Diversité des begomovirus infectant le gombo au Togo

CONCLUSION, RECOMMANDATIONS

ET PERSPECTIVES

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Conclusion, recommandations et perspectives

Conclusion

Première du genre au Togo, cette étude a été conduite au Burkina Faso au Centre de Recherches Environnementales, Agricoles et de Formation de Kamboinsé (CREAF/K) de l'Institut de l'Environnement et de Recherches Agricoles (INERA). L'objectif était d'évaluer la diversité des Begomovirus infectant le gombo au Togo. La prospection et la collecte des échantillons ont été effectuées dans les 4 zones agroécologiques. Cependant, divers symptômes ont été observés : déformation, enroulement et jaunissement des feuilles. L'analyse moléculaire effectuée sur la base du gène codant pour la protéine de capside (CP) a permis d'associer 2 espèces de Begomovirus à la maladie de l'enroulement foliaire du gombo au Togo. Il s'agit du Cotton leaf curl Gezira virus (CLCuGeV) et du Okra yellow crinkle virus (OYCrV). Le CLCuGeV a été retrouvé dans toutes les zones prospectées tandis que OYCrV quant à lui, a été identifié que dans le littoral et la savane sèche. Cette caractérisation a permis non seulement de connaitre la diversité génétique de ces 2 espèces virales, mais également de déterminer leur répartition géographique. Toutefois ces deux espèces virales constituent une menace pour la culture du gombo et du coton au Togo tout comme dans les autres pays de l'Afrique de l'Ouest. Ainsi, des mesures de contrôle s'avèrent indispensables pour contrer la propagation de ces virus afin d'accroitre les rendements de la production du gombo et celle du coton.

Recommandations

Au vu des résultats obtenus dans cette étude, les recommandations suivantes peuvent être formulées à l'endroit du Ministère de l'Agriculture, de la Production Animale et Halieutique (MAPAH):

? D'accorder une importance particulière aux deux espèces virales identifiées afin de sécuriser durablement la culture du gombo et du coton au Togo.

? De renforcer la capacité des agents techniques d'agriculture sur la reconnaissance des symptômes et les stratégies de lutte contre ces virus à travers des ateliers de formation. Ces derniers pourraient donc accompagner les producteurs dans la mise en oeuvre de ces stratégies.

Tout cela, afin d'intensifier la production du gombo et celle du coton au Togo et partant de là à lutter contre l'insécurité alimentaire tout en améliorant les conditions de vie des producteurs.

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Conclusion, recommandations et perspectives

Perspectives

Le travail réalisé dans le cadre de ce mémoire est loin d'être exhaustif. Afin de prendre en compte de façon exhaustive toute la diversité de ces espèces virales au Togo, il serait judicieux de :(i) poursuivre les travaux de caractérisation moléculaire sur un grand nombre d'échantillons collectés aussi bien sur le gombo que sur le cotonnier. Cela permettra de mieux appréhender la diversité des deux espèces virales dans les différentes régions du pays. (ii) Faire une RCA (Rolling Circle Amplification) et un clonage des deux virus identifiés afin d'obtenir leur génome complet. Cela nous renseignera davantage sur l'identité réelle de ces virus et nous permettra d'avoir une taxonomie définitive. Aussi, il serait intéressant d'étendre l'étude sur d'autres cultures comme les cultures maraichères (Tomate, poivron, piment, etc.), les fruitiers et les mauvaises herbes. Tous ces travaux permettront d'obtenir des informations scientifiques à l'endroit des producteurs et des décideurs politiques pour une agriculture durable et plus rentable.

RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES

48

Références bibliographiques

Références bibliographiques

Abouzid A.M., Freitas-Astua J., Purcifull D.E., Polston J.E., Beckham K.A., Crowford W.E., Petersen M.A., Peyser B., Patte B., Hiebert E., 2002. Serological studies using polyclonal antisera prepared against the viral coatprotein of four Begomoviruses expressed in Escherichia coli. Plant Diseases 86: 1109-1114.

Al Bitar L. et Luisoni, E., 1995. Tomato yellow leaf curl geminivirus: Serological evaluation of an improved purification method. Bulletin OEPP, 25, 269-276.

Al Rwahnih M., Alabi O.J., Westrick N. M., Golino D. et Rowhani A., 2017. Description of a novel monopartite geminivirus and its defective subviral genome in grapevine. Phytopathology, 107, 240-251.

Anderson P.K., Cunningham A.A., Patel N.G., Morales F.J., Epstein P.R. et Daszak P., 2004. Emerging infectious diseases of plants: pathogen pollution, climate change and agrotechnology drivers. Trends in Ecology and Evolution, 19, 535-544.

Antignus Y., 2007. The management of Tomato yellow Leaf Curl Virus in Greenhouses and the Open Field, a Strategy of Manipulation BT - Tomato Yellow Leaf Curl Virus Disease: Management, Molecular Biology, Breeding for Resistance. Tomato Yellow Leaf Curl Virus Disease (ed. by H. Czosnek), pp. 263-278.

Antignus Y., Nestel D., Cohen S. et Lapidot M., 2001. Ultraviolet-deficient greenhouse environment affects whitefly attraction and flight-behavior. Environmental Entomology, 30, 394-399.

Anwar R., Rashid U., Ashraf M., Nadeem M., 2010. Okra (Hibiscus esculentus) seed oil for biodiesel production. Applied Energy, 87(3), 779-785.

Arguello-Astorga G., Ascencio-Ibáñez J.T., Dallas M. B., Orozco B. M. et Hanley-Bowdoin L., 2007.High-frequency reversion of geminivirus replication protein mutants during infection. Journal of Virology, 81, 11005-15.

Atzmon G., Van Oss H., Czosnek H., 1998. PCR amplification of tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) DNA from squashes of plants and whitefly vectors: Application to the study of TYLCV acquisition and transmission. European Journal of Plant Pathology 104: 189-194.

49

Références bibliographiques

Barro N., Tiendrébéogo F., Traoré A.S., Konaté G., 2007. Principales viroses des plantes maraîchères au Burkina Faso : symptômes et quelques aspects écologiques. Annal de Botanique d'Afrique de l'Ouest 4:1-12.

Barro N., 1994. Caractérisation sérologique, biologique et aspects écologiques de quelques virus infectant les plantes maraîchères au Burkina Faso. Thèse de doctorat. Université de Ouagadougou, 171p.

Barro N., Konaté G., 1994. Caractérisation biologique d'un isolat du virus de la mosaïque du gombo et aspects écologiques de la maladie au Burkina Faso. Sciences et Techniques, série sciences naturelles 21 (1): 6-18.

Bigarré L., Chazly M., Salah M., Ibrahim M., Padidam M., Nicole M., Peterschmitt M., Fauquet C. et Thouvenel J. C., 2001. Characterization of a new Begomovirus from Egypt

infecting hollyhock (Althea rosea). European Journal of Plant Pathology, 107, 701-711.

Borssum Waalkes J. Van , 1966. Malesian Malvaceae revised. Blumea 14 (1) 1-151

Briddon R. et Stanley J., 2006. Subviral agents associated with plant single-stranded DNA viruses. Virology, 344, 198-210.

Brown J. K., 1994. The status of Bemisia tabaci Genn. as a pest and vector in world agroecosystems. FAO Plant Protection Bulletin 42: 3-32.

Brown J. K., 1997. The Biology and Molecular Epidemiology of the Geminiviridae Subgroup III.pp 125 - 133, in Stacey, G. and Keen, N. T. 1997.Plant- Microbe Interactions.2: 220 pp.

Brown J. K., Bird J., 1992. Whitefly-transmitted geminiviruses and associated disorders in the Americas and Caribbean Basin. Plant Disease 76: 220-225.

Brown J. K., Idris A. M., Torres-Jerez I., Banks G. K., Wyatt S. D., 2001. The core region of the coat protein gene is highly useful for establishing the provisional identification and classification of Begomoviruses. Archives of virology 146: 1581-1598.

Brown J. K., Fauquet C. M., Briddon R. W., Zerbini M., Moriones E. et Navas- Castillo J., 2011. Family Geminiviridae.Virus Taxonomy: Ninth Report of theInternational Committee on Taxonomy of Viruses. pp. 351-373.

Brown J. K., Zerbini F. M., Navas-Castillo, J., Moriones E., Ramos-Sobrinho R., Silva J. C. F., Fiallo-Olivé E., Briddon R. W., Hernández-Zepeda C., Idris A., Malathi V. G., Martin D. P., Rivera-Bustamante R., Ueda S. et Varsani A., 2015. Revision of

50

Références bibliographiques

Begomovirus taxonomy based on pairwise sequence comparisons. Archives of Virology, 160, 1593-1619.

Bull S. E., Briddon, R. W., Sserubombwe W. S., Ngugi K., Markham P. G. et Stanley J., 2007. Infectivity, pseudo recombination and mutagenesis of Kenyan cassava mosaic Begomoviruses. Journal of General Virology, 88, 1624-1633.

Charrier A., 1983. Étude des ressources génétiques du genre Abelmoschus Med. (Gombo). Rome. 61 p.

Clifford L. D., Anderson D. J., 2004. Food limitation explains most clutch size variation in the Nazca booby. Journal of Animal Ecology, 70, 539-545

Cohen S. et Antignus Y., 1994. Tomato yellow leaf curl virus, a whitefly-borne geminivirus of tomatoes. Advances in Disease Vector Research, 10, 259-288.

Czosnek, H., 2007. Interactions of Tomato Yellow Leaf Curl Virus with its Whitefly Vector, Tomato Yellow Leaf Curl Virus Disease, 157-170.

De Barro P. J., Liu S. S., Boykin L. M., Dinsdale A. B., 2011. Bemisia tabaci: a statement of species status. Annual Review of Entomology 56, 1-19

De Castro A. P., 2005. Evaluation of breeding tomato lines partially resistant to Tomato yellow leaf curl virus - Sardinia and Tomato yellow leaf curl virus derived from Lycopersicon chilense. Canadian Journal of Plant Pathology 27, 268-275.

De Lannoy G., 2001.Abelmoschus esculentus (L.) Moench. In : Agriculture en Afrique Tropicale. Direction Générale de la coopération Internationale (DGCI). pp 478-484.

Delatte H., Martin D. P., Naze F., Golbach R. W., Reynaud B., Peterschmitt M. et Lett J. M. 2005b. South West Indian Ocean islands tomato begomovirus populations represent a new major monopartite begomovirus group. J Gen Virol 86, 1533-1542.

Delatte H., Duyck P. F., Triboire A., David P., Becker N., Bonato O., Reynaud B., 2007. Differential invasion success among biotypes: case of Bemisia tabaci. Biological Invasions, 11, 1059-1070.

Dkhil B., Denden M., 2010. Effects of heat stress on the germination, protein degradation and mineral content in seeds of okra (Abelmoschus esculentus L.). Continental Journal of Biological Sciences, 3, 51-62.

51

Références bibliographiques

Doyle J.J., Doyle J.L. (1987). A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemistry Bulletin 19: 11-15.

Duffy S. et Holmes E. C., 2009. Validation of high rates of nucleotide substitution in geminiviruses: Phylogenetic evidence from East African cassava mosaic viruses. Journal of General Virology, 90, 1539-1547.

Duncan J. M., Torrrance L., 1992. Techniques for the Rapid Detection of Plant Pathogens. Blackwell Scientific Publications. FAO, 1989, Production Year Book, 43.

Ekra, 2010. Étude comparée de l'efficacité des extraits aqueux de neem (Azadirachta indica J.) et de la feuille d'eucalyptus (Eucalyptus camaldulensis) dans la lutte contre les insectes du gombo (Abelmoschus esculentus L.), Mémoire d'Ingénieur d'agriculture. Institut National Polytechnique Felix Houphouet-Boigny, pp 136-142

FAOSTAT, 2019. http://faostat.fao.org/site/339/default.aspx, consulté le 18/10/2019 à 14h FAOSTAT,2014. http://faostat.fao.org/site/339/default.asp, consulté le 11/12/2018 à 11h FAOSTAT, 2013. http://faostat.fao.org/site/339/default.asp, consulté le 14/011/2019 à 21h

Fauquet C. M., Bisaro D. M., Briddon R. W., Brown J. K., Harrison B. D., Ribicki E. P., Stenger D. C., Stanley J., 2003. Revision of taxonomic criteria for species demarcation in the family Geminiviridae, and an updated list of Begomovirus species. Archives of Virology 148: 405-421.

Fauquet C. M., Briddon R. W., Brown J. K., Moriones E., Stanley J., Zerbini M., Zhou X., 2008. Geminivirus strain demarcation and nomenclature. Archives of Virology153: 783-821.

Fiallo-Olivé E., Martínez-Zubiaur Y., Moriones E. et Navas-Castillo J., 2012. A novel class of DNA satellites associated with New World Begomoviruses. Virology, 426, 1-6.

Fondong V. N., 2013. Geminivirus protein structure and function.Molecular Plant Pathology, 14, 635-649.

Fontenele R. S., Lamas N. S., Lacorte C., Lacerda A. L. M., Varsani A. et Ribeiro S. G. , 2017. A novel geminivirus identified in tomato and cleome plants sampled in Brazil. Virus Research.

Gafni Y. et Epel B. L., 2002.The role of host and viral proteins in intra- and intercellular tracking of geminiviruses. Physiological and Molecular Plant Pathology, 60, 231-241.

52

Références bibliographiques

Garcia-Diaz M. et Bebenek K., 2007. Multiple functions of DNA polymerases. Critical reviews in plant sciences, 26, 105-122.

Ge L., Zhang J., Zhou X. et Li H., 2007. Genetic structure and population variability of tomato yellow leaf curl China virus. Journal of Virology, 81, 5902-5907.

Grubben G. J. H., Denton O.A., 2004. Ressources végétales de l'Afrique tropicales 2 Légumes. In : PROTA, p.737.

Guignard J. L., 1993. Botanique. Ed. Masson. Paris, France. 276p.

Guo J., Lai X. P., Li J. X., Yue J. Q., Zhang S. Y., Li Y. Y., Gao J. Y., Wang Z. R., Duan H. F. et Yang J. D., 2015. First Report on Citrus Chlorotic Dwarf Associated Virus on Lemon in Dehong Prefecture, Yunnan, China. Plant Disease, 99, 1287.

Gutierrez C., 1999. Geminivirus DNA replication. Cellular and Molecular Life Sciences, 56, 313- 329.

Hall J. J., 1980. Resistance at the TM - 2 loci in the tomato, to Tomato mosaic virus. Euphytica (Netherlands) 29: 189 - 197.

Hamon S. et Charrier A., 1997. Les gombos. In: L'amélioration des plantes tropicales. Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (CIRAD) et Institut français de recherche scientifique pour le développement en coopération (ORSTOM), Montpellier, France. pp. 313-333.

Hamon S., 1987. Organisation évolutive du genre Abelmoschus (gombo) : co-adaptation et évolution de deux espèces de gombo cultivées en Afrique de l'ouest (A. esculentus et A. caillei).In: Orstom (Eds.), paris, france,p.191.

Hamon S., 1988.Organisation évolutive du genre Abelmoschus (gombo). Coadaptation et évolution de deux espèces de gombo cultivées en Afrique de l'Ouest, A. esculentus et A. cailli. Paris, France : ORSTOM, Travaux et documents microédités n° 46. 191pp.

Hamon S., Sloten. D. H. 1995. Okra, Abelmoschus esculentus, A. Callei, A.manihot.,A. moschatus (Malvaceae). In: Evolution of Crop Plants, Edited by Smart 1. Simmonds N. W. London, England, 350-355.

Hanley-Bowdoin L., Bejarano E.R., Robertson D. et Mansoor S., 2013.Geminiviruses: masters at redirecting and reprogramming plant processes. Nature Reviews Microbiology, 11, 777- 788.

53

Références bibliographiques

Hanley-Bowdoin L., Elmer J.S. et Rogers S.G., 1989. Functional Expression of the Leftward Open Reading Frames of the A Component of Tomato Golden Mosaic Virus in Transgenic Tobacco Plants. The Plant Cell, 1, 1057-1067.

Hanley-Bowdoin L., Settlage S.B., Orozco B.M., Robertson D., Settlage S.B., Orozco B.M., Hanley-bowdoin L., Settlage S.B., Orozco B.M., Nagar S. et Robertson D. , 1999. Geminiviruses: models for plant DNA replication, transcription, and cell cycle regulation. Critical Reviews in Plant Sciences, 18, 71-106.

Harrison B.D. et Robinson D.J., 1999. Natural genomic and antigenic variation in whitefly-transmitted geminiviruses (Begomoviruses).Annual Review of Phytopathology, 37, 369-398.

Hirose K., Endo K., Hasegawa K., 2004. A convenient synthesis of lepidimoide from okra mucilage and its growth-promoting activity in hypocotyls. Carbohydrate polymers, 339, 919p.

https://www.tela-botanica.org/2009/11/article3354/, consulté le 17/10/2019 à 13h

ICVT, 2012. Virus Taxonomy: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Virus. Elsevier Inc. 2001:471-477

Idris A. L. I. M. et Brown J. K., 2002. Molecular Analysis of Cotton Leaf Curl Virus- Sudan Reveals an Evolutionary History of Recombination. Virus Genes, 24, 249-256.

Idris, A. M. et Brown J. K., 2005. Evidence for interspecific-recombination for three monopartite begomoviral genomes associated with the tomato leaf curl disease from central Sudan Brief Report. Archives of Virology, 150, 1003-1012.

Idris, A. M., Shahid M. S., Briddon R. W., Khan a J., Zhu J. K. et Brown J. K., 2011. An unusual alphasatellite associated with monopartite Begomoviruses attenuates symptoms and reduces betasatellite accumulation. Journal of General Virology, 92, 706-17.

Igor M. De Rosa, Jose M. K., Debora P., Carlo S. et Fabrizio S., 2009.Morphological thermal and mechanical characterization of okra (A. esculentus) fibres as potential reinforcement in polymer composite. Polym Degrad Stabil, 2, 179-190.

Inoue-Nagata, A. K., Albuquerque L. C., Rocha W. B. et Nagata T., 2004. A simple method for cloning the complete Begomovirus genome using the bacteriophage phi29 DNA polymerase. Journal of Virological Methods, 116, 209-211.

54

Références bibliographiques

Isnard M., Granier M., Frutos R., Reynaud B. et Peterschmitt M., 1998. Quasispecies nature of three maize streak virus isolates obtained through different modes of selection from a population used to assess response to infection of maize cultivars. Journal of General Virology, 79, 3091-3099.

Iqbal M. M. Naeem U., Azi J. Afzal et M. Alam Khan, 2014. An overview of Cotton Leaf Curl Virus Disease, persistant challeng for Cotton production, Bulgarian Journal of Agricultural Science, 20 (2) 2014, 405-415

Jayaseelan C., Ramkumar R., Rahuman A. A., Perumal P., 2013.Green synthesis of gold nanoparticles using seed aqueous extract of Abelmoschus esculentus and its antifungal activity. Industrial Crops and Products, 45, 423-429.

Jenkins G.M., Rambaut A., Pybus O.G. et Holmes E.C., 2002. Rates of molecular evolution in RNA viruses: A quantitative phylogenetic analysis. Journal of Molecular Evolution, 54, 156- 165.

Jeske H., 2009.Geminivirus.TT Viruses - The Still Elusive Human Pathogens (ed. By E.-M. De Villiers), 185-226.

Jeske H., Lu, M. et Preiss W., 2001. DNA forms indicate rolling circle and recombination-dependent replication of Abutilon mosaic virus. The EMBO Journal, 20, 6158-6167.

Jiro H., Sawadogo M., Millogo J., 2011.Caractérisations agro-morphologique et anatomique du gombo du Yatenga et leur lien avec la nomenclature locale des variétés. Sciences etNature 8, (1), 23 - 36.

Jones D.R., 2003. Plant viruses transmitted by white flies. European Journal of Plant Pathology, 109, 195-219.

Jones R., 2009. Plant virus emergence and evolution: origins, new encounter scenarios, factors driving emergence, effects of changing world conditions, and prospects for control. Virus Research, 141, 113-130.

Kennedy C., Hoornweg D., 2012. Mainstreaming Urban Metabolism.Wiley online Library, 16,780-782. https://doi.org/10.1111/j.1530-9290.2012.00548.x

Koechlin J., 1989.Les gombos africains (Abelmoschusssp) : Étude de la diversité en vue de l'amélioration. Thèse Doctorat, Institut National Agronomique. Paris-Grignon, France, 180pp.

55

Références bibliographiques

Kon T., Rojas M.R., Abdourhamane I.K. et Gilbertson R.L., 2009. Roles and interactions of Begomoviruses and satellite DNAs associated with okra leaf curl disease in Mali, West Africa. Journal of General Virology, 90, 1001-1013.

Konaté G., Barro N., Fargette D. et Swanson M.M., 1995. Occurrence of whitefly transmitted geminiviruses in crops in Burkina Faso, and their serological detection and differentiation.Annals of Applied Biology, 126, 121-130.

Koonin E. V. et Ilyina T. V., 1992. Geminivirus replication proteins are related to prokaryotic plasmid rolling circle DNA replication initiator proteins. Journal of General Virology, 73, 2763-2766.

Krake L.R., Rezaian M.A. et Dry I.B., 1998. Expression of the Tomato Leaf Curl Geminivirus C4 Gene Produces Viruslike Symptoms in Transgenic Plants. Molecular Plant- Microbe Interactions, 11, 413-417.

Krupovic M., Ravantti J.J. et Bamford D.H., 2009. Geminiviruses: a tale of a plasmid becoming a virus. BMC Evolutionary Biology, 9, 112.

Kumar S., Dagnoko S., Haougui A., Ratnadass A., 2010. Okra (Abelmoschus spp.) in West and Central Africa: Potential and progress on its improvement. African Journal of Agricultural Research, 25, 3590-3598.

Lapointe A., 1987. Plantes médicinales. Fiche Technique.161pp.

Legg J., Kumar P.L., Makeshkumar T., Tripathi L., Ferguson M., Kanju E., Ntawuruhunga P. et Cuellar W., 2014a. Cassava Virus Diseases: Biology, Epidemiology, and Management. Advances in Virus Research, 85-142.

Legg J., Somado E.A., Barker I., Beach L., Ceballos H., Cuellar W., Elkhoury W., Gerling D., Helsen J., Hershey C., Jarvis A., Kulakow P., Kumar L., Lorenzen J., Lynam J., McMahon M., Maruthi G., Miano D., Mtunda K., Natwuruhunga P., Okogbenin E., Pezo P., Terry E., Thiele G., Thresh M., Wadsworth J., Walsh S., Winter S., Tohme J. etFauquet C., 2014b.A global alliance declaring war on cassava viruses in Africa.Food Security, 6, 231-248.

Leke W.N., Sattar M.N., Ngane E.B., Ngeve J.M., Kvarnheden A. et Brown J.K., 2013. Molecular characterization of Begomoviruses and DNA satellites associated with okra leaf curl disease in Cameroon. Virus Research, 174, 116-125.

56

Références bibliographiques

Leung W.-T.W., Busson F., Jardin C., 1968. Food composition table for use in Africa.FAO, Rome, Italy. 306 pp

Liang P., Navarro B., Zhang Z., Wang H., Lu, M., Xiao H., Wu Q., Zhou X., Di Serio F. et Li S., 2015.Identification and characterization of a novel geminivirus with a monopartite genome infecting apple trees. Journal of General Virology, 96, 2411-2420.

Lim L., Chai C., 2007. Performance of seven okra accessions.Senior Officers Conference. Departement of Agriculture, Sarawak.p.12.

Loconsole G., Saldarelli P., Doddapaneni H., Savino V., Martelli G.P. et Saponari M., 2012. Identification of a single-stranded DNA virus associated with citrus chlorotic dwarf disease, a new member in the family Geminiviridae. Virology, 432, 162-172.

Lozano G., Trenado H.P., Fiallo-Olivé E., Chirinos D., Geraud-Pouey, Francis Briddon R.W. et Navas-castillo J., 2016. Characterization of Non-coding DNA Satellites Associated with Sweepoviruses (Genus Begomovirus, Geminiviridae) Definition of a Distinct Class of Begomovirus-Associated Satellites. Frontiersin Microbiology, 7, 1-13.

Lu Q.-Y., Wu Z.-J., Xia Z.-S. et Xie L. H., 2015. Complete genome sequence of a novel monopartite geminivirus identified in mulberry. Archives of Virology, 160, 1-4.

Ma Y., Navarro B., Zhang Z., Lu M., Zhou X., Chi S., Serio F. Di et Li S., 2015. Identification and molecular characterization of a novel monopartite geminivirus associated with mulberry mosaic dwarf disease. Journal of General Virology, 96, 2421-2434.

Macquet A., 2007. Caractérisation de mutants d'Arabidopsis thaliana affectés dans la production de mucilage par les téguments de la graine. Thèse, Agroparistech, pp 1-154

Mansoor S., Khan S.H., Bashir A., Saeed M., Zafar Y., Malik K., Briddon, R., Stanley, J. et Markham, P.G., 1999.Identification of a Novel Circular Single- Stranded DNA Associated with Cotton Leaf Curl Disease in Pakistan. Virology, 259, 190-199.

Marius C., Gerard V. et Antoine G., 1997. Le gombo, Abelmosehus eseulentus (L.) Moench, une source possible de phospholipides. Agronomie et Biotechnologies, Oléagineux, corps gras, lipides. 4 (5), 389-392.

Martin F. W., Rhodes A. M., Manuel O., Diaz F., 1981. Variation in Okra. Euphytica, 7, 30, 697705.

57

Références bibliographiques

Martin F., 1982. Absorption, assimilation et transport de l'azote inorganique chez le Pin noir d'Autriche et l'Aulne glutineux. Influence des mycorhizes et des actinorhizes. Thèse de doctorat Université de Nancy, 241p.

Matthews R. E. F., 1991. Transmission, movement and host range. In: Plant Virology. Third Edition, Academic Press, Inc. Harcourt Brace Jovanovich, Publishers, pp. 339-343.

Mivedor A. S., Pita, J. S., Adjata K. D., Duclercq, J. et Gumedzoe, Y.M.D., 2017. Genetic Diversity of Tomato (Solanum lycopersicum L.) Begomovirus in Togo. Agricultural Sciences, 8, 1402-1414. https://doi.org/10.4236/as.2017.812100

Monci F., Sanchez-Campos S., Navas-Castillo J. et Moriones E., 2002. A natural recombinant between the geminiviruses Tomato yellow leaf curl Sardinia virus and Tomato yellow leaf curl virus exhibits a novel pathogenic phenotype and is becoming prevalent in Spanish populations. Virology, 303, 317-326.

Morilla G., Janssen D., García-Andrés S., Moriones E., Cuadrado I.M. et Bejarano E. R., 2005. Pepper (Capsicum annuum) is a dead-end host for Tomato yellow leaf curl virus. Phytopathology, 95, 1089-1097.

Mugnier, J., 2008. Nouvelle flore illustrée du Sénégal et des régions voisines.

N'Guessan K. P., Fargette D., Fauquet, C. et Thouvenel J., 1992. Aspects off the epidemiology of okra leaf curl virus in Côte d'lvoire. Tropical Pest Management, 38, 122-126.

Nacoulma O., 1996. Plantes médicinales et pratiques médicales traditionnelles au Burkina Faso. Cas du plateau central. Thèse d'état, Tome I. Université de Ouagadougou. 261pp.

Nana R., 2005. Influence de la fréquence et de la période d'arrosage sur l'économie d'eau: adaptation physiologique du gombo (Abelmosehus eseulentus (L.) Moench) en culture de contre saison. Mémoire de DEA,Université de Ouagadougou, Burkina Faso, p.67.

Navas-Castillo J., Fiallo-Olivé E. et Sanchez-Campos S., 2011. Emerging Virus Diseases Transmitted by Whiteflies. Annual Review of Phytopathology, 49, 219-248.

Nzikou J. M., Mvoula T., Matouba E., Ouamba J. M., Kapseu C., Parmentier M., Desobry S., 2006. A study on gumbo seed grown in Congo Brazzaville for its food and industrial applications African, Journal of Biotechnology, 5 (24), 2469-2475.

Osborne L. S., 1988. The not so sweet sweetpotato whitefly. Florida Foliage. 8-15.

Ouedraogo Z. A., 2009. Caractérisation agromorphologique comparée de cinq variétés de Gombo

58

Références bibliographiques

(Abelmoschus esculentus (L.) Moencb). Mémoire d'Ingéniorat, Université Polytechnique de Bobo-Dioulasso, Burkina Faso, p.61

Oyen L. P. N. et Lemmens R. H. M. J., 2002. Ressources végétales de l'Afrique tropicale. PROTA précurseur, ISBN 90-77114-03-3.

Padidam M., Beachy R.N., Fauquet C.M. 1995. Tomato leaf curl geminivirus from India has a bipartite genome and coat protein is not essential for infectivity. Journal of general virology 76: 25-35.

Papayiannis L.C., Katis N.I., Idris, A.M. et Brown J.K., 2011. Identification of Weed Hosts of Tomato yellow leaf curl virus in Cyprus.Plant Disease, 95, 120-125.

Patel V.P., Rojas M.R., Paplomatas, E.J. et Gilbertson R.L., 1993. Cloning biologically active geminivirus DNA using PCR and overlapping Primers. Nucleic Acids Research, 21, 1325- 1326.

Péréfarres F., Thébaud G., Lefeuvre P., Chiroleu F., Rimbaud L., Hoareau M., Reynaud B. et Lett J. M., 2014. Frequency-dependent assistance as a way out of competitive exclusion between two strains of an emerging virus. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 281, 1-9.

Perring T.M., Cooper A.D., Rodriguez R.J., Farrar C.A., Billows T.S., 1991. Identification of a whitefly species by genomic and behavioural studies. Science 259: 74-77.

Pico B., Diez M.J., Nuez F., 1996. Viral disease causing the greatest economic losses to the tomato crop. II. The Tomato yellow leaf curl virus a review. Scientia Horticulturae 67: 151 196.

Picó B., Díez M.J. et Nuez, F., 1996.Viral diseases causing the greatest economic losses to the tomato crop. II. The Tomato yellow leaf curl virus. A review. Scientia Horticulturae, 67, 151-196.

Polston J.E., Anderson P.L., 1997.The emergence of whitefly transmitted geminiviruses in tomato in the Western Hemisphere. Plant Disease 81: 1358-1369.

Polston, J.E. et Lapidot, M., 2007.Management of Tomato yellow leaf curl virus: US and Israel Perspectives BT - Tomato Yellow Leaf Curl Virus Disease: Management, Molecular Biology, Breeding for Resistance. Tomato Yellow Leaf Curl Virus Disease, pp. 251-262.

Preiss W. et Jeske H., 2003. Multitasking in replication is common among geminiviruses. Journal of Virology, 77, 2972-2980.

59

Références bibliographiques

Programme PIP, 2008. Itinéraire technique, gombo (Abelmoschus esculentus). www.coleacp.org. Rohwer J. G., 2012. Guide des plantes tropicales. In : Delachaux et Niestlé (Eds.), p.266.

Rojas M. R., Hagen C., Lucas W.J. et Gilbertson R. L., 2005. Exploiting chinks in the plant's armor: evolution and emergence of geminiviruses. Annual Review of Phytopathology, 43, 361-394.

Rojas M. R., Jiang H., Salati R., Xoconostle-ca B., Lucas W. J. et Gilbertson, R. L., 2001. Functional Analysis of Proteins Involved in Movement of the Monopartite Begomovirus , Tomato Yellow Leaf Curl Virus. Virology, 291, 110-125.

Sánchez-Campos S., Navas-Castillo J., Camero R., Soria C., Díaz J. A. et Moriones E., 1999. Displacement of Tomato Yellow Leaf Curl Virus (TYLCV) -Sr by TYLCV-Is in Tomato Epidemics in Spain. Virology, 89, 1039-1043.

Sanderfoot A. A., Ingham D .J. et Lazarowitz S. C., 1996. Vira1 Movement Protein as a Nuclear Shuttle: The Geminivirus BR1 Movement Protein Contains Domains Essential for lnteraction with BL1 and Nuclear Localization. Plant Physiology, 110, 23-33.

Saunders K. et Stanley J., 1999. A nanovirus-like DNA component associated with yellow vein disease of Ageratum conyzoides: evidence for interfamilial recombination between plant DNA viruses. Virology, 264.

Sawadogo M., Balma D., Nana R., Sumda M. K. T. L. R., 2009. Diversité agro-morphologique et commercial du gombo (Abelmoschus esculentus L.) à Ouagadougou et ses environs. Int. J. Biol. Chem. Sci. 3 (2): 326-336.

Sawadogo M., Balma D., Zombre G., 2006. Expression de différents écotypes de gombo (A. esculentus (L.)) au déficit hydrique intervenant pendant la boutonnisation et la floraison. BASE, Biotechnologie, Agronomie, Société, Environnement.10 (1): 43-54.

Sayed Sartaj Sohrab, Esam I., Azhar, Mohammad A. Kamal, P.S. Bhattacharya , D. Rana, 2014. Genetic variability of Cotton leaf curl betasatellite in Northern India, Saudi Journal of Biological Sciences, 21, 626-631. http://dx.doi.org/10.1016/j.sjbs.2014.11.006

Séka K, Ouattara A, Assiri K. P., Kra KD, Hoareau M., Lefeuvre P., Atta Diallo H., Lett J. M., 2016. First reports of Cotton leaf curl Gezira virus and Okra yellow crinkle virus associated with okra leaf curl disease in Côte d'Ivoire. New Disease Reports 34, 8. http://dx.doi.org/10.5197/j.2044-0588.2016.034.008

60

Références bibliographiques

Shamsul A., Arifuzzaman K., 2007. Chemical Analysis of Okra Bast Fiber (Abelmoschus esculentus) and Its Physico-chemical Properties. Journal of textile and Apparel, Technology and management.,5 (4).

Sheu S. C., Lai M. H., 2012. Composition analysis and immuno-modulatory effect of okra (Abelmoschus esculentusL.) extract. Food chemistry, 134 (4), 1906-1911.

Shih S. L., Green S. K., Tsai W. S., Lee, L. M. et Levasseur V., 2007. First report of a distinct Begomovirus associated with okra yellow crinkle disease in Mali. Plant Pathology, 56, 718.

Shih, S. L., Kumar, S., Tsai, W. S., Lee, L. M. et Green, S. K., 2009. Complete nucleotide sequences of okra isolates of Cotton leaf curl Gezira virus and their associated DNA- b from Niger. Archives of Virology, 154, 369-372.

Siemonsma J. S., Hamon S., 2004- Abelmoschus esculentus (L.) Moench. In: Ressources végétales de l'Afrique Tropicale 2. Fondation PROTA.Wageningen. Pays-Bas, p.25-30.

Siemonsma J. S., 1982. West African okra: morphological and cytological indications for theexistence of a natural amphiploid of Abelmoschus esculentus (L.) Moench and A.manihot (L.) Medikus.Euphytica, 31, 241-252.

Silva J. C. F., Carvalho T. F. M., Basso M. F., Deguchi M., Pereira W. A., Sobrinho R.R., Vidigal P. M. P., Brustolini O.J.B., Silva F .F., Dal-Bianco M., Fontes R. L. F., Santos A. A., Zerbini, F. M., Cerqueira F.R. et Fontes E. P. B., 2017.Geminivirus data warehouse: a database enriched with machine learning approaches. BMC Bioinformatics, 18, 240.

Spichiger R. E., Savolainen V. V., Figeat M., 2000. Botanique systématique des plantes : Une approche phylogénétique nouvelle des Angiospermes des régions tempérées et tropicales. Première édition. 373 p

Swanson, M. M. et Harrison, B. D., 1993. Serological relationships and epitope profile of an isolate of okra leaves curl geminivirus from Africa and Middle East. Biochimie, 75, 707-711.

Terrell E. E., Winters H. F., 1974. Changes in scientific names for certain crop plants. Hortscience, 9 (4): 324, 325.

Thresh J. M., Otim-Nape G. W., 1994. Strategies for controlling African cassava mosaic geminivirus. Adv. Dis. VectorRes. 10: 215-236.

Tiendrébéogo F., 2006. Identification sérologique et moléculaire de Begomovirus au Burkina Faso. Mémoire de DEA, Université de Ouagadougou, Burkina Faso, 54 p.

61

Références bibliographiques

Tiendrébéogo F., 2010. Caractérisation et aspects épidémiologiques des Begomovirus infectant les plantes maraîchères et le manioc au Burkina Faso. Thèse de doctorat. Université de Ouagadougou, 191p.

Tiendrébéogo F., Lefeuvre P., Hoareau M., Villemot J., Konaté G., Traoré A. S., Barro N., Traoré, V.S., Reynaud, B., Traoré, O. et Lett, J.-M., 2010. Molecular diversity of cotton leaf curl Gezira virus isolates and their satellite associated with okra leaf curl disease in Burkina Faso. Virology Journal, 7, 48.

Tiendrébéogo F.., Traoré E. V. S., Barro N., Konaté G., Traoré A. et Traoré O., 2008. Characterization of Pepper yellow vein Mali virus in Capsicum sp. In Burkina Faso. Plant Pathology Journal, 7, 155-161.

Tshomba K. J., Esoma O. B., Muyambo Mu. E., Useni Si. Y., Nyembo K. L., 2015. Facteurs influençant le profit de la culture de gombo dans les conditions pédoclimatiques et socio-économiques de Lubumbashi en RDC, International Journal of Innovation and Applied Studies, 12, 820-830.

van der Walt E., Martin D. P., Varsani, A., Polston J.E. et Rybicki E. P., 2008. Experimental observations of rapid Maize streak virus evolution reveal a strand specific nucleotide substitution bias. Virology Journal, 5, 104.

Vanitharani R., Chellappan P. et Fauquet C. M., 2005. Geminiviruses and RNA silencing. Trends in Plant Science, 10, 144-151.

Varma A., Malathi V. G., 2003. Emerging geminivirus problems. A serious threat to crop production. Annals of Applied Biology 142: 145-164.

Varsani A., Navas-Castillo J., Moriones E., Hernández-Zepeda C., Idris A., Brown J. K., Murilo Zerbini, F. et Martin, D. P., 2014. Establishment of three new genera in the family Geminiviridae: Becurtovirus, Eragrovirus and Turncurtovirus. Archives of Virology, 159, 2193-2203.

Varsani A., Roumagnac P., Fuchs M., Moriones E., Idris A., Briddon R.W., Zerbini F. M. et Martin, D. P., 2017.Capulavirus and Grablovirus: two new genera in the family Geminiviridae. Archives of Virology, 162, 1819-1831.

Wezel R., Van Liu H., Tien P., Stanley J. et Hong Y., 2001. Gene of the Monopartite Geminivirus Tomato yellow leaf curl virus -China Encodes a Pathogenicity Determinant That Is Localized in the Nucleus. Molecular Plant-Microbe Interactions, 14, 1125-1128.

62

Références bibliographiques

Wu J. X., Shang, H. L., Xie, Y., Shen, Q. T.et Zhou, X. P., 2012. Monoclonal Antibodies Against the Whitefly-Transmitted Tomato Yellow Leaf Curl Virus and Their Application in Virus Detection. Journal of Integrative Agriculture, 11, 263-268.

Wyatt S. D., Brown J. K., 1996. Detection of subgroup III geminivirus isolates in leaf extracts by degenerate primers and polymerase chain reaction. Phytopathology 86: 1288-1293.

Yang Y., Sherwood T. A., Patte C. P., Hiebert E., Polston J E., 2004. Use of Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) rep gene sequences to engineer TYLCV resistance in tomato.Phytopathology 94: 490-496.

Zerbini F. M., Briddon R. W., Idris A., Martin D. P., Moriones E., Navas-Castillo J., Rivera-Bustamante R., Roumagnac P. et Varsani A., 2017.ICTV Virus Taxonomy Profile: Geminiviridae. Journal of General Virology, 98, 131-133.

Zhang W., Olson N. H., Baker T. S., Faulkner L., Agbandje-McKenna M., Boulton M. I., Davies J. W. et McKenna, R., 2001. Structure of the Maize streak virus geminate particle. Virology, 279, 471-7.

Zhou X., 2013.Advances in understanding Begomovirus satellites.Annual review of phytopathology, 51, 357-81.

Zhou X., Liu Y., Calvert L., Munoz C., Otim-Nape G. W., Robinson D. J. et Harrison B. D., 1997. Evidence that DNA-A of a geminivirus associated with severe cassava mosaic disease in Uganda has arisen by interspecific recombination. Journal of General Virology, 78, 2101- 2111.