CHAPITRE 3. ÉTAT DE L' ART
24
FIGURE 3.5 - Produit de l'épissage alternatif
avons expliqué les limites des méthodes de
construction actuelles qui font abstraction d'informations importantes portant
sur la structure des gènes. Dans le chapitre suivant, nous allons
proposer une approche qui permet d'adresser ce problème.
25
CHAPITRE QUATRE
MÉTHODOLOGIE ET
IMPLÉMENTATION
Ce chapitre présente la méthodologie que nous
proposons pour la construction des arbres de gènes en tenant compte de
toutes les protéines issues des gènes. D'abord, nous introduisons
formellement un nouveau modèle d'évolution de protéines
à l'intérieur d'un arbre de gènes. Ensuite, nous
étendons la notion de réconciliation afin de définir un
problème d'optimisation qui consiste à reconstruire un arbre de
protéines et un arbre de gène optimal, étant donné
l'arbre des espèces. Nous terminons, en proposant une heuristique pour
la résolution de ce problème, et une implémentation de
cette heuristique.
4.1 Modèle d'évolution des
protéines et problème de réconciliation
Dans un premier temps, nous commençons par introduire
l'idée de base du nouveau modèle d'évolution de
protéines que nous proposons. Puis, dans un second temps, nous
décrirons formellement le modèle et les problèmes
d'optimisation associés.
4.1.1 Idée de base
Le modèle d'évolution de protéines que
nous proposons s'appuie sur l'hypothèse selon laquelle toutes les
protéines sont issues d'un ancêtre commun et ont
évolué au fil du temps au travers de quatre types
d'événements qui sont : duplication 1,
1. Duplication: une protéine a donné naissance
à deux protéines par le biais d'une duplication de
gènes
26
| 
