en 2007 selon le sexe et l'âge 22

Graphique 2: Répartition des principaux germes responsables des infections urinaires selon le sexe du malade 23

Graphique 3 : Résultat l'AFC effectuée sur sexe et les principaux germes isolés dans les ECBU au CPC en 2007 XXXIX

Graphique 4 : Résultat l'AFC effectuée sur age et les principaux germes isolés dans les ECBU au CPC en 2007 XXXIX

Graphique 5: Organigramme du centre Pasteur du Cameroun XLIV

LISTE DES ACRONYMES

AFC : Analyse Factorielle des Correspondances

CPC: Centre Pasteur du Cameroun

DGA : Directeur Général Adjoint

ECBU: Examen Cytobactériologique des Urines

FTP: File Transfert Protocole

IAS : Ingénieur d'Application de la Statistique

ISSEA : Institut Sous-régional de Statistique et d'Économie Appliquée

IST : Infection Sexuellement Transmissible

LAM : Laboratoire d'Analyse Médicale

MINSANTE : Ministère de la Santé publique

OR : Odds Ratio

RIIP : Réseau International des Instituts Pasteurs

SIDA : Syndrome Immuno Déficience Acquise

SPAD: Système pour l'analyse des données

SPSS: Statistical Package of Social Science

VIH : Virus Immino Humain