CHAPITRE 2. GÉNOMIQUE
2. via des Datamart2
3. via des accès directs aux bases de données en
lecture
4. via FTP
5. via des API spécialisées
La section suivante présente différents
modèles, algorithmes et notions de biologie computationnelle,
liées aux objets biologiques précédemment
décrits.
2.3 Évolution des séquences
biologiques
Après acquisition des séquences biologiques
(gènes, ADN, ARN, protéines), ces données biologiques sont
ensuite traitées pour en extraire des informations et des
connaissances.
2.3.1 Recherche de similarités entre
séquences
Une opération fréquente en bio-informatique est
la recherche de similarité entre séquences dans le but de
déterminer les régions conservées entre ces
séquences. Plusieurs techniques de recherche de similarité
existent parmi lesquelles on peut citer l'alignement des séquences qui
est une façon d'agencer les séquences d'acides nucléiques
ou d'acides aminés afin d'identifier des régions de
similarité qui peuvent être une conséquence de relations
fonctionnelles, structurales ou d'évolution entre les séquences.
Il s'agit d'un problème d'optimisation consistant à trouver la
meilleure combinaison des nucléotides ou des acides aminés de
chacune des séquences qui va maximiser la similarité entre elles.
Les figures 2.7 et 2.8 montrent un exemple d'ali-gnement de deux
séquences nucléiques. La figure 2.9 montre un exemple
d'aligne-ment multiple de neuf séquences protéiques.
2.3.2 Construction d'arbres
phylogénétiques
Phylogénie. Charles Darwin a
posé les bases de la théorie de l'évolution [5]. La
phylogénie se définit comme l'étude de l'histoire de
l'évolution d'un groupe de gènes ou d'espèces. L'analyse
phylogénétique est fréquemment réalisée pour
découvrir comment des groupes d'organismes ont évolué au
fil du temps depuis un ancêtre commun. De nombreux modèles ont
été proposés pour reconstruire l'histoire évolutive
des êtres vivants [25]. On peut citer entre autres :
2. Un datamart est un sous-ensemble d'un data warehouse
destiné à fournir des données aux utilisateurs, et souvent
spécialisé vers un groupe ou un type d'affaires.
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