CHAPITRE 3
RESULTATS ET
DISCUSSION
44
Chapitre 03 : Résultats et discussion
Résultats
1 -Entérobactéries
Durant cette étude, 2421 souches
d'entérobactéries ont été isolées pendant la
période de 4 ans et 4 mois (du 01/01/2013 au 30/04/2017), de patients
hospitalisés ou externes du Centre Hospitalo-universitaire de
Sétif.
1-1- Répartition des
entérobactéries par espèces
Les souches d'entérobactéries
identifiées sont réparties comme suit ; E. coli
est la souche la plus fréquente (n= 1160), suivie par K.
pneumoniae (n=479) et P.mirabilis (n=216) ces trois souches
représentent plus de 67% des entérobatéries
isolées. Les autres espèces minoritaires sont E. cloacae
(n=91), Enterobacter sp (n=59), Klebsiella sp (n=42), M.
morganii (n=40), S. macescens (n=38), K. oxytoca (n=35),
Citrobacter sp (n=30), C. freundii (n=28) et P. vulgaris
(n=27). D'autresespèces rarement isoléessont
identifiées comme Enterobacter gergoviae, Pantoea, Providencia,
Salmonella, Shigella, Hafnia, Cedecae devisae, Ewingella... (n=176)
(fig.12).
45,00%
40,00%
50,00%
35,00%
30,00%
25,00%
20,00%
15,00%
10,00%
5,00%
0,00%
47,91%
19,78%
8,92% 3,76%
2,44%
1,73%
1,65%
1,57%
1,45%
1,24%
1,16%
7,28%
1,12%
Figure 12. Répartition des
entérobactéries selon l'espèce.
45
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
1-2- Répartition des
entérobactéries selon l'origine de l'infection
Plus de la moitié des souches
d'entérobactéries isolées proviennent du milieu
hospitalier soit 57.71 %. Par contre (42.29%) des prélèvements
représentent des infections communautaires (fig.13).
57.71%
42.29%
OUT IN
Figure 13. Pourcentages des
entérobactéries selon l'origine de l'infection.
1-3- Pourcentage des entérobactéries selon
le sexe
La population du sexe féminin est la plus touchée
par les infections à entérobactéries (54.29%) par rapport
au sexe masculin (44.97%) (fig.14).
46
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
60,00%
50,00%
40,00%
30,00%
20,00%
10,00%
0,00%
Feminin
54,29%
Masculin
44,97%
Inconnue
0,74%
Figure 14. Pourcentages des souches
entériques selon le sexe.
1-4- Répartition des
entérobactéries selon les tranches d'âge
La majorité des entérobactéries sont
isolées, plus chez les adultes que chez les enfants ; mais lors de la
répartition de l'âge par tranche, la tranche d'âge 1-10 ans
est la plus élevé (14.38 %), suivi de la tranche 61 et plus
(13.06 %), la tranche 21-30 ans est en troisième position (11.42%), de
31-40 ans (8.33%), de 51-60 ans (7.30%), de 11-20 ans (6.93%), de 41-50 ans
(6.18%), alors que les nourrissons de <1 ans en dernier(1.20%). Cependant,
(31.20%) d'entérobactéries ont été isolées
d'un sexe inconnu (fig. 15).
35,00%
30,00%
25,00%
20,00%
15,00% 11,42%
8,33% 6,18% 7,30%
10,00%
5,00%
0,00%
Inconnu < 1 ans 01-10
ans
31,20%
1,20%
14,38%
6,93%
11-20
ans
21-30
ans
31-40
ans
41-50
51-60 61 ans
ans ans et plus
13,06%
Figure 15. Répartition des
entérobactéries selon les tranches d'âge.
47
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
1-5- Profil de résistance des
entérobactéries aux antibiotiques
L'étude de la sensibilité des
entérobactéries aux antibiotiques atteste d'un taux très
élevé de résistance aux bêtalactamines (fig.16). Les
résistances maximales sont notées pour
l'amoxicilline où 98.40% des souches sont
résistantes, suivie par la céfazoline
(88.90%) et
l'aztréonam (52.79%). La résistance aux C3G est également
élevée, elle est de 40.72% et 30.10% respectivement pour la
cefotaxime et la ceftazidime. En revanche, une sensibilité relative
existe pour l'augmentin (12.58%), la céfépime (8.39%) et le
ciprofloxacine (8.24%).Les plus faibles résistances sont notées
pour les carbapénèmes (l'imipeneme et l'ertapeneme) et la
cefoxitine.
100,00%
40,00%
90,00%
80,00%
70,00%
60,00%
50,00%
30,00%
20,00%
10,00%
0,00%
98,40%
88,90%
52,79%
40,72%
30,10%
28,57%
21,43%
20,38%
12,58%
8,39%
8,24%
7,53%
4,82%
7,22%
4,71%
4,36%
2,35%
Figure 16. Pourcentages de résistance des
entérobactéries aux antibiotiques
1-6- Profil de résistance des
entérobactéries aux antibiotiques par année
Les données décrites ci-dessous relatent d'une
manière plus détaillée l'évolution de la
résistance des entérobactéries aux f3-lactamines et aux
autres antibiotiques par année, durant la période du 01/01/2013
au 30/04/2017 :
a) Résistance aux â-lactamines
La résistance des entérobactéries aux
f3-lactamines montre un taux élevé de résistance à
AMX de presque 100% pendant les 5 années étudiés et
à la CZO (C1G) d'un taux d'environ 90%. Une augmentation importante de
résistance à AMC, AMP et les C3G d'une moyenne de 510% par an est
notée. L'apparence considérable de la FOX et l'augmentation de la
résistance
48
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
des antibiotiques du dernier recours IPM et ETP dans le
traitement constitue un véritable problème de santé
publique.
100,00%
40,00%
90,00%
80,00%
70,00%
60,00%
50,00%
30,00%
20,00%
10,00%
0,00%
AMX AMC AMP ATM CPN CZO FEP CTX CAZ FOX ETP
IPM
2013 2014 2015 2016 2017
Figure 17. Pourcentages de résistance des
entérobactéries aux f3-lactamines par année. b)
Résistance aux autres antibiotiques
Le graphe montre que l'évolution des
résistances aux quinolones et aux sulfamides est similaire à
celle des f3-lactamines, elle est en augmentation croissante à des taux
qu'il faut prendre en considération. En revanche, la résistance
aux aminosides est presque stable durant les cinq années avec une nette
diminution pour la gentamycine. Par contre, l'acide nalidixique reste
l'antibiotique le plus actif.
49
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
35,00%
30,00%
25,00%
20,00%
15,00%
10,00%
5,00%
0,00%
1,29%
4,57%
AN CIP GEN TOB SXT
2,00% 2,85%
2013 2014 2015 2016 2017
8,36%
9,22% 8,89%
13,86% 10,88%
10,45% 8,67% 10,82%
2,90% 2,61%
8,21%
10,35%
21,47%
24,60%
32,02%
Figure 18. Pourcentages de résistance des
entérobactéries aux autres antibotiques par année.
2- Les EBLSE
Le test de synergie est positif pour 53 souches
d'entérobactéries étudiées. Les 3 autres souches
ont montré un test de double synergie négatif. Pour ces souches,
il a été nécessaire de pratiquer le test de synergie sur
MH contenant de la cloxacilline à cause de la forte expression de leur
céphalosporinase.
2-1- Fréquence d'isolement des EBLSE
La prévalence de l'année 2017 a
débuté avec un pourcentage élevé des EBLSE
(35%) par rapport à la totalité des
entérobactéries isolées durant cette période.
EBLSE +
35%
EBLSE -
65%
Figure 19.Fréquence des EBLSE.
50
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
2-2- Répartition des EBLSE selon
l'espèce
Les 56 entérobactéries productrices de
â-lactamases à spectre élargie isolées durant cette
période de 4 mois sont réparties comme suit : 23 E.
coli, 22 K. pneumoniae, 4 E. cloacae, 3 M.
morganii, 2 S. marcescens, 1 E. aerogenes et 1 C.
freundii.
4% 2% 2%
5%
7%
39%
41%
E. coli
K. pneumoniae E. cloacae
M. morganii S. marcescens E. aerogenes C. freundii
Figure 20. Répartition des EBLSE par
espèce.
2-3- Répartition des EBLSE selon l'origine de
l'infection
La majorité (75%) des entérobactéries
sécrétrices de BLSE sont isolées des infections d'origine
hospitalières. Les espèces bactériennes impliquées
sont E. cloacae et E. aerogenes isolées exclusivement
du milieu hospitalier et représentent des germes typiquement d'origine
nosocomiales. L'espèce C. freundii est issue d'une infection
communautaire. L'espèce S. marcescens semble ubiquitaire elle
est issue d'infections nosocomiale et communautaire. Par contre, les
espèces E. coli et K. pneumoniae et qui
représentent un nombre plus important de souches, leurs
fréquences d'isolement des infections nosocomiales sont plus
élevées et de l'ordre de (82.61%) et de (72.73%)
respectivement.
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
100,00%
40,00%
90,00%
80,00%
70,00%
60,00%
50,00%
30,00%
20,00%
10,00%
0,00%
INF COMMU INF NOSO
Figure 21. Répartition des EBLSE selon
l'origine de l'infection.
2-4- Répartition des EBLSE selon le
service
Certains services hospitaliers sont apparus plus
concernés par le problème de résistance liée
à la production de BLSE, notamment les services des maladies
infectieuses et de la néphrologie d'où proviennent respectivement
(31%) et (12%) des souches BLSE, suivi par le service de pédiatrie avec
un taux de (10%). Au niveau des autres services l'isolement de souches BLSE est
faible et réparti comme suit : Hématologie (7%), Neurochirurgie
(7%), Médecine interne (7%), Cardiologie (5%), Bloc d'Urgence
Chirurgical (5%), Orthopédie (5%), Néo-natal (3%), Chirurgie
Femme (2%), Bloc d'Urgence Médical (2%), Réa-Médical (2%),
et Pneumo-phtisiologie (2%).
ORT
5%
CHF BUM
2% 2%
N-NAT
3%
CARDIO
5%
BUC
5%
7%
MI
N-CH
7%
HTO
7%
R-MED
2%
PED
10%
31%
CX
NEPH
12%
PPHT
2%
51
Figure 22. Répartition des EBLSE selon
le service.
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
2-5- Répartition des EBLSE selon la nature du
prélèvement
La répartition des sites anatomiques
présentée dans la figure 23, montre que le site le plus
concerné par les EBLSE sont les urines (32%), suivi du pus (30%) dans
lesquels les germes ont été isolés. Les taux
retrouvés dans les autres prélèvements sont comme suit :
hémocultures (16%), LCR (11%), liquide d'ascite (3%) et (2%) pour chacun
des autres prélèvements Drain, Prélèvement Buccal,
sonde urinaire et trachéal.
16%
11%
3%
2% 2% 2%
2%
30%
32%
URINE
PUS HEMOCULTURE LCR L. ASCITE
DRAIN
P. BUCCAL SONDE URINAIRE TRACHEAL
Figure 23. Répartition des EBLSE selon
la nature du prélèvement.
2-6- Répartition des EBLSE selon le
sexe
Le pourcentage est inversé par rapport à la
totalité des entérobactéries isolées, le sexe
masculin représente un taux plus élevé (51.79%) de la
fréquence d'isolement des EBLSE.
Féminin;
48,21%
Masculin;
51,79%
52
Figure 24. Répartition des EBLSE selon
le sexe.
53
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
2-7- Profil de résistance des EBLSE
Figure 25.Test de synergie.
L'antibiogramme effectué pour les souches d'EBLSE a
permis d'étudier leurs profils de résistance vis-à-vis des
antibiotiques testés.
2-7-1- Résistance aux
â-lactamines
Durant la période d'étude, le taux de
résistance aux céphalosporines de
3émegénération a connu une augmentation
très remarquable. Les résultats de la résistance des 56
isolats d'entérobactéries productrices de BLSE montrent que
toutes les souches sont totalement
résistantes (100%) à l'ampicilline,
l'amoxicilline et la ticarcilline, ainsi, qu'aux
céphalosporines de
1ére génération (C1G) la céfazoline et
la céfalotine, aux G ; la céfuroxime, aux C3G (CAZ, CTX),
à la Céfepime (C4G) et à l'aztréonam. Concernant la
résistance de ces souches aux inhibiteurs des â-lactamines on note
une résistance élevée vis-à-vis de l'association
amoxicilline/acide clavulanique. Par contre, l'association
pipéracilline/tazobactam demeure plus active.
Il est à signaler aussi dans ce travail, la
présence de 16 souches différentes résistantes à la
céfoxitine (FOX), suggérant la possible production d'une
céphalosporinase plasmidique de type AmpC.
L'imipéneme et l'ertapeneme restent les antibiotiques
de choix avec la sensibilité de 54 souches pour l'imipéneme
contre 2 résistantes, 53 souches sensibles à l'ertapeneme contre
3
54
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
souches. La sensibilité au méropeneme portant
sur 4 souches se sont montrées toutes sensibles. Cependant, la
légère résistance aux IPM et ERT est à prendre en
considération.
Figure 26. Test de synergie vu dans un
antibiogramme d'une souche Klebsiella pneumoniae
BLSE +.
2-7-2- Résistance aux aminosides
Des résistances associées aux aminosides sont
retrouvées chez plus de 60% des souches EBLSE, ce qui présente un
fort risque d'échec thérapeutique. Par contre, l'amikacine reste
l'antibiotique le plus efficace sur les souches EBLSE avec un taux de
sensibilité de 84%. 2-7-3- Résistance aux
quinolones
La résistance de souches EBLSE aux C3G est
associée à une résistance aux quinolones et aux
fluoroquinolones. Cette résistance est observée chez (70%) des
souches pour la ciprofloxacineet (35%) pour la levofloxacine.
2-7-4- Résistance aux autres
antibiotiques
L'étude de la sensibilité aux autres familles
d'antibiotiques a révélé aussi des résistances plus
au moins faibles. Quelques souches sont résistantes à la
tigécycline, la minocycline, l'association sulfaméthoxazole +
triméthoprime et la fosfomycine. Toutefois, la tigécycline et la
fosfomycine se sont montré les antibiotiques les plus actifs sur toutes
les souches testées.
55
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
100%
40%
90%
80%
70%
60%
50%
30%
20%
10%
0%
AMP/AMX AMX/ACV PIP/TAZ TIC AZM CAZ CTX FEP CPN CZO CXM
FOX ETP IPM MER AMK GEN TOB TGY MIC SXT CIP LVX FOS
S I
R
Figure 27. Profil de résistance des
EBLSE aux antibiotiques.
3- Support génétique mobile de la
résistance ? Les plasmides
Les souches d'entérobactéries productrices de
BLSE ont subit une extraction de leur contenu plasmidique par la méthode
de (Kado et Liu. 1981).
L'analyse du contenu plasmidique des souches, après
migration sur gel d'agarose (0.8%) a révélé que la
majorité de souches hébergent un à quatre types de
plasmides.
56
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
Tableau 8. Différents types de plasmides
extraits des EBLSE.
Nom de la souche
|
Code de la souche
|
Nombre de types de plasmide
|
Nombre d'isolats
|
Escherichia coli
|
Eco
|
1
|
N=19
|
|
|
|
(1.11.12.14.15.16.18.19.20.21
|
|
|
|
23.24.32.34.39.41.43.53.54)
|
Escherichia coli
|
Eco
|
2
|
N=1
|
|
|
|
(48)
|
Escherichia coli
|
Eco
|
3
|
N=2
|
|
|
|
(4.44)
|
Escherichia coli
|
Eco
|
4
|
N=1
|
|
|
|
(25)
|
Klebsiella pneumoniae
|
Kpn
|
1
|
N=12
|
|
|
|
(3.6.22.26.28.29.30
|
|
|
|
31.36.38.40.50)
|
Klebsiella pneumoniae
|
Kpn
|
2
|
N=6
|
|
|
|
(9.37.42.45.47.52)
|
Klebsiella pneumoniae
|
Kpn
|
3
|
N=3
|
|
|
|
(2.7.8)
|
Klebsiella pneumoniae
|
Kpn
|
4
|
N=1
|
|
|
|
(51)
|
Enterobacter cloacae
|
Ecl
|
1
|
N=3=)
|
|
|
|
(13.27.33)
|
Enterobacter cloacae
|
Ecl
|
3
|
N =1
|
|
|
|
(56)
|
Morganella morganii
|
Mmo
|
1
|
N=3
|
|
|
|
(17.46.55)
|
Serratia marcescens
|
Sma
|
1
|
N=2
|
|
|
|
(5.35)
|
Enterobacter
|
Eae
|
1
|
N=1
|
aerogenes
|
|
|
(10)
|
Citrobacter freundii
|
Cfr
|
1
|
N=1
|
|
|
|
(49)
|
|
( ) Numéros des isolats
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
Figure 28. Profil plasmidique des 56 souches
d'EBLSE.
57
58
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
4- Caractérisation des BLSE par la
PCR-multiplex
La caractérisation des gènes de BLSE
effectuée sur l'ADN (plasmidique ou chromosomique) de l'ensemble des
souches par l'amplification multiple des gènes CTX-M, TEM et SHV a
permis l'obtention de différents gènes de résistance
amplifiés sur 33 souches.
4-1- BLSE de type CTX-M
Ce type de BLSE se reconnaît facilement sur
l'antibiogramme en gélose car le CTX est habituellement la
molécule la plus touchée avec une très bonne inhibition
autour du disque contenant un inhibiteur de f3-lactamases.
La caractérisation moléculaire de f3-lactamases
par PCR a révélé que 29/33des souches
d'entérobactéries productrices de f3-lactamases à spectre
étendue provenant des patients à titre externe et de patients
hospitalisés aux différents services à l'hôpital,
sont toutes porteuses d'un gène blaCTX-M (Fig.29), soit une
prévalence de (87.88 %). Montré et Faire les espèces
59
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
Figure 29. Amplifications par PCR-Multiplex des
gènes blaCTX-M, blaSHV et blaTEM.
60
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
4-2- BLSE de type SHV
La BLSE de type SHV a été observée chez
15souches d'EBLSE soit une prévalence de (42.42 %) existant chez 12
souches K. pneumoniae, 2 d'E. coli et une souche d'E.
aerogenes.
4-3- BLSE de type TEM
Les BLSE de type TEM sont peu fréquentes, elles ont
été retrouvées chez 9 souches appartenant à K.
pneumoniae (N=6), E. coli (n=2) et une seule souche E.
aerogenes, soit une prévalence de (27.27 %).
souches %
|
E. coli (14)
|
K.
pneumoni
ae (14)
|
E. cloacae
(2)
|
M.
morganii
(2)
|
E.
aerogenes
(1)
|
blaCTX-M
|
68,75%
|
44,83%
|
100,00%
|
100,00%
|
33,33%
|
blaSHV
|
12,50%
|
37,93%
|
|
|
33,33%
|
blaTEM
|
18,75%
|
17,24%
|
|
|
33,33%
|
|
100,00%
40,00%
80,00%
60,00%
20,00%
0,00%
Figure 30. Prévalence des gènes de
résistance chez les souches amplifiées.
4-4- Résistances multiples
- BLSE de type CTX-M/SHV
La BLSE de type CTX-M/SHV est observée chez 13 souches
soit une prévalence de
(39.39%), 11 K. pneumoniae, une E. aerogenes
et une E. coli.
- BLSE de type CTX-M/TEM
Ce type de BLSE a été observé chez 6
souches soit (18.18%), 4 K. pneumoniae, 1 E.
aerogenes et 1 E. coli.
- BLSE de type CTX-M/SHV/TEM
La BLSE de type CTX-M/SHV/TEM est observée chez 5 souches
soit une prévalence de
(15.15 %), 4 K. pneumoniae et une seule souche
E. aerogenes.
61
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
Tableau 9.Caractéristiques
générales et moléculaires des souches
d'entérobactéries productrices de â-lactamases à
spectre étendu isolées au CHU de Sétif.
Souches
|
Code
|
Services
|
prélèvement
|
Sexe
|
Gène BLSE
|
Kpn
|
1(72c)
|
Orth
|
Pus
|
F
|
blaCTX-M
|
Kpn
|
2(62c)
|
Hto
|
Sang
|
F
|
blaCTX-M
|
Kpn
|
3(72s)
|
Orth
|
Pus
|
F
|
blaSHV
|
Kpn
|
4(62s)
|
Hto
|
Sang
|
F
|
blaSHV
|
Kpn
|
5(72t)
|
Ortho
|
Pus
|
F
|
blaTEM
|
Kpn
|
6(62t)
|
Hto
|
Sang
|
F
|
blaTEM
|
Kpn
|
7
|
Ext
|
Urine
|
M
|
blaTEM
|
Kpn
|
10
|
BUC
|
LCR
|
M
|
blaCTX-M
blaSHV
|
Kpn
|
11
|
N-Ch
|
Trachéal
|
M
|
blaCTX-M
blaSHV
blaTEM
|
Kpn
|
18
|
Ext
|
Pus
|
M
|
blaCTX-M
blaSHV
|
Kpn
|
19
|
Cx
|
Urine
|
M
|
blaCTX-M
blaSHV
|
Kpn
|
20
|
Ext
|
Urine
|
M
|
blaCTX-M
blaSHV
|
Kpn
|
22
|
Orth
|
Pus
|
F
|
blaCTX-M
blaSHV
|
Kpn
|
23
|
Ext
|
Pus
|
F
|
blaCTX-M
blaSHV
|
Kpn
|
24
|
N-nat
|
LCR
|
F
|
blaCTX-M
|
Kpn
|
31
|
Néph
|
Sonde Uri
|
M
|
blaCTX-M
blaSHV
blaTEM
|
Kpn
|
32
|
Péd
|
LCR
|
M
|
blaCTX-M
blaSHV
|
Kpn
|
36
|
Péd
|
Urine
|
M
|
blaCTX-M
|
Kpn
|
38
|
Ortho
|
Pus
|
F
|
blaCTX-M
blaSHV
blaTEM
|
Kpn
|
39
|
Hto
|
Sang
|
F
|
blaCTX-M
blaSHV
blaTEM
|
|
62
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
Eco
|
9
|
CHF
|
Pus
|
F
|
blaTEM
|
Eco
|
13
|
Cx
|
Pus
|
M
|
blaCTX-M
|
Eco
|
14
|
BUM
|
Pus
|
F
|
blaCTX-M
|
Eco
|
15
|
Ext
|
Urine
|
F
|
blaCTX-M
|
Eco
|
16
|
Péd
|
Urine
|
F
|
blaSHV
|
Eco
|
17
|
Cx
|
Urine
|
M
|
blaCTX-M blaSHV
|
Eco
|
21
|
Ext
|
Urine
|
F
|
blaCTX-M blaTEM
|
Eco
|
25
|
Cx
|
Pus
|
M
|
blaCTX-M
|
Eco
|
26
|
Péd
|
LCR
|
M
|
blaCTX-M
|
Eco
|
29
|
Cx
|
Urine
|
M
|
blaCTX-M
|
Eco
|
30
|
BUC
|
Pus
|
M
|
blaCTX-M
|
Eco
|
33
|
Cx
|
Urine
|
F
|
blaTEM
|
Eco
|
35
|
Cx
|
Urine
|
F
|
blaCTX-M
|
Eco
|
37
|
Ext
|
Urine
|
F
|
blaCTX-M
|
Eae
|
12
|
Cardio
|
Pus
|
M
|
blaCTX-M blaSHV blaTEM
|
Ecl
|
8
|
Ext
|
Urine
|
F
|
blaCTX-M
|
Ecl
|
27
|
Néph
|
Urine
|
F
|
blaCTX-M
|
Mmo
|
28
|
MI
|
Pus
|
M
|
blaCTX-M
|
Mmo
|
34
|
MI
|
Pus
|
M
|
blaCTX-M
|
|
63
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
Discussion
Depuis plusieurs années, le nombre de bactéries
résistantes aux antibiotiques est en constante augmentation,
principalement en milieu hospitalier. La menace la plus importante à
l'heure actuelle est observée chez les entérobactéries
(Armand-Lefévre. 2017) où on assiste à l'émergence
d'un grand nombre d'entérobactéries productrices de
bêta-lactamases à spectre élargi (BLSE).
Cette étude s'est déroulée du 01/01/2013
au 30/4/2017, période au cours de laquelle le recueil des données
de différents types de prélèvements de patients
hospitalisés des différents services au CHU de Sétif et de
patients à titre externe a permis d'isoler 2421 souches
d'entérobactéries. La souche E. coli est l'espèce
la plus fréquemment isolée avec 49.91%, suivi par K.
pneumoniae (19.78%) et P. mirabilis (8.92%). Des études
similaires confirme que E. coli est le pathogène le plus
répandu (68,2 %), suivi de Klebsiella spp. (Thibaut et
al. 2017). Le même constat a été fait au Maroc en
2005 où E. coli est également classé le germe le
plus prédominant avec 44.7 % suivie par Klebsiella sp.
(Sekhsokh et al. 2008). Toutefois, en France, E. coli
représente la première cause d'infection pathologique mais avec
un pourcentage de 62% (Diamantis et al. 2017) ou de 93% (Ménard
et al.2017).
La prévalence des entérobactéries
isolées des infections nosocomiales est plus élevée par
rapport à celles isolées des infections communautaires. Un taux
plus élevé (74%) est isolée des infections
hospitalière lors d'une enquête faite au CHU de Batna (Benammar et
al. 2017). Cependant, ce pourcentage est inversé quand il
s'agit d'infections urinaire où la fréquence d'isolement des
entérobactéries provient plus des malades à titre externe
(Lahlou et al. 2008 ; Hailaji et al. 2016). Il est
également noté que les patients de sexe féminin sont un
facteur de risque (Nadmi et al. 2010 ; Thibaut et al. 2017 ;
Rakotovao-Ravahatra et al. 2017). Les infections
particulièrement urinaires sont plus fréquentes chez les femmes
avec un pourcentage élevé comparativement aux hommes. Par
ailleurs, la majorité de la population semble infectée. Selon les
données de la répartition des entérobactéries
suivant l'âge des patients. Les différentes tranches d'âge
représentent des taux de colonisation plus au moins proches. Des
études ailleurs soulèvent des constats mitigés. Certaines,
supposent que les jeunes sont les plus infectés par rapport au vieux de
plus de 65 ans (Ben Ayed et al. 2017). Par contre d'autres auteurs
suggèrent que les personnes âgées sont les plus
infectés, révélant ainsi que la démographie en
termes d'âge, les traditions et les cultures de chaque région sont
pratiquement les causes de ces différences.
64
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
Les antibiotiques les plus utilisées dans les
infections à entérobactéries sont les â-lactamines.
L'étude de la sensibilité des entérobactéries aux
antibiotiques atteste d'un taux très élevé de
résistance aux bêtalactamines. Les résistances maximales
sont notées pour l'amoxiclline où (98.40%) des souches sont
résistantes, suivie par la céfazoline (88.90%) et
l'aztréonam (52.79%). La résistance aux C3G est également
élevée, elle est de (40.72% et (30.10%) respectivement pour la
cefotaxime et la ceftazidime. Notre étude démontre à
l'instar de nombreux autres travaux que la résistance des
entérobactéries est un phénomène grandissant. La
mauvaise utilisation des antibiotiques, l'automédication, la
recrudescence de la vente illicite des antibiotiques, la mauvaise conservation
des antibiotiques, les erreurs de prescription pourraient expliquer en partie
l'évolution de la fréquence des résistances.
Une sensibilité remarquable de l'ampicilline (80%) est
observée, la restauration de l'activité de cet antibiotique est
réapparue suite à son non utilisation au niveau communautaire
(sauf en dermatologie) qu'hospitalier. Concernant les aminosides, notre
étude révèle une sensibilité élevée
(>90%) à la gentamicine et la tobramycine. Ces taux de
sensibilité sont bien encadrés par les travaux antérieurs
(Tiouit. 2001). Notre étude révèle un faible taux de
sensibilité au cotrimoxazole (20.38%). Cette constatation a
été faite par certains auteurs au Maghreb où ils ont
trouvé (29,94%) de souches sensibles. Par contre d'autres auteurs ont
trouvé des pourcentages plus élevés de souches sensibles
au cotrimoxazole (Weber. 1993). La résistance à l'AMC
présente un taux plus faible que celui trouvé dans l'étude
de Diamantis et al. 2017. Des taux faibles mais non négligeable
aux C4G (8.39%) constitue un signe d'alerte et l'apparition de
résistance combinée avec d'autres antibiotiques est un
échec thérapeutique. Alors que, la FOX, IPM, ETP et AN restent
les antibiotiques les plus efficaces, malgré la présence d'une
légère résistance respectivement de 4.82, 4.71, 4.36 et
2.35%. Ces résultats sont conformes à certains travaux (Benammar
et al. 2017).
Les bactéries productrices de BLSE constituent une
préoccupation majeure en milieu hospitalier en raison de leur diffusion
épidémique et de leur multirésistance aux antibiotiques.
En parallèle, le milieu communautaire joue un rôle primordial dans
leur propagation. En effet, les BLSE sont retrouvées chez une vaste
proportion de bacilles à Gram négatif, et les
entérobactéries représentent les germes les plus
incriminés (Gniadkowski. 2001).
Dans cette étude s'étalant sur quatre mois,
l'incidence des souches d'entérobactéries productrices de BLSE
est de 35%.Cette prévalence correspond à peu près à
celle retrouvée dans certaines études nationales, en particulier
celle faite à Annaba (31.40 %) (Nedjai et al.
65
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
2013) et à Tlemcen (39.22%) (Baba Ahmed-Kazi Tani et
al. 2013); mais assez différente de celles rapportées
dans d'autres pays, tels au Japon (6,4 %) (Luvsansharav et al. 2011)
ou en Belgique (6.6%) (Rodriguez-Villa-Lobos et al. 2011). D'autres
études récentes rapportent des taux d'EBLSE variant de 6 à
64 % selon les zones géographiques (Sood et Gupta. 2012 ; Kizilca et
al. 2012) ces taux ont augmenté de 16 % en 2005 à 44 %
en 2010 (Bourigault et al. 2013).
Les espèces d'entérobactéries les plus
productrices de BLSE sont E. coli et K. pneumoniae avec des
proportions de (41.07%) et (39.29%) respectivement, suivie par E.
cloacae (7.14%) ceci corroborent les résultats d'autres
études (Neulier et al. 2014). Par contre, les autres
entérobactéries telles que M. morganii, S. marcescens, E.
aerogenes et C. freundii sont faiblement
représentées. Cependant, des taux plus élevés de la
prévalence de Klebsiella productrices de BLSE sont
détectées en Amérique du Sud (45,4% à 51,9 %)
(Villegas et al. 2008) et en Arabie Saoudite (55%) (Al-Agamy et
al. 2009). En Iran, la prévalence des K. pneumoniae
productrices de BLSE était très élevée, soit
un taux alarmant de 72.1% (Feizabadi et al. 2010).Les résultats
des taux d'E. cloacae (7.14%) productrices de BLSE rapportés
dans cette étude sont plus faibles que les proportions trouvées
dans les pays africains où des taux élevés ont
été rapporté, soit (18.5%) au Mali (Duval et al. 2009).
La plupart des EBLSE (75%) sont isolées des infections
hospitalières, donnant ainsi une haute prévalence que confirme
l'étude nationale faite au CHU de Batna (74%) (Benammar et al. 2017).
Pratiquement, la prévalence globale de la production
de BLSE a varié considérablement selon les zones
géographiques des pays et dans différents structures
hospitalières. Durant les quatre mois d'étude, les souches EBLSE
ont été retrouvées dans tous les types de services.
Cependant, certaines spécialités sont apparues plus
concernées, tels que les services des maladies infectieuses, de
néphrologie et de pédiatrie. Dans ces services, les
bactéries sont soumises à une pression élevée des
antibiotiques. Bien plus, plusieurs de ces patients sont
particulièrement vulnérables aux infections suite à une
hospitalisation prolongée et après exposition à des
dispositifs invasifs (sonde urinaire, cathéters veineux, ou tube
endotrachéal). En effet, les patients hospitalisés au sein des
unités de soins intensifs présentent plus de risques à
contracter une BLSE (Stürenburg et Dietrich. 2003).En
général, les services de réanimation sont
fréquemment considérés comme des foyers d'origine pour la
dissémination des bactéries productrices de BLSE en causant de
nombreuses épidémies (Rodriguez-
66
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
Villalobos et Struelens. 2006), ce qui est pratiquement le
contraire des résultats de cette étude. Les services de
réanimation ont mis des stratégies pour limiter cette
dissémination.
En effet, un nombre significativement important des
prélèvements recensés sont les urines (32%)
prélevées surtout chez les patients hospitalisés. Ce
résultat confirme que la majorité des souches BLSE proviennent
des urines (Canton et al. 2008 ; Ebongue et al. 2015).
Dans notre étude, le sexe masculin (52%) est
retrouvé comme facteur de risque. Ces résultats sont en accord
avec ceux rapportés par certaines études (Colodner et
al. 2004 ; Gupta et Datta. 2007). Néanmoins, d'autres ont
conclu à un risque plus élevé pour les femmes
(Rodriguez-Bano et al. 2008b ; Nedjai et al. 2013).
Les résultats de l'antibiogramme ont montré que
les souches présentent une résistance totale de 100% à
l'ampicilline, l'amoxicilline (aminopénicillines) et la ticarcilline
(carboxypénicillines). Ainsi, les souches sont résistantes
à 100 % aux céphalosporines de 1ére
génération (C1G) la céfazoline et la céfalotine,
aux G la céfuroxime, aux céphalosporines de
3émegénération (CAZ, CTX), à la
Céfepime (C4G) et l'aztréonam (monobactame).Concernant les
résistances des â-lactamines associé à l'acide
clavulanique, une résistance élevée à AMC
(amoxicilline/ac clavulanique) de 65% est notée. Contrairement à
l'association PTB (Pipéracilline/Tazobactam) qui est plus actif avec
seulement 23% de résistance.
La résistance aux C3G a été
signalée dans plusieurs pays africains, Sénégal,
Centre-Afrique, Maroc et Algérie (Frank et al. 2006;
Ruppé et al. 2009; Bourjilat et al. 2011; Ahmed et
al. 2012) avec des taux comparables à ceux trouvés.
Cependant, ils sont plus élevés que ceux trouvés en
Europe, aux USA et en Chine (Goossens et Grabein. 2005; Hirakata et
al. 2005; Winokur et al. 2001) et en Iran (Feizabadi et
al. 2010).
Les autres familles d'antibiotiques ont donné une
très forte résistance à l'association sulfamides SXT (75%)
; aux quinolones (70% pour la CIP et 35% pour la LVX) de même qu'aux
aminosides (61% pour la GN et 63% pour la TOB).
Récemment, un taux beaucoup plus important a
été retrouvé dans une étude algérienne,
où le pourcentage de la résistance de souches EBLSE est de 100%
de résistance à la majorité des antibiotiquesC3G
testés, gentamicine et tobramycine (Touati et al. 2012).
Les molécules les plus actives ont été
l'imipénème (95 %), l'amikacine (85 %) et la fosfomycine (80 %).
La céfoxitine n'est active que chez 70 % des souches.
Il est actuellement prouvé que l'utilisation des
antibiotiques, notamment les C3G dans un but thérapeutique est le
facteur de risque le plus important dans le développement de
résistances
67
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
bactériennes (Rubin et Samore. 2002). Cette pratique
est devenue un problème majeur de santé public. Ainsi, des
résistances croisées sont observées avec les aminosides,
fluoroquinolones, quinolones, et les triméthoprimes-sulfamethoxazoles.
Ceci est en rapport avec l'utilisation abusive d'antibiotiques à large
spectre (pénicillines, céphalosporines, fluoroquinolones,
aminosides).
L'analyse du profil plasmidique des 56 souches BLSE
étudiées a montré que nos bactéries
possèdent de 1 à 4 types différents de plasmide.
Cependant, cette diversité est responsable de la résistance et la
co-résistance aux antibiotiques. Dans d'autres études
(Mendonça et al. 2009; Tandé et al. 2009, Ahmed
et al. 2012) la co-résistance serait due à la
présence chez ces souches de grands plasmides qui portent en plus des
gènes bêtalactamases d'autres gènes de
résistances.
La séparation par électrophorèse des
produits PCR-Multiplex de 33 souches d'entérobactéries
isolées a permis de mettre en évidence la production de trois
types de BLSE, avec une nette prédominance de BLSE de type CTX-M, soit
88%, suivie de SHV 45% et TEM 18%.
Quoique les prévalences soient relativement
différentes, le CTX-M est retrouvé majoritaire dans
plusieurs études, notamment au Cameroun où les BLSE de type CTX-M
est de 97 %, en Afrique du Sud (95 %), en Guinée-Bissau (94,8 %), au
Niger (91 %), en Algérie (76 %) au Burkina-Faso (65,49 %), en France (45
%) et en Allemagne (85%) (Giraud-Morin et Fosse. 2008; Peirano et al.
2011; Woerther et al., 2011; Isendahl et al., 2012; Lonchel
et al., 2012; Nedjai et al., 2013; Zongo et al. 2015
; Pietsch et al. 2017).
Le CTX-M appartient aux Bêtalactamases de classe A,
décrit pour la première fois en Europe Occidentale et dès
lors retrouvé un peu partout dans le monde (Bradford, 2001a; Bonnet,
2004; Paterson et Bonomo, 2005).Dans cette étude, la BLSE CTX-M a
dominé chez Escherichia (69%); cette observation est
également faite par plusieurs auteurs (Metuor Dabire. 2014; Zongo et
al. 2015).
Dans cette étude, 33 isolats producteurs de BLSE sont
détectés. Les souches BLSE sont toutes multirésistantes.
Les mêmes résultats ont été rapportés dans
l'étude d'Ahoyo et al. 2007, les souches BLSE porteuses de
gènes CTX-M, sont porteuses d'autres gènes de résistance.
Des études antérieures ont montré que les plasmides qui
interviennent dans la résistance aux BLSE peuvent transporter plus d'un
gène bêta-lactamase comme CTX-M, SHV et TEM, ce qui peut
potentialiser l'action des bêtalactamases. Ces gènes sont
portés par le même plasmide conjuguatif et peuvent être
transférés dans d'autres souches (Ahoyo et al. 2007).
Les bêtalactamases de type TEM sont décrites depuis assez
longtemps. Aujourd'hui,
68
Chpaitr 03 : Résultats et discussion
plus de100 dérivés de bêta-lactamase de
type TEM sont décrits et beaucoup d'entre eux sont des BLSE.
Contrairement aux bêtalactamases de type TEM, le groupe des
bêtalactamases CTX-Ma connu une évolution rapide ces
dernières années.
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