Memoire Online - Diagnostic moleculaire du complexe mycobacterium tuberculosis chez les patients a risque de tuberculose resistante a la rifampicine et/ou a l'isoniazide au Burkina-Faso

Présenté en vue de l'obtention du diplôme de Master Mention : Sciences Biologiques Appliquées Spécialité : Bactériologie-Virologie

Directeur de mémoire : Pr SANGARE Lassana, professeur titulaire/Université de Ouagadougou, Chef service bactériologie / Centre Hospitalier Universitaire Yalgado Ouédraogo de Ouagadougou. Co-directeur de mémoire : DIANDE Souba, PhD en Biochimie et microbiologie / Université de Ouagadougou, Responsable Laboratoire National de Référence des mycobactéries/PNT Ouagadougou.

Pr TARNAGDA Zékiba, Institut de Recherche en Science de la Santé / Bobo-Dioulasso.

Dr KABORE Jacques, Maître de conférences, CIRDESS / Université polytechnique de Bobo-Dioulasso.

DIAGNOSTIC MOLECULAIRE DU CMTB CHEZ LES PATIENTS A RISQUE DE TUBERCULOSE
RESISTANTE A LA RIFAMPICINE ET/OU A L'ISONIAZIDE AU BURKINA-FASO

Nous rendons grâce à Dieu notre Père et à l'Esprit Saint notre inspirateur pendant tout le travail.

Merci aux membres du Jury : Pr TARNAGDA Zékiba, Dr KABORE Jacques et Dr DIANDE Souba pour avoir consacré de leur temps à juger le travail que j'ai effectué au cours de mon Master II en bactériologie-Virologie.

Merci au Pr Lassana SANGARE pour avoir accepté être mon directeur de mémoire de fin de cycle master. Ce qui ne serait possible sans sa contribution.

Un grand merci au Dr Souba DIANDE pour m'avoir accepté dans son service, pour ses conseils, ses enseignements sur la culture des mycobactéries et orientations dans la rédaction du document.

Merci infiniment à mon père Mr Djimbaye MBAIPA et à ma mère Mme Djimbaye RAMADJI Naidessem pour l'éducation que j'ai reçue d'eux, les soins dont j'ai bénéficiés, leur soutien financier pendant mon séjour au Burkina-Faso pour mes études.

Je remercie mes petits frères Mr KHAUM Elvis le Djimbaye (informaticien), Mr Madjiam KA-MBAIPA (ingénieur pont et chaussée), Mlle UBULARE Carine le Djimbaye et Mlle DJILYAM Conforte le Djimbaye qui m'ont soutenu dans la prière. Pour avoir été des petits frères et petites soeurs que j'ai toujours désirés, compréhensifs et patients.

Merci à mes oncles NGARYENA Rasissa et BEMADJITA Charles pour le soutien moral et financier dont j'ai bénéficié pendant tout mon séjour au Burkina-Faso

Merci à mes deux grands cousins ASNGAR Fidèle et WINDING Richard qui m'ont beaucoup encouragé pour le thème sur la tuberculose. ASNGAR Fidèle qui lui-même pour avoir déjà été en contact avec le germe quelques années en arrière, m'a vraiment galvanisé dans ce travail.

Merci à tous mes autres cousins et cousines de la grande famille MBAIPA que je ne peux nommément tous citer.

Merci à Mr Francis OUEDRAOGO, le major du laboratoire pour ses conseils et pour m'avoir beaucoup appris sur la microscopie à fluorescence.

Merci à Mr GUEYE Abdoulaye, un grand ami pour moi à qui je pouvais me confier pendant tout le séjour au laboratoire. Merci cpour m'avoir appris sur le diagnostic moléculaire, pour ses conseils et ses soutiens divers.

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RESISTANTE A LA RIFAMPICINE ET/OU A L'ISONIAZIDE AU BURKINA-FASO

Merci à Mr SAVADOGO Issiaka, Mr MOURFOU Adama, Mr SAWADOGO Léon, Mr NEBIE Bayema Romaric pour tous les conseils qu'ils m'ont prodigués durant mon stage auprès d'eux.

Mes remerciements aux médecins cliniciens, biologistes et personnel soignant intervenant dans la prise en charge des malades tuberculeux au Burkina-Faso.

Merci au Dr KY Marcel de la pharmacie Bethel de Bobo-Dioulasso qui a été comme un père pour moi à Bobo-Dioulasso. Sa porte m'était toujours ouverte quand je venais à la pharmacie. Merci à toute sa famille et que Dieu les bénisse.

Merci à la famille de mon pasteur, Mr BAMIKI Hema en qui j'ai trouvé une deuxième famille à Bobo-Dioulasso. Pour leur soutien multiforme

Merci à tous mes amis de Bobo-Dioulasso. Mon "grain" où je venais faire les jeux de société.

Merci à Mr Napoléon Service, un grand frère qui m'a beaucoup aidé pour la mise en forme du document

Merci à Mr MBATNA Augustin, un grand ami à moi devenu comme un frère depuis notre rencontre à Bobo-Dioulasso

Merci à Mr KEITOYO Amedé que je viens de faire connaissance mais dont le soutien moral m'a été très bénéfique.

Merci à tous mes amis que je ne peux nommément citer, que Dieu comble chacun de ses riches bénédictions

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RESISTANTE A LA RIFAMPICINE ET/OU A L'ISONIAZIDE AU BURKINA-FASO

? A mon père et ma mère qui ont toujours été là quand j'ai eu besoin d'eux et pour leur confiance placée en moi.

? A mes petits frères Elvis et Thierno et à mes petites soeurs Carine et Conforte.

? A la mémoire de mon petit papa Samson MBAIODJI qui a vécu avec nous toute sa vie et que Dieu a rappelé pendant mon temps d'étude au Burkina-Faso.

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Figures et tableaux	Pages
Figure 1 : Mycobaterium tuberculosis au microscope à fluorescence (coloration de Dugommier)	07
Figure 2 : Schémas des enveloppes cellulaires des mycobactéries	07
Figure 3 : Tuberculose et résistance dans le monde en 2012	11
Figure 4 : Transmission de la tuberculose	11
Figure 5 : Tuberculose en microscopie optique (coloration de Ziehl- Neelsen)	13
Figure 6 : Tuberculose en microscopie à fluorescence	13
Figure 7 : BCG sur milieu Löwenstein-Jensen	14
Figure 8 : Composantes du test Gene Xpert	16
Figure 9a : Principe de la recherche de mutation dans les gènes rpoB par hybridation sur bandelette	17
Figure 9b : Exemple de bandelettes GenoType MTBDR plus ver.2 (Hain Science)	18
Figure 10 : Procédure de réalisation du Gene Xpert	27

Tableau 1 : Répartition de la résistance à la rifampicine par sexe	30
Tableau 2 : Répartition des Multi Drug Resistance(MDR) par sexe	30
Tableau 3 : Répartition de la résistance à la rifampicine par tranche d'âge	31
Tableau 4 : Répartition des MDR par tranche d'âge	32
Tableau 5 : Résistance à la rifampicine et la Co-infection TB/VIH	32
Tableau 6 : Multi Drug Resistance (MDR) et la Co-infection TB/VIH	33
Tableau 7 : Répartition de la résistance à la rifampicine par type de malade	34
Tableau 8 : Répartition des MDR par type de malade	35
Tableau 9 : Répartition de la résistance à la rifampicine par région	36
Tableau 10 : Répartition des MDR par région	37
Annexes	49

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L'Université Catholique de l'Afrique de l'Ouest/Unité Universitaire de Bobo est un établissement d'enseignements supérieurs à caractère scientifique et professionnel.

Il convient de préciser que l'idée de créer l'UCAO avait germé depuis 1983. Elle a fait son petit bonhomme de chemin jusqu'à la confirmation de son ouverture en 2002 par les évêques de la Conférence épiscopale Burkina - Niger. Pendant le processus, l'Etat burkinabè a été aux côtés de ceux-ci. A la fin de la cérémonie, des protocoles de partenariat ont été signés avec l'UPB, le Lycée professionnel de Bobo, l'Institut de l'Environnement et de Recherche Agricole (INERA), le Centre International de Recherche et de Développement de l'Elevage en zone Sahélo-Saharienne (CIRDESS) et la Conférence Episcopale et Régionale de l'Afrique de l'Ouest (CERAO).

L'UCAO/UUB comporte en son sein les Unité de Formation et de Recherche (UFR) suivantes :

? Unité de formation et de recherche en sciences juridiques, politiques et humaine (UFR-SJPH) ;

? Unité de formation et de recherche en sciences économiques et de gestion (UFR-SEG)

Sur le plan académique, l'université a adopté depuis 2005 le système Licence Master Doctorat (LMD).

Les diplômes à chaque niveau d'étude sont obtenus après une soutenance publique d'un travail de recherche. C'est dans ce cadre que s'inscrit cette recherche sur le « Diagnostic moléculaire du complexe mycobacterium tuberculosis chez les patients à risque de tuberculose résistante a la rifampicine et/ou à l'isoniazide au Burkina-Faso.», pour l'obtention du Diplôme de master en Bactériologie-Virologie.

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rpoB : gène codant pour la sous-unité bêta de l'ARN polymerase ADN dépendante

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RESUME

La tuberculose est une maladie curable mais qui tue encore des millions de personnes chaque année et les formes résistantes/multirésistantes vont de plus en plus croissante de nos jours dans les pays en développement. L'épidémie du VIH accroit également le taux d'infection tuberculeuse. La présente étude a pour objectif d'évaluer la proportion des cas de tuberculose résistante à la rifampicine et/ou à l'isoniazide selon les caractéristiques sociodémographiques et cliniques parmi les malades dont les échantillons ont été analysés au Laboratoire National de Référence (LNR) des mycobactéries de Ouagadougou.

De la fin 2012 au début 2013 ; 204 patients avec tuberculose à microscopie positive (TPM+) ont été enregistrés au LNR des mycobactéries à Ouagadougou pour la recherche des mycobactéries chez les cas de tuberculose résistante à la rifampicine (TB/RR) et multirésistante (TB/MR). Notre étude de fin de cycle s'était déroulée entre octobre 2013 et octobre 2014 afin d'évaluer la proportion des mycobactéries du complexe tuberculosis (MCTB) chez les patients à risque de tuberculose résistante à la rifampicine et/ou à l'isoniazide. La microscopie a été réalisée après la coloration à l'auramine selon la méthode de fluorescence. Les tests moléculaires ont été réalisés après décontamination des échantillons selon la méthode de Petroff pour le test GenoType MTBDR plus essay ver.2 et après neutralisation pour le test Xpert TB/RIF.

Au total 204 échantillons ont été traités pour le diagnostic de mycobactéries du complexe tuberculosis (MCTB) chez les patients à risque de la tuberculose résistante à la rifampicine et ou à l'isoniazide. Les isolats inclus 34 (16,67%) des Mycobactéries Non-Tuberculeuses (MNT) et 170 (83,33%) des MCTB ; 166 (81,37%) des échantillons ont été collectés des patients de sexe masculin et 38 (16,63%) des patients féminins. Parmi les 204 échantillons ; 99 (48,53%) ont été soumis au test de dépistage VIII. La résistance à la rifampicine totale était d'environ 34% et une MDR d'environ 32%. Toutefois il n'y avait pas une relation entre la résistance aux médicaments et la sérologie VIII des patients.

Conclusion: au Burkina-Faso, les formes de tuberculose résistante et multirésistante constituent un problème de santé publique qui doit être rapidement pris en charge. Avec les taux de résistance (34%) à la rifampicine supérieur au seuil fixé par l'OMS, le Programme de lutte contre la tuberculose a encore beaucoup de défis à relever dans la lutte contre les formes de résistance et de multirésistance.

Mots clés : tuberculose résistante, tuberculose multirésistante, MCTB, Antituberculeux, Burkina-Faso.

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