Chapitre II : Matériel et méthodes
Figure 11: (A) broyeur à bille
(Tissuelyser II) utilisé pour le broyage des échantillons ; (B)
balance électronique utilisée pour peser les échantillons
(Photo Akakpo, 2019)
3. Détection des Begomovirus par la
PCR
Pour l'identification des Begomovirus et des
satellites (Betasatellites), nous avons utilisé la PCR conventionnelle
avec des amorces dégénérées. L'ADN total extrait a
été dilué à 100 ng/ul et a servi de matrice pour
l'amplification.
3.1. Amorces utilisées
Les amorces consignées dans le tableau V ont
été utilisées pour la détection des Begomovirus
et des éventuels ADN Betasatellites dans les échantillons.
Le couple d'amorces VD360/CD1266 est spécifique aux gènes codant
pour la protéine de la capside (CP) localisés sur l'ADN-A des
Begomovirus. Le couple d'amorces Beta01/Beta02 est spécifique
d'une région conservée de l'ADN Betasatellite.
Tableau V: Liste des amorces utilisées
pour les différentes réactions PCR
Détection de l'ADN A Séquences des amorces
Tailles
attendues (pb)
VD360/CD1266 (Dellate et al., 5'-AGRCTGAACTTCGACAGC-3'
906
2005) 5'-TCTCAACTTCARGGTCTG-3'
Détection de l'ADN Beta
Beta01/Beta02 (Briddon et al.,
5'-GGTACCACTACGCTACGCAGCAGCC-3' ~1400
2002) 5'-GGTACCTACCCTCCCAGGGGTACAC-3'
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