II.1.3 Extraction des données à partir
d'HEXAFLUX
L'extraction des données de ce logiciel se fait en
plusieurs étapes :
· programmation de la requête correspondant
à une demande précise. On accède à la fenêtre
d'édition des requêtes à l'aide de la commande REQ, puis on
rédige la requête et on l'enregistre sous un nom ;
· extraction de la demande : la commande EXTRACT
permet d'accéder à la fenêtre d'extraction d'une
requête. Une fois dans la fenêtre permettant d'extraire les
demandes, on choisit la requête à utiliser, le fichier
d'entrée, on saisit les paramètres de lancement (code de
l'analyse ou du médecin, valeur limite du résultat, ...) et on
donne le nom du fichier de sortie ;
· formatage de données : on accède
à la fenêtre d'édition à l'aide de la commande
FORMAT. Cette commande permet de fixer la présentation des
données que nous avons extraites. Une fois ces données
formatées, elles peuvent être imprimées ou stockées
dans un fichier à exporter ultérieurement vers la station
épidémiologie. Ici, on définit la présentation du
fichier de sortie (lignes et colonnes), le support de sortie (sortie sur
imprimante, sortie ASCII (fichier texte), sortie SYLK (fichier EXCEL)), puis on
précise le nom du fichier d'entrée (fichier définit comme
sortie de la commande EXTRACT) et du fichier de sortie. Si le support de sortie
n'est pas l'imprimante, on choisit les délimiteurs de texte (c'est le
caractère qui encadre les champs alphanumériques : on
utilise généralement les guillemets), de rubrique (c'est le
caractère qui sépare chaque champ : on utilise
généralement la virgule), d'enregistrement (c'est ce qui
sépare chaque ligne : on utilise généralement le code
mnémonique <CR><FL>), et le séparateur de
décimal (point, virgule);
· Enfin, si le fichier n'est pas imprimé, il peut
être récupéré sur le serveur à l'aide d'une
disquette.
De manière spécifique, pour avoir les
données de HEXAFLUX, nous avons écrit une requête. Cette
requête consistait à rechercher les demandes concernant un code
d'analyse (ECBU). La recherche a été effectuée sur tous
les dossiers des patients du CPC en 2007. Puis, nous avons extrait les
données à l'aide de la commande EXTRACT. Lors du formatage du
fichier, nous avons défini les lignes comme étant des
observations et sept colonnes comme variables (numéro de demande, nom du
patient, prénom du patient, sexe du patient, âge du patient
(numéro de téléphone du patient dans HEXAFLUX),
identification, numération des germes et leucocyturie). A cette
étape, nous avons choisi la sortie SYLK pour le fichier de sortie et
sélectionné la virgule comme séparateur de décimal.
Le fichier obtenu a été stocké dans la station
épidémiologique de HEXAFLUX. Le système d'exploitation sur
lequel HEXAFLUX est installé est UNIX et les travaux s'y
déroulent en ligne de commande. Ne connaissant pas dans quel
répertoire les fichiers sont systématiquement enregistrés,
nous avons écrit au concepteur du logiciel pour avoir d'amples
informations. Après la réponse du concepteur du logiciel, nous
avons récupéré sur Internet un client FTP (File Transfert
Protocole). Avec ce FTP, nous nous sommes connectés à la station
épidémiologique, les fichiers (requête (R_XXXX), Extraction
(E_XXXX) et exportation (E_XXXX)) ont pour directoire /u/FSHPX. A partir de ce
dernier répertoire, nous avons copié le fichier qui nous
intéressait.
Les fichiers obtenus de HEXAFLUX et d'ATB expression ont
été traités (suppression des doublons, recodage du sexe et
de l'âge) et mis ensemble. La plupart des doublons provenant du fait que
certains patients reprennent les ECBU après deux semaines pour
vérification ou pour confirmation.
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