III.1.1.2. L'excision de l'élément :
Les coupures réalisées par les transposases des
MLEs et ceux des TLEs aux bornes des ITRs pour faire
libérer l'élément sont assurées par la poche
catalytique démontrée qu'elle est très importante dans la
catalyse par mutagénèse dirigée, chez de nombreux
transposons bactériens apparentés aux MLEs et
TLEs. En effet, chez les MLEs cette étape se
déroule en deux phases (figure 6.7).
(1)
3'
5'
Figure 6.7 : Les étapes de l'excision
d'un élément de type mariner (D'après
Augé
Gouillou, 2003)
TA
AT
TA
AT
A TA A AT
AT
AT
TA
A TA
(1)
ITR
5'
3'
(2)
Coupure du premier brin : Chez la transposase
Mos1, cette coupure est imprécise et peut être
localisée majoritairement à trois bases à
l'intérieur de l'ITR ou même à 2 ou 1 base dans l'ITR, ou
aussi à la hauteur du << TA », un phénomène
identique a été observé chez Himar.
(2) Coupure du second brin : Dans ce cas la
coupure est extrêmement précise et prend place au niveau du
dinucléotide << TA » et produit une extrémité
3'-OH sortante, la localisation de cette coupure est compatible avec la
cicatrice de l'excision laissée dans le génome de l'hôte,
au site du donneur.
Le comportement de la transposase mariner dans le
processus de l'excision est semblable à celui des protéines
RAG1/RAG2 impliquées dans la recombinaison V(D)J permettant l'assemblage
des gènes pour la production des immunoglobulines. Des structures en
boucles comme celles observées dans ce système ont
été recherchées après excision de
l'élément, cependant la présence des boucles n'a pas pu
être établie ainsi que la structure de l'intermédiaire de
transposition (In Augé Gouillou, 2003 ; in Halaimia Toumi, 2006). En
général plusieurs solutions sont envisageables :
" L'intermédiaire de transposition
présente une forme linéaire avec des extrémités
libres comme le cas du transposon Tn7.
" Il est également linéaire
mais avec des extrémités en « hairpin » comme
dans IS10, IS50, au moment de l'insertion ces structures vont
être résolues par la transposase.
" L'intermédiaire de transposition est circulaire
où les ITRs sont en position TêteBêche et associées
par une jonction de quelques paire de bases (le cercle est résolu par la
transposase avant l'insertion).
Les produits de l'excision des TLEs et des
MLEs se ressemblent, alors que la chronologie des étapes semble
légèrement différente, les TLEs ont
également faits l'objet de travaux pour identifier la structure de leur
intermédiaire de transposition, mais les résultats sont
paradoxaux, par exemple :
L'élément Tc1 a un intermédiaire
de transposition qui est soit linéaire, soit circulaire selon les
auteurs. Enfin la structure de l'intermédiaire de transposition dans la
famille Tc1/mariner reste donc à établir (In Augé
Gouillou, 2003).
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