Septicemie et choc septique

5. Diagnostic  biologique

Les signes biologiques spécifiques d'atteinte d'organe ne sont guère utiles à l'orientation diagnostique (sauf peut-être ceux témoignant d'une infection hépato-biliaire), de même que les examens non spécifiques : Procalcitonine (PCT),... qui ne font que conforter l'impression générale d'un état infectieux plus ou moins grave, ou témoigner de son retentissement général.

Il est bien rare qu'en cas de syndrome septique grave ou imminent^9(*), un (ou plusieurs) foyer infectieux ne soit pas suspecté cliniquement. L'imagerie (échographie, tomodensitométrie) dirigée par l'examen clinique et les symptômes donne le plus souvent une orientation diagnostique.

Le laboratoire intervient dans le diagnostic étiologique des septicémies la recherche du foyer, le choix d'un traitement et la surveillance de son efficacité.

La lenteur dans le rendu d'un résultat est un handicap majeur quant à l'efficacité du laboratoire.

Compte tenu de l'urgence il est nécessaire de:

· confronter la clinique à la biologie,

· communiquer rapidement les résultats même partiels,

· choisir des méthodes de travail donnant des résultats le plus rapidement possible.

A. Recherche de causes favorisantes :

- Toutes causes d'immunodépression: maligne, et/ou iatrogène, splénectomie.

- Toxicomanie intraveineuse, alcoolisme.

- Hépatopathie.

- Matériel étranger et/ou prothétique.

- Agranulocytose.

- Chimiothérapie, corticothérapie.

B. Rechercher une Porte d'entrée:

La recherche du foyer infectieux et de la porte d'entrée est obligatoire pour arrêter l'infection. IL faudra faire une étude bactériologique ou cytobactériologique de tout matériel étranger enlevé, de tous les prélèvements effectués pour la recherche du foyer et des portes d'entrée possibles.

- En faveur de S.aureus: cathéter veineux, Panaris, infection sur matériel

Étranger...

- En faveur d'un bacille Gram négatif: bandelette urinaire +, cholécystite. ...

- En faveur d'un Bartonella.fragilis: infection sous mésocolique.

C. Les Hémocultures:

Pour faire une étude bactériologique convenable au cours d'une septicémie, il faut prendre en considération plusieurs points :

· Le sang est normalement stérile. Toute bactérie est pathogène.

· Le nombre de bactéries dans le sang est souvent faible .C'est pourquoi l'examen direct est inutile (pas assez sensible), et la quantité de sang prélevée doit être assez importante, un volume de 20 ml de sang prélevé augmente le pourcentage de positivité de 30%, comparativement à un volume de 10 ml qui est le minimum souhaitable chez l'adulte. De la même façon l'augmentation du volume de sang inoculé dans les flacons augmente la sensibilité de la détection de la positivité par un «automate ».

· Le sang contient des substances qui vont inhiber la culture de la bactérie (cellules phagocytaires, Anticorps...). Pour diminuer leur pouvoir, il est nécessaire de diluer le sang dans une grande quantité de milieu de culture. La dilution du sang dans le bouillon atténue l'effet de ces substances. La dilution au 1/10 est celle qui donne le meilleur résultat. Cependant une dilution inférieure, jusqu'à 1/5, est encore possible .Quant à une dilution supérieure à 1/10, elle est sans inconvénients sinon de réduire la quantité de sang inoculé. Au total, plus grand est le volume de bouillon dans le flacon, meilleur est l'effet de dilution.

· Au cours de la septicémie, la présence de la bactérie dans le sang n'est pas constante. Il faut donc réaliser plusieurs hémocultures et prélever lors des épisodes bactériémiques (Fièvre et Frissons).

C.1. Prélèvements:

Effectués devant « Toute Fièvre » d'aspect infectieux, avant toute antibiothérapie et au moment d'un « Pic Fébrile » entre 2 et 6 hémocultures en 4-12 heures.

20 ml de sang sont prélevés après une antisepsie soigneuse de la peau.

Eviter agitation et courant d'air; se laver les mains au savon puis de les désinfecter à l'alcool à 70°; désinfecter la peau du malade avec un antiseptique iodé; ne plus toucher la peau à l'endroit de la ponction ; et désinfecter les bouchons de caoutchouc des flacons avec de l'alcool iodé.

. Les milieux de cultures:

Les milieux de culture peuvent être liquides (Bouillon trypticase soja= aérobie ; Bouillon thioglycolate= anaérobie) ou biphasique(Flacon de Castaneda), permettant la culture de la plupart des bactéries rencontrées en pathologie humaine et contiennent un anticoagulant comme Le polyanéthol sulfonâtes de sodium (SPS) qui est très généralement utilisé dans les bouillons pour hémoculture à une concentration de 0,025 à 0,05 %. Le SPS favorise la croissance de la plupart des bactéries car il inhibe l'activité bactéricide du sérum, il inhibe la phagocytose, il inactive le complément, neutralise le lysozyme et les antibiotiques de la famille des aminosides. Néanmoins, le SPS peut avoir un effet inhibiteur sur certaines souches de Neisseria, de Peptostreptococcus anaerobius ou de Streptobacillus moniliformis. Il est donc préférable d'utiliser une concentration de 0,025 % de SPS.

L'addition de gélatine à la concentration de 1,2 % peut neutraliser l'effet inhibiteur du SPS. Ils sont préparés sous pression atmosphérique réduite et contiennent 10 de CO₂ .L'oxygène de l'air est ajouté stérilement au moment du prélèvement dans le milieu destiné à l'aérobiose.

Des résines adsorbeuses de cations ou le charbon actif ont un certain effet neutralisant des antibiotiques.

* Intérêt du flacon anaérobie remis en question devant la baisse de fréquence des bactéries anaérobies mais:

· Nécessaire dans les services de chirurgie digestive ou gynécologique.

· Développement plus rapide de Streptococcus spp (saprophyticus) et Enterococcus saprophyticus

· Permet de doubler le volume de sang mis en culture.

*Intérêt du milieu Castaneda:

IL associe un milieu solide et un milieu liquide.

· Une association de peptone, de caséine et de gélatine permet un apport varié d'acide amine.

· L'extrait de levure apporte des facteurs vitaminiques ainsi que les précurseurs des acides nucléiques (purines et pyrimidines).

· Le NAD (Nicotinamide adénine dinucléotide) et l'hémine permettent le développement des Haemophilus et ont été décrits comme favorisant la croissance d'un certain nombre d'autres germes tells que les Actinobacillus et les Cardiobacterium.

· La vitamine B₆ intervient comme élément indispensable dans le développement des streptocoques dits déficients rencontrés dans les endocardites et certains staphylocoques.

· La phase gazeuse contient du CO₂ qui est un élément important pour la croissance des Neisseria, Brucella, Haemophilus, Pneumocoque.

· La phase gélosée renferme des polysaccharides d'hemisynthèse ce qui évite une surcharge en agar et donne une gélose plus transparente.

* ⁹ Qui est tout près d'arrivé.