Chapitre I : CONTEXTE
GÉNÉRAL ET CADRE MÉTHODOLOGIQUE
L'objectif de ce chapitre est de présenter le cadre
dans lequel nous avons effectué le stage, les sources de données
ainsi que les différents traitements que nous avons effectués sur
les données. En outre, ce chapitre présente une analyse critique
des sources de données.
I- PRÉSENTATION DE LA
STRUCTURE D'ACCUEIL ET DÉROULEMENT DU STAGE
Nous avons effectué notre stage au CPC. Le but de cette
section est de présenter notre structure d'accueil, le
déroulement du stage ainsi que les principales tâches
effectuées pendant notre séjour au CPC.
I.1 Présentation de la
structure d'accueil
Créé en 1959, l'Institut Pasteur du Cameroun est
resté une filiale de l'Institut Pasteur jusqu'en 1975, date de sa
nationalisation. Dès lors, il prend la dénomination Centre
Pasteur du Cameroun et devient alors un laboratoire d'analyse médicale
de référence en plus de ses missions de recherche et de
santé publique. Il est placé sous la tutelle du ministère
de la santé publique et est membre du Réseau International des
Instituts Pasteurs (RIIP) depuis 1990. Il reçoit en moyenne 500 patients
par jour, soit environ 180 000 patients par an. Environ 105 personnes
travaillent au CPC. Le CPC est géré par un Directeur
Général (voir ANNEXE IV pour organigramme).
Le CPC a quatre principales missions : la formation des
techniciens de laboratoire, la recherche (notamment le VIH/SIDA,
l'ulcère de Buruli, la tuberculose), la santé publique (en appui
au ministère de la santé publique en cas épidémie)
et les analyses médicales.
Notre stage s'est déroulé au Laboratoire
d'Analyse Médicale (LAM). Cette unité est chargée
d'effectuer et d'analyser les examens de laboratoire des patients du CPC. Elle
compte plus de 30 personnels répartis dans cinq laboratoires à
savoir : les services de Bactériologie, de Sérologie, de
Parasitologie, d'Hématologie, de Biochimie. La plupart des
résultats des examens de tous ces laboratoires sont saisis dans le
logiciel HEXAFLUX. Tous ces laboratoires travaillent en parfaite symbiose et on
compte environ cinq postes de saisie des résultats au LAM.
I.2 Déroulement du stage
et objectif à atteindre
Les objectifs principaux de notre stage sont de participer
à la rédaction du cahier de charge pour le choix d'un nouveau
logiciel d'analyses médicales et de faire une étude
épidémiologique des infections urinaires. La problématique
de l'étude épidémiologique étant de savoir quels
antibiotiques recommander à un patient souffrant d'une infection
urinaire avant les résultats des antibiogrammes.
Notre stage s'est déroulé en plusieurs
étapes à savoir:
Étape 1 : Accueil et
présentation du CPC et de ses missions (le 03 mars 2008)
Nous avons retenu à l'issu de cette étape que le
CPC est à la fois un laboratoire d'analyse médicale, un centre de
formation et un centre de recherche.
Étape 2 : Recherche documentaire
(du 04 mars 2008 au 08 mars 2008)
Cette étape nous a permis de parcourir les propositions
des logiciels d'analyse de laboratoire des potentiels fournisseurs et le guide
d'utilisation du logiciel HEXAFLUX qui est le logiciel d'analyse
médicale que le CPC utilise actuellement.
Étape 3 : Exploration du logiciel
HEXAFLUX (du 10 mars 2008 au 15 mars 2008)
A l'issu de cette étape, nous nous sommes
familiarisés avec le logiciel et nous avons proposé une
procédure d'extraction des données de ce logiciel sous le format
EXCEL. En effet, avant notre arrivée au CPC, les personnes
désirant analyser les données provenant du logiciel HEXAFLUX
étaient obligées de les imprimer et de les ressaisir avant
exploitation ; ceci, quel que soit les nombres d'observations.
Étape 4 : Analyse des
phénotypes des groupes sanguins (du 17 mars 2008 au 22 mars 2008)
Elle a consisté à exploiter une base de plus de
10 000 individus pour identifier les groupes sanguins les plus
fréquents chez les patients du CPC et de calculer la fréquence
génique des allèles A, B et O. L'importance de ce travail
résidait dans la constitution d'une banque de sang.
Étape 5 : Extraction des
données (le 24 mars 2008)
Cette étape a consisté à extraire les
données des ECBU au CPC en 2007 et les résultats des
différents antibiogrammes de la même année.
Étape 6 : Traitements de
données (du 25 mars 2008 au 29 mars 2008 et du 07 avril 2008 au 12 avril
2008)
Cette phase a consisté à préparer notre
base de données pour l'analyse. De manière précise, nous
avons recodé certaines variables, saisi d'autres variables,
fusionné plusieurs fichiers en cas de nécessité et
scindé d'autres fichiers.
Étape 7 : Préparation de
la journée médicale à Douala (du 31 mars 2008 au 5 avril
2008)
Pendant cette phase, nous avons produit les statistiques
descriptives sur les ECBU et les résistances des germes aux
antibiotiques pour permettre à nos encadreurs de préparer leurs
communications lors desdites journées.
Étape 8 : Deuxième phase
de recherche documentaire (du 14 avril 2008 au 30 avril 2008)
Pendant cette étape, nous avons consulté les
documents sur la pratique des ECBU, les études réalisées
sur les ECBU ainsi que sur les résistances des bactéries aux
antibiotiques. A l'issu de cette étape, nous avons retenu un
thème central de stage qui fait l'objet de ce rapport.
Étape 9 : Rédaction du
rapport de stage (du 03 mai 2008 au 31 mai 2008)
Pendant cette phase, nous avons arrêté avec nos
encadreurs de stage le plan du rapport. Nous avons également fait toutes
les analyses nécessaires pour la compréhension de notre sujet et
pour répondre à notre problématique de recherche.
D'une manière générale, au cours de notre
stage, nous avons effectué des travaux informatiques et des travaux
statistiques.
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