II.4.3. Analyse génétique des
données
Après avoir déterminé la taille des
allèles, une base de données contenant pour chaque individu son
génotype multilocus (génotype à différents loci) a
été confectionnée à partir du logiciel
Excel®. A partir de cette base de données, le logiciel
CREATE version 1.0 a permis de créer des fichiers en formats
appropriés pour les autres logiciels d'analyses FSTAT, GENETIX, GENEPOP,
MSA et MICRO CHECKER.
L'hétérozygotie observée (Ho) et celle
attendue (Hs) ont été calculées pour chaque locus sous
l'hypothèse de l'équilibre de Hardy-Weinberg. Chez les
mâles et pour les loci liés au chromosome X (55.3, PGP13), les
tailles des allèles ont été codées en
données manquantes par les chiffres zéro (000/000). Ceci est
dû au fait que ces mâles sont tous des « faux »
homozygotes et contribuent à un déficit en
hétérozygotes.
La structure génétique des populations de
glossines a été étudiée à l'aide des
estimateurs non biaisés de Weir et Cockerham (1986) (f et O)
des statistiques F (FIS et FST) de Wright (Wright,
1965). Le FIS ou coefficient de consanguinité mesure
l'écart à la panmixie (croisements au hasard entre individus)
dans une sous-population. Il exprime la variabilité
génétique au sein des individus par rapport à la
sous-population et permet d'expliquer l'excès ou le déficit
d'hétérozygotes à l'intérieur de chaque
sous-population. Ses valeurs varient de -1 (excès en
hétérozygotes) à 1 (déficit en
hétérozygotes). Le FST (ou indice de fixation) mesure la
différenciation génétique entre deux ou plusieurs
sous-populations. Il mesure, sur la base des différences de
fréquences alléliques entre les sous-populations, le
déficit en hétérozygotes issu de la structuration en
sous-populations. Sa valeur est comprise entre 0 (pas de structuration) et 1
(toutes les sous-populations sont fixées pour un allèle au
moins).
Les statistiques F de Wright ont été
estimées à l'aide du logiciel FSTAT version 2.9.4 (Goudet, 2003).
Etant donné que f mesure l'écart des fréquences
génotypiques par rapport à celles attendues dans une
sous-population sous équilibre de Hardy-Weinberg, la signification
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Caractérisation génétique de Glossina
pallicera pallicera circulant dans le foyer de la maladie du sommeil de
Campo du Sud forestier Camerounais rédigé par GOMSEU DJOUMSIE
Emmanuel Boris
de cet écart a été testée en
randomisant 10000 fois les allèles entre les individus au sein des
différentes sous-populations et à chaque fois, f
était calculé (procédure automatique dans le logiciel
Fstat). La P-value de ce type de test est la proportion du nombre de
fois que la valeur de f estimée dans les réplicas
formés par randomisations est supérieure ou égale à
la valeur réelle de f obtenue (ou inférieure ou
égale lorsque la valeur réelle est négative). Une
procédure analogue a été utilisée dans le logiciel
Fstat pour tester la significativité de la valeur de O. Le
polymorphisme au niveau de chaque marqueur a été obtenu en
comptant le nombre d'allèles différents mis en évidence
par le marqueur considéré, ceci grâce au logiciel FSTAT.
Les fréquences alléliques et
l'hétérozygotie ont été respectivement
déterminés par les logiciels FSTAT version 2.9.4 et GENETIX
version 4.0.5 Une courbe de régression linéaire de FIS
en fonction du nombre d'allèle nul a été construite afin
de savoir si les allèles nuls étaient à l'origine du
déficit en hétérozygote. Le logiciel Micro-checker version
2.2.3. (Van Oosterhout et al., 2004) a été
utilisé dans le but de savoir si les allèles nuls expliquent la
totalité du déficit en hétérozygote. Ceci a
été évalué grâce au coefficient de
corrélation (R) qui varie de -1 à 1. Si R est proche de -1 ou 1,
il existe une forte corrélation et si R est éloigné de -1
ou 1, il existe une corrélation faible.
Pour apprécier le polymorphisme
génétique, c'est-à-dire les distances
génétiques entre les glossines analysées, le logiciel MEGA
3.1 (Kumar et al., 2004) a été utilisé pour la
construction d'un dendrogramme en utilisant des matrices de distances
harmoniques de Cavalli-Sforza et Edwards (1967). Ces matrices ont
été générées à l'aide du logiciel MSA
(Dieringer et Schlotterer., 2003).
Le logiciel XLSTAT 2015 a permis de comparer le niveau de
sensibilité entre les différents marqueurs microsatellites.
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pallicera pallicera circulant dans le foyer de la maladie du sommeil de
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