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Conception d'idéotypes de tomate adaptés au stress hydrique.

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par Cheikh Mehdi Ould Mohamed Abdellahi Cheikh Mehdi
Montpellier-II - Master-2 informatique 2015
  

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Chapitre 2

Méthodologie

Résumé : Nous proposons dans ce chapitre de présenter les méthodes (algorithmes) principalement utilisées pour arriver aux objectifs proposés. Dans les deux premières sections, nous allons montrer comment l'ajustement des paramètres du modèle peut se transformer en un objectif d'optimisation mono-objectif et éventuellement multi-objectifs, en profitant de méthodes (algorithme) existant dans le domaine de l'optimisation. Et dans les trois sections suivantes, nous présentons un algorithme évolutionnaire multi-objectif et une méthode classique choisis pour résoudre notre problème et des critères pour traiter l'ensemble des solutions trouvées.

2.1 L'optimisation mono-objectif

En optimisation mono-objectif, on cherche à minimiser/maximiser une fonction objectif unique. Cette fonction objectif varie en fonction d'un ou plusieurs paramètres chacun de ces paramètres étant borné (contraintes). On va présenter dans la sous section suivante comment construire nos fonctions objectifs à partir des données observées et prédites par le modèle de la croissance du fruit.

2.1.1 Construction de la fonction objectif

Pour toute condition donnée, le modèle permet la simulation de la matière fraîche et de la matière sèche pendant la croissance du fruit à un pas de temps horaire. Les mesures ont été réalisées au cours du temps. Comme ces mesures sont destructives, plusieurs fruits ont été récoltés à des âges après anthèse variable. En général, le nombre de mesures à la récolte est très important alors qu'à contrario, peu de fruit ont été récoltés au cours de la croissance pouvant aller jusqu'à 1 seule mesure à certaine date. De plus, les fruits n'ont pas été cueillis toujours au même âge, mais plutôt sur certaines plages d'âges. Au vu du jeu de donnée (âge variable, nombre de mesures très variable entre les différents âges), nous avons, donc construit des clusters permettant à la fois de regrouper différentes mesures réalisés dans des fenêtres d'âge proche et permettant de donner un poids identique à ces différentes dates en prenant pour chaque cluster la moyenne des différences entre les données observées et prédites (illustration avec la Figure2.1 : chaque cluster est illustré par une couleur). Dans un deuxième temps, il a fallu définir une fonction objectif pour chacune des variables MF et MS. Pour chacune de ces variables, il est nécessaire de

(2.1)

(2.2)

18

construire une fonction objectif qui nous permettra d'optimiser la valeur des paramètres. L'objectif de cette fonction doit être de nous permettre de minimiser les écarts entre les données simulées et les données observées.

nClusterP Pn

1 1

RMSE = (Dobsi,j - Dpredi,j)2

nCluster n

i=1 j=1

Les variables de l'équation (équatin2.1) sont :

Dobs : (MF ou MS).

Dpred :(MFpred ou MSpred).

nCluster : nombre de culster.

n : nombre de points des données observées au niveau de culster i.

RRMSE = 100 × RMSE

MFobs

La fonction à minimiser est le RRMSE (équatin2.2), aussi bien pour la matière fraîche que pour la matière sèche. L'objectif est bien de trouver la meilleure combinaison de paramètre permettant de simuler le mieux possible la matière fraîche et la matière sèche, donc de minimiser simultanément RRMSEMF et RRMSEMS. Nous nous trouvons donc dans la situation d'avoir à optimiser sur deux critères, et nous nous plaçons dans le cadre général de l'optimisation multi-objectifs (voir section suivante).

FIGURE 2.1 Le principe de regroupement par cluster.

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"Des chercheurs qui cherchent on en trouve, des chercheurs qui trouvent, on en cherche !"   Charles de Gaulle