Chapitre III : Résultats et discussion
du Togo sont très proches de deux espèces de
Begomovirus. Il s'agit du Cotton leaf curl Gezira virus
(CLCuGeV) et du Okra yellow crinkle virus (OYCrV). Les
pourcentages d'homologie entre les isolats de Cotton leaf curl Gezira virus
(CLCuGeV) du Togo sont compris entre 88,71% et 96,56% avec CLCuGeV-Burkina
Faso (FN554528), CLCuGeV - Niger (FJ469627). Les isolats de Okra yellow
crinkle virus (OYCrV) du Togo quant à eux ont entre 86,52% et
97,70% d'identité nucléotique avec des isolats de Okra yellow
crinkle virus (OYCrV) de la Côte d'Ivoire (KX100572), du Mali
(EU024118) et du Cameroun (FM164724).
4. Diversité des virus responsables de la maladie de
l'enroulement foliaire du gombo au Togo
Afin d'apprécier la diversité des espèces
de Begomovirus obtenues après identification, une analyse
phylogénétique a été conduite. L'arbre
phylogénétique a été construit selon la
méthode dite du «Maximum likelihood» avec 1000
répétitions de bootstrap. L'isolat MaLCV-[CN:Fuj:06] (FJ712189) a
été utilisé comme racine de l'arbre. Ainsi, la topologie
de l'arbre phylogénique construite à partir des 9 isolats du Togo
a permis de confirmer cette proximité des isolats du Togo avec les deux
espèces virales susmentionnées. Parmi les neuf (9) isolats, 7 ont
formé un groupe homogène (bootstrap égale à 100)
avec des souches de Cotton leaf curl Gezira virus (CLCuGeV) du Burkina
Faso, du Niger et du Nigeria. Les 2 autres souches forment un groupe
homogène (bootstrap égale à 100) avec des souches de
Okra yellow crinkle virus (OYCrV) du Mali, de la Côte d'Ivoire et du
Cameroun (figure 16 A).
L'alignement des séquences réalisé par la
méthode des distances a permis de comparer les séquences deux
à deux et de faire ressortir les similitudes entre elles. La figure 16 B
présente les similitudes entre les séquences de la CP des isolats
caractérisés et ceux existant dans la banque de données
génomiques GenBank. Ces résultats mettent en évidence une
divergence nucléotidique assez variable entre les différentes
séquences.
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