CHAPITRE 4. MÉTHODOLOGIE ET
IMPLÉMENTATION
FIGURE 4.10 - Application de l'algorithme glouton de fusion de
6 arbres. Les arbres sont greffés à l'arbre de
référence par des créations matérialisées
sur la figure par des triangles au fond noir.
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CHAPITRE CINQ
ÉTUDE DE CAS
Afin de tester le modèle, les méthodes et les
implémentations décrits précédemment, nous avons
fait des études de cas. Pour nos tests, nous avons retenu les
espèces suivantes : la vache, l'humain, la souris, le fugu, le zebrafich
et le poulet, représentatives de l'ensemble des espèces
vertébrés.
5.1 Étude de cas de la famille The
Myelin-Associated Glycoprotein (MAG)
Le premier cas d'étude est réalisé sur la
famille de gène MAG [27, 3]. Elle a été largement
étudiée dans la littérature [3]. En raison du fait que les
gènes de cette famille subissent l'épissage alternatif, ce cas
constitue un candidat parfait pour tester notre algorithme. Le tableau 5.1
récapitule les informations sur cette famille MAG.
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Nom de la famille
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Source de données
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Nombre de gènes
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Nombre de protéines
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1
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MAG
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Ensembl
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28
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70
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TABLE 5.1 - Données utilisées pour l'étude
de cas de la famille MAG
La figure 5.1 présente l'arbre de
référence (arbre de gènes) sur lequel viendront se greffer
les arbres provenant des groupes restants. Notre arbre de gène partage
18 protéines sur les 28 au total avec celui de Ensembl et a un plus
petit coût de réconciliation plus faible. Après
réconciliation avec l'arbre d'espèce, l'arbre de gène
obtenu comporte 5 pertes de gènes et 14 duplications. La figure 5.2
présente l'arbre de gènes construit par Ensembl-Compara, qui
compte 12 pertes et 20 duplications. Ce cas permet de montrer que notre
méthode permet la construction d'arbres de gènes de coût de
réconciliation optimaux
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