CHAPITRE 1. INTRODUCTION
-- Proposer une modélisation globale suivie d'un
algorithme de reconstruction de l'évolution;
-- Étudier un cas et comparer les résultats
obtenus avec ceux issus de méthodes existantes.
1.5 Résumé des contributions
Nous avons proposer un modèle d'évolution des
protéines dans les arbres de gènes avec nouveaux
événements (création et pertes de protéines), puis
définit du problème d'optimisation (Entrée : sous-arbres
de protéines (groupes); arbre d'espèces; Sortie: arbre global des
protéines, et arbre des gènes), par la suite nous avons proposer
une heuristique pour résoudre le problème et enfin nous avons
réaliser une implémentation et effectuer une étude de
cas.
1.6 Plan du mémoire
Le mémoire est structuré autour de six
chapitres. Le premier chapitre introduit le problème de construction des
arbres de gènes et présentera les objectifs à atteindre.
Le chapitre 2 décrit les notions biologiques et bio-informatiques
nécessaires à la compréhension du sujet. Le chapitre 3 est
l'état de l'art, et présente les différents
modèles, méthodes existantes pour la construction des arbres
phylogénétiques. Le chapitre 4 quant à lui présente
les modèles et méthodes que nous avons développés,
ainsi que l'implémentation que nous avons réalisée. Le
chapitre 5 est dédié à l'étude de cas et le
chapitre 6 conclut le mémoire et pose des axes d'amélioration.
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