Chapitre I : synthèse bibliographique
par l'ICTV (Brown et al., 2015). Il est suivi du
genre Mastrevirus avec plus de 30 espèces reconnues
(Zerbiniet al., 2017). Selon leur répartition
géographique, il faut distinguer les Begomovirus de l'Ancien
Monde regroupant des Begomovirus originaires d'Europe, d'Inde,
d'Afrique et d'Asie et les Begomovirus du Nouveau Monde originaires
d'Amérique. Grâce aux nouvelles techniques de
caractérisation moléculaire développées ces
dernières années, 5 nouveaux genres ont vu le jour. Il s'agit:
des Becurtovirus, des Eragrosvirus, des Turncurtovirus
(Varsani et al., 2014) puis des Capulavirus, et des
Grablovirus (Varsani et al., 2017). En outre, quatre autres
espèces de virus étroitement liés aux géminivirus
ont été découvertes et acceptées par le
Comité exécutif de l'ICTV pour inclusion dans la famille des
Geminiviridae. Mais ces espèces resteront non attribuées
à un genre, en attendant l'identification de leurs espèces
vectrices et la confirmation de la morphologie de la particule virale (Varsani
et al., 2017). Il s'agit des espèces Apple geminivirus
(Liang et al., 2015), Citrus chlorotic dwarf associated virus
(Loconsoleet al., 2012; Guo et al., 2015), Grapevine
geminivirus A (Al Rwahnih et al., 2017), Mulberry mosaic
dwarf associated virus (Lu et al., 2015; Ma et al.,
2015) et Tomato associated geminivirus 1 (Fontenele et al.,
2017).
2. Origine des géminivirus
Les géminivirus actuels auraient évolué
à partir de réplicons d'ADN extra-chromosomiques présents
chez les ancêtres procaryotes ou eucaryotes primitifs des plantes
modernes (Koonin et Ilyina, 1992; Rojas et al., 2005). Dans ce
scénario, le géminivirus ancestral est envisagé sous la
forme d'un plasmide extra-chromosomique circulaire d'ADN sb qui se serait
répliqué par un mécanisme de cercle roulant impliquant une
forme réplicative d'ADN db. Les relations phylogénétiques
étroites des protéines Rep des géminivirus avec celles des
protéines Rep des plasmides des phytoplasmes, ainsi que la ressemblance
structurelle forte entre la CP des géminivirus et celle des virus
icosaédriques à ARNsb ont permis de proposer un deuxième
scénario évolutif dans lequel l'acquisition du gène codant
pour la protéine de capside d'un virus de plante à ARNsb par un
plasmide de phytoplasme a donné naissance à l'ancêtre des
géminivirus (Krupovic et al., 2009).
3. Le genre Begomovirus
3.1. Organisation génomique du genre Begomovirus
Selon l'organisation génomique, les Begomovirus
ont été scindés en deux groupes: les Begomovirus
monopartites ayant un ADN simple brin circulaire d'environ 2,8 kilobases
(ADN-A) et les Begomovirus bipartites ayant deux ADN simples brins
circulaires d'environ 2,8 kilobases chacun (ADN-A et ADN-B ; Jeske, 2009 ;
ICTV, 2012). Chacun des deux
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