I.4.Echantillonnage
L'échantillonnage était exhaustif des patients
répondant aux critères d'inclusion.
Les variables de l'étude choisies sont :
Âge, sexe, type de l'allaitement, prophylaxie,
traitement et le résultat du RT/PCR de l'enfant.
I.5. Recueil des
données
Les données ont étérecueillies à
partir des informations mentionnées dans le registre de laboratoire et
sur le bulletin de demande d'examen. La collecte concerne les variables
suivantes : l'âge, le sexe, type de l'allaitement, prophylaxie,
traitement et le résultat du RT/PCR de l'enfant.
I.6.Traitement et analyse des
données
Les données ont été consignées
d'abord sur la fiche de demande PCR (annexe 1) puis saisies
à l'ordinateur dans un fichier du logiciel Microsoft Excel version 2016.
Ce logiciel nous a permis de traiter les données et de calculer les
pourcentages et élaborer les tableaux et figures.
I.7.Définitions
opérationnelles
Ø Allaitement sécurisé :
c'est un allaitement au cours duquel l'enfant est nourri exclusivement au lait
maternel et l'enfant est mis sous prophylaxie depuis la grossesse jusqu'aux 6
premières semaines d'allaitement ;
Ø Allaitement mixte :c'est un
allaitement au cours duquel l'enfant est nourri au sein maternel et au
biberon ;
Ø Allaitement maternel :c'est un
allaitement au cours duquel l'enfant est nourri uniquement au sein
maternel ;
Ø Substitut du lait : tout
aliment commercialisé ou présenté de toute autre
manière comme produit de remplacement partiel ou total du lait
maternel ;
Ø Prophylaxie de la mère :
c'est au moment de l'accouchement on administre des ARV pour réduire le
risque de transmission mère enfant ;
Ø Traitement de la mère : c'est
lorsque la mère est sous ARV depuis le début de la grossesse
jusqu'à l'accouchement ;
Ø Prophylaxie de l'enfant :
Après juste la naissance, on administre des ARV à
l'enfant pour prévenir l'infection.
I.8. Matériel de
laboratoire utilisé
Les réactifs, appareils et consommables/accessoires
suivant ont été utilisés au cours de notre étude :
I.8.1. Réactifs
Ø Kit d'extraction et d'amplification COBAS
Ampliprep/COBAS TaqMan
Les réactifs destinés au test sont :
· Quatre (04) cassettes pré remplies et
prêtes à l'usage :
· La cassette CS1 : c'est la cassette de réactifs
de particules de verres magnétiques et d'une solution d'isopropanol
à 93% ;
· La cassette CS2 : est celle du réactif de lyse.
Elle contient du dihydrate de citrate de sodium, du thiocyanate de guanidine
à 42,5%, du polydocanol à moins de 14% et dudithiothréitol
à 0,9% ;
· La cassette CS3 : est destinée aux multi
réactifs, contenant une solution de protéinase et un tampon
d'élution ;
· La cassette CS4 : contient les réactifs
spécifiques au test VIH-1 : le standard de quantification (QS) du VIH-1.
C'est un RNA non infectieux contenant des séquences de liaison aux
amorces VIH-1 et un site unique de liaison à la sonde ainsi que
del'acide de sodium ;
· Le master mix : c'est le mélange
réactionnel HIV-1. Le master-mix est constitué des
désoxyribonucléotides, les amorces sens et anti-sens pour les
régions gag et LTR du HIV-1, les sondes oligonucléotidiques
liées à un marqueur fluorescent et spécifiques du HIV-1,
QS, l'ADN polymérase, l'enzyme Ampérase (Uracile-N-glycosylase)
et de l'azide de sodium ;
· Une solution de sel de manganèse qui sert de
tampon. Les réactifs destinés au test sont conservés entre
2 et 8°C et restent stables jusqu'à la date de péremption
indiquée tant que le flacon n'est pas ouvert. Après ouverture du
flacon, ces réactifs restent stables pendant 28 jours 2-30°C.
Chaque kit contient des réactifs en quantité suffisante pour 48
tests, qui peuvent être effectués en lots de 12 à 24 tests
;
· Le réactif de lavage est constitué de
dihydrate de citrate de sodium et de Nméthylisothiazolone-HCl à
0,1%. Le réactif de lavage reste stable jusqu'à la date de
péremption indiquée. Après ouverture du flacon, il reste
stable pendant 28 jours à 2- 30° C ou jusqu'à la date de
péremption si celle-ci survient en premier ;
· Témoins : ils assurent un contrôle interne
lors du test, ils sont constitués d'ARN non infectieux et sont de 2
types :
- Le témoin négatif (NC) ;
- Le témoin positif (PC).
Les témoins sont conservés entre +2 et
+8°C, ils restent stables jusqu'à la date de péremption
indiquée. Une fois le flacon ouvert, les substances non utilisées
sont jetées. Les témoins ont des pinces à code-barres
spécifiques à chacun, celles-ci doivent être
conservées à 2-30 °C. Les réactifs et les
témoins ne doivent pas être congelés.
Figure 7 :Kit
d'extraction COBAS Ampliprep/COBAS TaqMan.
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