Développement d'un modèle d'évolution de gènes.

• DÉDICACE
  
• REMERCIEMENTS
  
• RÉSUMÉ
  
• ABSTRACT
  
• Table des figures
  
• Table des Matières
  
• Glossaire
  
• CHAPITRE UN
  
• INTRODUCTION
  
• CHAPITRE 1. INTRODUCTION
  
  • 1.1 Problématique
    
  • 1.2 Hypothèses
    
  • 1.3 Objectif général
    
  • 1.4 Objectifs spécifiques
    
• CHAPITRE 1. INTRODUCTION
  
  • 1.5 Résumé des contributions
    
  • 1.6 Plan du mémoire
    
• CHAPITRE DEUX
  
• GÉNOMIQUE
  
  • 2.1 Bio-informatique et biologie computationnelle
    
    • 2.1.1 Cellule
      
• CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
  
  • 2.1.2 Chromosome
    
  • 2.1.3 Acide désoxyribonucléique (ADN)
    
• CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
  
  • 2.1.4 Gène
    
  • 2.1.5 Acide ribonucléique (ARN)
    
• CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
  
  • 2.1.6 Protéine
    
• CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
  
  • 2.2 Bases de données
    
    • 2.2.1 Bases de données existantes
      
• CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
  
  • 2.2.2 Accès aux bases de données
    
• CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
  
  • 2.3 Évolution des séquences biologiques
    
    • 2.3.1 Recherche de similarités entre séquences
      
    • 2.3.2 Construction d'arbres phylogénétiques
      
• CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
  
• CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
  
• CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
  
• CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
  
  • 2.4 Conclusion sur la génomique
    
• CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
  
• CHAPITRE TROIS
  
• ÉTAT DE L' ART
  
  • 3.1 Méthodes de construction d'arbres phylogénétiques
    
    • 3.1.1 Énumération des arbres
      
• CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
  
  • 3.1.2 Construction d'arbres à partir des distances entre feuilles
    
    • 3.1.2.1 UPGMA
      
• CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
  
• CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
  
• CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
  
  • 3.1.3 Les méthodes de parcimonie
    
  • 3.1.4 Méthodes de maximum de vraisemblance
    
• CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
  
  • 3.2 Construction des arbres de gènes
    
    • 3.2.1 Exemple de construction d'arbres de gènes - Ensembl-Compara
      
• CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
  
• CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
  
  • 3.2.2 Limites des arbres de gènes actuels
    
  • 3.3 Conclusion sur l'état de l'art
    
• CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
  
• CHAPITRE QUATRE
  
• MÉTHODOLOGIE ET
  
• IMPLÉMENTATION
  
  • 4.1 Modèle d'évolution des protéines et problème de réconciliation
    
    • 4.1.1 Idée de base
      
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
  • 4.1.2 Définitions formelles
    
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
  • 4.2 Méthodologie : Processus à sept étapes
    
    • 4.2.1 Étape 1 : Définition du jeu de données
      
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
  • 4.2.2 Étape 2 : Alignement multiple de toutes les séquences codantes
    
  • 4.2.3 Étape 3 : Calcul de la matrice de similarité
    
  • 4.2.4 Étape 4 : Regroupement avec chevauchement des séquences codantes
    
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
  • 4.2.4.1 Définition du regroupement
    
  • 4.2.4.2 Problème de regroupement dans le cas présent
    
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
  • 4.2.4.3 Regroupement avec chevauchement hiérarchique
    
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
  • 4.2.5 Construction d'un groupe de référence
    
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
  • 4.2.6 Étape 6 : Création des arbres de protéines pour les groupes
    
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
  • 4.2.7 Étape 7 : Construction de l'arbre de protéines et de l'arbre des gènes
    
  • 4.3 Implémentation
    
• CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET IMPLÉMENTATION
  
• CHAPITRE CINQ
  
• ÉTUDE DE CAS
  
  • 5.1 Étude de cas de la famille The Myelin-Associated Glycoprotein (MAG)
    
• CHAPITRE 5. ÉTUDE DE CAS
  
• CHAPITRE 5. ÉTUDE DE CAS
  
• CHAPITRE 5. ÉTUDE DE CAS
  
  • 5.2 Étude de cas de la famille FAM86
    
• CHAPITRE 5. ÉTUDE DE CAS
  
• CHAPITRE SEPT
  
• CONCLUSION GÉNÉRALE
  
• Références