2.7. Analyse des profils de restriction
Les analyses de profils PFGE ont été
réalisées grâce au logiciel Bionumerics® (Applied
Maths). Les images des gels d'électrophorèse ont
été normalisées après que les bandes de restriction
du marqueur de poids moléculaire aient été
identifiées.
2.7.1. Evaluation de la similarité des
profils
La dissemblance entre 2 génotypes est quantifiée
par le calcul du coefficient de Jaccard. Il permet d'estimer le degré de
dissemblance entre deux profils de restriction par le calcul du pourcentage de
bandes communes sur le nombre total de bandes (Jaccard, 1908).
Le cofficient de similarité de Jaccard entre deux profils de restriction
i et j est calculé comme suit :
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nij est le nombre de bandes communes entre les deux profils i et
j, ni est le nombre de bandes du profil i,
nj est le nombre total de bandes du profil j.
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clij= nij
nij+ni+nj
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Le coefficient de Jaccard varie de 0 à 100%, un
coefficient égal à 100% signifiant que les profils de restriction
sont identiques. Le coefficient de Jaccard entre 2 profils est ajusté
grâce à des paramètres d'optmisation et de
tolérance. Lorsque les profils i et j sont comparés, deux bandes
sont considérées comme identiques si la position d'une bande du
profil i est comprise dans une fenêtre autours de la bande du profil j.
La taille de cette fenêtre correspond à la tolérance. Le
critère d'optimisation correspond ici au même principe en prennant
en compte le positionnement des profils entiers les uns par rapport aux autres.
La tolérance et l'optimisation sont chacun fixées à 2%.
2.7.2. Analyse phylogénétique
Les liens de parentés entre les isolats sont
établis par construction de dendrogrammes. Ceux-ci sont construits par
classification hiérarchique selon la méthode Unweight Pair Group
Method with Arithmetic mean (UPGMA) qui fait l'hypothèse d'une
évolution indépendante des différentes lignées
à une vitesse constante, avec 1000 répétitions.
2.7.3. Attribution de pulsotype et de cluster
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Il s'agit d'identifier les différents profils de
restriction grâce au seuil de tolérance défini
précédemment. Dans cette étude, deux profils ayant au
maximum 2% de différence, seront considérés comme
identiques et appartenant au même pulsotype..
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