10.1- Diversité intra population
Pour décrire la diversité
génétique intra-population, nous avons calculé six
paramètres. Ils sont estimés pour chaque locus et la moyenne est
prise sur tous les loci, à l'aide du logiciel PopGene version 1.31 (Yeh,
1999). En termes de variabilité génétique
intra-population, la comparaison directe des fréquences
alléliques n'est pas facile à réaliser. Toutefois, il
existe des paramètres susceptibles de synthétiser, moyennant une
valeur globale, les informations les plus importantes comme le nombre moyen
d'allèles par locus (A), taux de polymorphisme (P), le taux moyen
d'hétérozygotie observé (HO), le taux moyen
d'hétérozygotie attendu (HE), le taux moyen
d'hétérozygotie attendu non biaisé (Hnb) et
indice de fixation FIS.
10.1.1- Nombre moyen d'allèles par locus
(A)
Ce paramètre traduit la richesse en allèles d'une
population, il est calculé selon la formule (2) :
1
A
= ? a
l
(2)
Où a représente le nombre d'allèles à
un locus et l le nombre des loci étudiés.
10.1.2- Taux de polymorphisme (P)
C'est le pourcentage des loci polymorphes dans
l'échantillon étudié. Autrement dit, c'est la
probabilité d'observer au moins deux allèles au même locus,
cette probabilité dépend des fréquences respectives des
allèles et aussi de la taille de l'échantillon (Fouley et
Ollivier, 2006). Dans le présent travail, un locus est
considéré polymorphe dans le cas où l'allèle le
plus fréquent a une fréquence inférieure ou égale
à 0,95.
10.1.3- Taux d'hétérozygote observé
(HO)
C'est la proportion d'individus hétérozygotes au
locus K comme dans la formule (3) :
ak
H OK = ? P ij ( i j
?
i j
, 1
=
)
(3)
Pij est l'estimation de la fréquence du génotype
ij au locus k et ak le nombre d'allèles au locus k. si on
considère l locus le taux d'hétérozygote observé
(HO) est la moyenne de (HOK) suivant l'équation (4):
1
H = ? H
O l
l
k = 1
OK
(4)
10.1.4- Taux d'hétérozygote attendu
(HE)
Un taux d'hétérozygotie attendu (HE) peut
être calculé, sous l'hypothèse de l'équilibre de
Hardy Weinberg, à partir des fréquences alléliques
déterminées pour chaque locus à l'aide de la formule (5)
:
(5)
H E = 1 - ? Pi 2
où pi est la fréquence du ième
allèle à ce locus.
Le taux moyen d'hétérozygotie (HO) est l'indice
le plus satisfaisant de la diversité génétique. Sa valeur
numérique dépend du nombre de loci polymorphes et de la structure
génotypique de chacun d'eux (Laliberté, 1998). Nei (1978) a
proposé d'utiliser un estimateur non biaisé (Hnb), ou
la diversité génique, lorsque le nombre d'animaux testés
est faible. Celleci est définie comme étant la probabilité
de tirer, au hasard, deux allèles différents à un
même locus.
L'estimation non biaisée est calculée selon la
formule (6):
2
2 ( 1
n - ? P i
H =
nb
)
2n -1
(6)
Où n est le nombre d'individus étudiés.
Les paramètres ainsi définis peuvent
décrire, jusqu'à un certain niveau, la diversité
génétique des populations ainsi que celle des individus qui les
composent. Certes, la variabilité génétique d'un individu
demeure inchangée tout au long de sa vie, à l'exception
d'éventuelles mutations. Toutefois, la constitution
génétique d'une population présente une possibilité
de variation dans le temps. En effet, les populations subissent des forces qui
déterminent leur constitution génétique et tendent
à la maintenir ou à la modifier. La conséquence de ces
forces évolutives est de faire varier le taux
d'hétérozygotie de la population par rapport à
l'équilibre de Hardy Weinberg. De plus, deux populations d'une
même espèce peuvent être soumises à des facteurs
évolutifs différents et voir leur constitution
génétique se différencier l'une de l'autre, ce qui peut
produire un effet à la fois sur les fréquences alléliques
et sur la relation entre l'hétérozygotie observée et celle
attendue. Les écarts par rapport à l'équilibre de Hardy
Weinberg sont quantifiés à l'aide de la statistique
hiérarchique des coefficients F.
| 
