Chapitre III : Résultats et discussion
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Zone agro-écologique Ville/village
Coordonnées_GPS
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Code_éch
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symptômes
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Résultats_PCR
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Nanergou
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38AK
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JN
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-
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Nanergou
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39AK
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JN
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+
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Nanergou
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40AK
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JN
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+
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RH : repliement vers le haut ;
RB : repliement vers le bas ; JN :
jaunissement
3.2. Amplification des â satellites
Afin de vérifier une éventuelle association des
Begomovirus détectés avec le â satellite, une
amplification a été conduite sur les 66 isolats positifs. Cette
amplification a permis de détecter la présence de â
satellite dans 25 isolats sur 66 isolats soit 37,88%. La Figure 16 illustre les
résultats d'amplification des â satellites en utilisant les
couples d'amorces Beta01/Beta02. La bande attendue d'environ 1400
nucléotides a été obtenue dans certains
échantillons avec succès.
Figure 15 : Electrophorèse des
produits d'amplification des â satellites (fragments attendus de 1400
paires de bases) sur gel d'agarose à 1%. 100 paires de bases = marqueur
de taille DNA ladder. 36 ; 37 ; 39 ; 40 ; 41 ; 54 sont positifs.
3.3. Séquençage des produits PCR du
gène de la protéine capsidiale
Le séquençage des produits PCR a permis d'avoir
l'identité des différentes espèces de Begomovirus
infectant le gombo au Togo. En effet, les produits du
séquençage ont permis d'obtenir des séquences dites
partielles, car concernant seulement le gène de la protéine de
capside (CP) des virus détectés. Au total neuf (9)
séquences ont été obtenues avec succès après
éditions et assemblages des contigs issus des produits de
séquençage. Cela a permis de générer neuf (9)
séquences virales que sont : 5AK, 6AK, 28AK, 39AK, 47AK, 62AK, 85AK,
93AK, 118AK. Ces séquences partielles soumises aux bases de
données génomiques (NCBI, EMBL et DDBJ) à l'aide de
l'algorithme BLAST ont révélé l'identité des
différents Begomovirus infectant le gombo au Togo. Les «
Blast search » ont révélé que les séquences
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