LISTE DES ABRÉVIATIONS
ADN : Acide
désoxyribonucléique
AFLP : Amplified Fragment Length
Polymorphism
ARN : Acide ribonucléique
ARNm : Acide ribonucléique messager
(ARN messager)
ARNt : Acide ribonucléique transfert
(ARN de transfert)
bp : paire de base
BSA : Bovine serum albumin
dsDNA : double-stranded DNA (ADN double
brin)
dsRNA : double-stranded RNA (ARN double
brin)
EDTA : Éthylène Diamine
tétra-acétique acide
ICTV : International Committee on the
Taxonomy of Viruses
IPCI : Institut Pasteur de Côte
d'ivoire
kbp : kilobase pair
NaCl : chlorure de Sodium
NGS : Next Generation Sequencing
OMS : Organisation Mondiale de la
santé
PCR: polymerase Chain reaction
PEG: polyEthylène Glycol
PFGE: Pulse Field Gel Electrophoresis
RADP: Random Amplified Length Polymorphism
RFLP: Restriction Fragment Length
Polymorphism
Rpm : Rotation par minute
SDS : Sodium Dodecyl Sulfate
TAE : Tris-Acetate-EDTA
TBE : Tris-Borate-EDTA
ufp/ml : Unité formant plage de
lyse
RFLP : Restriction Fragment Length
Polymorphism
LISTE DES FIGURES
vii
Figure 1 : Schéma illustrant la
morphologie et les différentes protéines structurales (Effantin,
2005): . 5
Figure 2 : Schéma des cycles
d'infection phagique (lytique et lysogénique) (García et al.,
2010). 8
Figure 3 : Processus d'infection du phage T4
(Kanamaru et al., 2002). 15
Figure 4 : Arbre phylogénétique
des Caudovirales (Roux et al., 2012). 17
Figure. 5 : Carte génétique du
génome du bactériophage T4 (Miller et al., 2003). 19
Figure 6 : Schéma descriptif de
l'électrophorèse en champ pulsé. 30
Figure 7: Profil des phages après
digestion par des endonucléases. 36
Figure 8 : Électrophorèse en
champ pulsé de bactériophage digéré par l'enzyme de
restriction XbaI 38
Figure 9 : Dendrogramme
généré par le logiciel Bionumerics® avec l'enzyme
XbaI. 38
Figure 10: Électrophorèse en
champ pulsé des génomes de bactériophages après
digestion par XhoI.40
Figure 11 : Dendrogramme
généré par le logiciel Bionumerics® avec l'enzyme
XhoI. 40
viii
LISTE DES TABLEAUX
Tableau I : Différents gènes
fonctionnels en fonction des couleurs (Miller et al., 2003). 20
Tableau II: Matériel biologique 22
Tableau III : Appareils et consommables 22
Tableau IV : Réactifs et Tampons du
PFGE 23
Tableau V : Réactifs et Tampons 24
Tableau VI : Les caractéristiques des
endonucléases utilisées 24
Tableau VII : Mélange
réactionnel de la digestion enzymatique 28
Tableau VIII : Mélange
réactionnel de la pré-digestion enzyamtique du PFGE 33
Tableau IX: Mélange réactionnel
de la digestion enzyamtique du PFGE 33
Tableau X : Détermination du profil
génomique des phages. 36
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