Analyse des bacteries non cultivables

INTRODUCTION

Les autorités sanitaires (ex : l'Association Française de NORmalisation (AFNOR) en France, Food and Drugs Administration (FDA) aux Etats-Unis) définissent des normes de recherche et de dénombrement de germes pathogènes dont la plupart sont basées sur l'utilisation de milieux de culture. Les laboratoires industriels et publiques utilisent ces milieux, liquides ou gélosés, sélectifs ou non, afin de permettre aux bactéries de se multiplier jusqu'à atteindre un niveau détectable et/ou dénombrable. Ces normes sont donc basées sur la capacité qu'ont les bactéries à se diviser ou à former des colonies sur milieux gélosés.

Chaque genre bactérien possède ses particularités et ses exigences nutritionnelles pour la croissance. Certaines bactéries sont plus difficiles à cultiver que d'autres, elles nécessitent des conditions particulières à leur développement, par exemple Legionella pneumophila (source : dictionnaire de bactériologie vétérinaire Euzéby J.P.,
http://www.bacterio.cict.fr/bacdico/ll/legionella.html) ou encore Mycobacterium Leprae qui n'est pas cultivable sur milieux complexe ou synthétique (Mukherjee R. et Antia N.H., 1985 [27]).

Le caractère cultivable d'une bactérie dépend des caractéristiques physiologiques et biochimiques de son genre ou de son espèce (microorganisme anaérobie, microaérophile, halophile, différentes auxotrophies selon les espèces). Les conditions nécessaires à la prolifération des bactéries au sein d'un même genre ou d'une même espèce varient également selon l'état physiologique des cellules. Les conditions extérieures et des facteurs de stress peuvent influer sur l'état physiologique des cellules. Les stress peuvent également engendrer la mort des bactéries dans le cas où elles ne peuvent s'y adapter. Les cellules mortes, sans activité métabolique, ne peuvent pas être cultivée. Cependant une bactérie non cultivable n'est pas forcément morte, une coloration au CTC indiquant que la respiration cellulaire a lieu peut le montrer (chapitre 2.1.1).

Les bactéries soumises à des stress dus à leur environnement possèdent des stratégies pour survivre. Certaines bactéries ont la capacité de former des spores, d'autres de passer à un état non cultivable : l'état Viable mais Non Cultivable (VNC).

Dans cette étude, les méthodes d'analyses et de recherche des bactéries non cultivables seront décrites. Puis les axes de recherches portant sur le phénomène de retour à un état cultivable appelé « resuscitation » seront développés. Il est cependant indispensable dans un premier temps de décrire et de définir les formes non cultivables des bactéries. L'impact sur la santé publique de telles formes bactériennes et les conséquences de leur présence dans l'environnement sont autant de questions qui suscitent l'intérêt des microbiologistes et des agences sanitaires.

1. LES BACTERIES NON CULTIVABLES, CONTEXTE ET IMPACT SUR LA SANTE PUBLIQUE.

Les bactéries sont naturellement présentes à divers états dans le milieu naturel et dans l'alimentation. Les paragraphes suivants traitent des caractéristiques de ces différents états : viables, cultivables ou non, formes sporulées, mort. Ainsi que les conséquences de la présence de bactéries non cultivables dans l'alimentation ou dans notre environnement.