CHAPITRE DEUX
GÉNOMIQUE
Ce chapitre a pour but de fournir les notions biologiques et
bio-informatiques de base nécessaires pour mieux appréhender le
problème d'optimisation que nous considérons dans ce
mémoire. On commercera par définir la bio-informatique et la
biologie computationnelle. Ensuite on définira, par ordre d'inclusion,
les notions de cellules, chromosomes, ADN, gènes et protéines. On
finira en présentant quelques usages fréquents de ces types
d'objets biologiques en biologie computationnelle.
2.1 Bio-informatique et biologie computationnelle
La biologie est la science du vivant
s'intéressant en particulier à l'origine, la croissance, la
reproduction, la structure et le comportement des êtres vivants.
La bio-informatique se définit comme
l'application de l'informatique à la biologie. Notamment, il s'agit
d'utiliser des notions et ressources informatiques pour faciliter la
compréhension et la manipulation de données biologiques.
La biologie computationnelle quant à
elle vise le développement de modèles et algorithmes s'inspirant
des processus biologiques afin de répondre à des questions issues
de la biologie.
2.1.1 Cellule
La cellule est l'unité structurale, fonctionnelle et
reproductive constituant toute ou partie des êtres vivants, à
l'exception des virus. On distingue deux types d'orga-nisme. D'une part, il y a
les organismes unicellulaires qui sont constitués d'une seule cellule.
C'est le cas des bactéries ou des levures. D'autre part, il y a les
organismes multicellulaires composés de plusieurs cellules tels que
l'humain. Tout être vivant
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