II.2.3.Isolement et identification
des bactéries
L'isolement des bactéries s'est faite après
culture des échantillons de selles sur des milieux gélosés
préalablement préparés selon les recommandations
indiquées par le fabriquant.
II.2.3.1.Isolement et
identification d'Escherichia coli
L'isolement de Escherichia coli, a été
fait dans une suspension de selles dans 5 ml d'eau distillée
stérile. Cette suspension a été par la suite
ensemencée simultanément par stries sur les géloses EMB
(Eosine Méthylène Blue) et Mac Conkey. Après incubation
pendant 24 heures à 37°C, nous avons observé sur le milieu
EMB, des colonies violettes, semi-bombées de 2 à 3 mm avec un
reflet métallique. Nous avons par la suite observé sur Mac Conkey
des colonies roses-rouges de 2 à 3 mm entourées d'halo vif
indiquant la fermentation du lactose. Avec ces observations, nous avons
suspecté la présence de Escherichia coli et nous avons
effectué une purification sur une autre gélose EMB à
37°C pendant 18 heures.
La confirmation de l'identité de l'isolat a
été réalisée en utilisant les galeries API 20E avec
la culture de 18 heures sur la gélose nutritive. Pour se faire, il
était d'abord question d'effecteur une observation microscopique entre
lame et lamelle pour vérifier la mobilité (E. coli est
plus ou moins mobile). Par la suite, 5 ml de suspension bactérienne a
été préparée dans de l'eau distillée
stérile d'opacité légère correspondant à
l'échelle 0,5 de McFarland (1,5.108 UFC/ml). La suspension a
été par la suite distribuée dans les tubes et cupules
Citrate (CIT), Voges-Proskauer (VP) et Gélatine (GEL). Pour les tubes
Arginine dihydrolase (ADH), Lysine décarboxylase (LDC), Ornithine
décarboxylase (ODC), Sulfure d'hydrogène (H2S), Urée
(URE); la galerie était par la suite Incubée à 37°C
pendant 24 heures. Après ce temps, on vérifiait si le tube
Glucose est positif ou plus de trois tests étaient positifs. Dans le cas
contraire, la galerie était ré-incubée de nouveau pendant
24 heures et on ajoutait par la suite dans le tube TDA, le réactif TDA
(chlorure de fer III), dans le tube indole, le réactif James, dans le
tube VP, le réactif VP (soude ou potasse). La confirmation de
Escherichia coli a été faite selon les
caractéristiques biochimiques présents dans le tableau I.
II.2.3.2.Isolement et identification de Shigella sp
Les bactéries du genre Shigella sp. ne
produisent pas de sulfure d'hydrogène et ne fermentent pas le lactose.
Les selles des patients ont été ensemencées sur le milieu
gélosé SS et, puis ont été incubées pendant
24h à 37°C. Une de ces colonies à centre noir a
été par la suite ensemencée sur la gélose Mac
Conkey, puis une autre sur EMB. Les colonies incolores sur le milieu Mac Conkey
étaient des Shigella sp , ainsi que celles qui avaient une
couleur grisâtre et transparentes sur le milieu EMB. Ces isolats ont
été par la suite purifiés sur la gélose SS suivie
d'une observation à l'état frais au microscope optique
(Shigellaest immobile), avant d'être identifié sur
galeries API 20E comme précédemment décrit pour E.
coli. Les caractères biochimiques du tableau I nous permettaient de
confirmer les Shigella sp.
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