CHAPITRE 3
L'APPRECIATION DE LA VALEUR PHENOTYPIQUE EN
PRESENCE
D'INTERACTION GENOTYPE x MILIEU
3.1 Introduction
La meilleure façon de caractériser un milieu,
c'est d'y décrire les performances phénotypiques d'un ensemble de
génotypes et la meilleure façon de décrire un
génotype c'est de décrire la variabilité de son
comportement au travers des différents milieux. Pour comprendre les
relations génotypes/milieu, il faut déployer le génotype
dans différents milieux, mais aussi le milieu sur différents
génotypes [67].
3.2. Le génotype et le phénotype
Le phénotype d'une plante correspond à ses
performances dans un milieu et pour un niveau d'observations donné. Il
est le résultat du « dialogue » entre la plante et son milieu.
L'étude de ce dialogue représente le domaine de la physiologie
végétale, au sens large, même lorsque celui-ci se situe au
niveau moléculaire. Une plante reçoit des signaux du milieu
où elle vit, elle les interprète en fonction de son
génotype et il en résulte une réaction qui est ce que nous
voyons ou mesurons selon le niveau d'observation : c'est le phénotype.
Un génotype peut être défini comme un arrangement de
gènes (dans un cytoplasme particulier) et un phénotype sera la
valeur prise par cet arrangement pour un caractère donné (et donc
un type de mesure) et dans un milieu donné [67].
Dans le cas d'un caractère contrôlé par un
nombre réduit de gènes et pour lequel les expressions dans un
milieu peuvent être réparties sans problème en classe, il
est possible d'identifier les unités de ségrégations en
cause et d'en attribuer certains arrangements à des plantes. Ces
arrangements forment le génotype. Le caractère est alors dit
qualitatif, et l'on parle de gènes à effets majeurs. De tels
gènes sont connus pour de nombreux caractères
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(résistance aux maladies, nanisme,
stérilité mâle...). Les conclusions peuvent dépendre
du niveau d'étude et les expressions phénotypiques de
différents génotypes peuvent être variables d'un milieu
à l'autre (cas d'interaction génotype x milieu pour des
caractères qualitatifs). Dans ce cas un génotype pourra
être identifié par l'ensemble des expressions d'un même
arrangement de gènes [67].
S'il y a risques d'erreur de répartition des
phénotypes en classes, le caractère est dit quantitatif. Ce sera
le cas avec un fort effet du micro-milieu quel que soit le nombre de
gènes en cause, ou avec un grand nombre de gènes en cause quels
que soit les effets du micro-milieu. Avec l'intervention d'un grand nombre de
gènes, un génotype correspond alors à un arrangement
inconnu de gènes, à la limite c'est l'individu [67].
La plupart des caractères agronomiques que l'on cherche
à sélectionner ne dépendent pas de l'expression d'un ou
deux gènes, mais de plusieurs gènes dont les effets individuels
sont « mineurs » ont dit qu'ils sont gouvernés par des
ensembles polygéniques ou bien que leur hérédité
est quantitative. Ces caractères sont par exemple : la
précocité, le rendement en grains [18].
Le phénotype d'une plante est donc bien
résultante visible de l'expression des gènes de cette plante en
interaction avec le milieu extérieur dans lequel elle se trouve. Selon
une image de JACQUARD (1978) [68], le génotype c'est la partition, le
phénotype le résultat de l'interprétation par le
milieu.
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