CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
Réconciliation d'arbre de gènes avec
arbre d'espèces. La réconciliation d'un arbre de
gènes avec un arbre d'espèces est une imbrication de l'arbre des
gènes dans l'arbre d'espèces qui permet de représenter
l'histoire évolutive d'une famille de gènes à
l'intérieur de l'arbre d'espèces. La réconciliation permet
d'étiqueter les noeuds de l'arbre de gènes comme duplication ou
spéciation. Les gènes d'une famille de gènes sont tous
homologues (descendants d'un même gène ancestral). Deux
gènes d'une famille sont soit paralogues5 ou orthologues. Par
définition, deux gènes orthologues appartiennent toujours
à deux espèces différentes.
Le problème de réconciliation est un
problème d'optimisation qui consiste, à trouver une
réconciliation de l'arbre des gènes dans l'arbre d'espèces
qui minimisent les différences entre les deux arbres, étant
donnés un arbre de gènes et un arbre d'espèces. Ces
différences sont évaluées comme le nombre de duplications
et de pertes de gènes induits par la réconciliation dans l'arbre
des gènes, les spéciations étant communes aux deux
arbres.
Une réconciliation optimale de l'arbre de gènes
décrit à la figure 2.12 avec l'arbre d'espèces
décrit à la figure 2.11 est présentée à la
figure 2.13. Après cette réconciliation on obtient l'arbre de
gènes étiqueté présenté à la figure
2.14.
FIGURE 2.11 - Arbre d'espèces
5. Deux gènes sont paralogues (resp. orthologues)
lorsque leur plus proche ancêtre commun dans l'arbre des gènes a
subi une duplication (resp. spéciation).
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CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
FIGURE 2.12 - Arbre de gènes non
étiqueté
FIGURE 2.13 - Résultat de la réconciliation de
l'arbre de gène 2.14 avec l'arbre d'espèce 2.11
2.4 Conclusion sur la génomique
Ce chapitre a défini la bio-informatique et la biologie
computationnelle, puis a poursuivi en introduisant les notions de biologie et
biologie computationnelle né-
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