L'innovation, la création végétale et la propriété industrielle: quelles évolutions possibles ?

I La PI prise de vitesse par l'essor biotechnologique

Cette prise de vitesse se manifeste par une extension du droit des brevets sur le végétal (chapitre 1) mais aussi par des phénomènes d'enclosures et des buissons de brevets comme étant un obstacle à l'innovation (chapitre 2)

Chapitre 1 l'extension du droit des brevets sur le végétal.

L'essor du secteur biotechnologique, sa capacité à séquencer des gènes, à modifier certains traits et son implication dans la création végétale^95(*) , doublé d'une interprétation extensive et autonome du droit des brevets ont fait du brevet une arme légale indispensable pour les firmes biotechnologiques. Il convient de qualifier cet essor biotechnologique (section 1) puis de voir en quoi la pratique des offices de brevets (section 2) peut constituer une extension du brevet sur le végétal.

Section 1 : l'essor biotechnologique et l'innovation végétale

La biotechnologie c'est l'usage des organismes vivant pour développer ou fabriquer des produits^96(*).

Cet essor est vu par beaucoup^97(*) comme étant né d'une 4^ème révolution industrielle.

C'est la confusion des lignes entre le physique, le biologique et le digital qui est caractéristique de cette (r)évolution.

Concernant les biotechnologies vertes^98(*) on peut parler de bioinformatique et d'ère génomique comme caractéristique de cette 4^ème révolution.

Les biotechnologies modernes sont affectées par trois changements majeurs : l'explosion d'outillages moléculaires très performants ; la révolution génomique ; et, surtout, l'accumulation de données biologiques venant de programmes internationaux de séquençage génomique.

La nouvelle matrice a pris forme dans les années 1950 lorsque les biologistes ont observé le moyen de localiser et d'identifier les chromosomes et les gènes. Les cytologistes^99(*) ont donc commencé à séparer le chromosome de la cellule. C'est la naissance de la (r)évolution génomique en 1968 jusqu'au milieu des années 1970. L'étude génétique se prolongera avec les premiers ateliers internationaux^100(*) de représentation schématique des gènes et une étude des fonctions associées. A ce moment là 150 gènes avaient été cartographiés. Selon le même auteur en 1986 plus de 1500 gènes ont été reliés à des chromosomes spécifiques. Actuellement des millions sont dépensés dans la recherche biologique dans le but d'identifier les gènes et les fonctions au sein du domaine végétal. De très large quantités de données sont collectées et rangées dans des banques de données génétiques. Ces banques de données sont selon Jeremy Rifkin : « les ressources premières primaires pour le siècle biotechnologique à venir »^101(*)

Pour illustrer ces propos et les appliquer à la création végétale il est intéressant d'observer le cas de la tomate. Depuis le début du 20^ème siècle de très nombreux cultivars ont été crées. Les tomates modernes (principalement des hybrides^102(*)) ont été développées, de nombreuses formes couleurs et taille d'une seule espèce^103(*) ont ainsi vu le jour.

L'avènement de l'étude du génome a coïncidé avec la création de nouvelles variétés de Solanum Lypercosium^104(*) et avec un changement dans la discipline de la sélection végétale.
En effet ce sont des chercheurs de la Waegeng university^105(*) qui ont montré que l'évolution des connaissances sur le génome a radicalement modifié les pratiques concernant la sélection végétale. En conséquence de quoi la discipline qui était plutôt individualiste est devenue collective et multidisciplinaire.

Selon ces auteurs : « The advent of genomics has brought a real boost to the generation of data, knowledge and tools that can be applied in breeding, which has transformed breeding from a rather individually based activity to a multidisciplinary teamwork that is most suited to exploit genes from tomato germplasm in an efficient way»^106(*)

Le germoplasme correspond aux ressources génétiques maintenues vivantes dans un but de préservation, de recherche et de sélection.

C'est donc les connaissances sur le génome qui ont amené des nouvelles méthodes pour la sélection végétale. L'outillage moléculaire consiste notamment en l'une d'elle avec l'avènement des marqueurs moléculaires.

Les marqueurs moléculaires ont profondément bouleversé la profession des obtenteurs. Ceux-ci permettent une association de marqueurs moléculaires avec un trait ou un segment de chromosome en vue de sélectionner et de créer une nouvelle variété. Ce processus est connu sous le nom de « sélection assistée par marqueurs moléculaires ».

A l'origine, la carte morphologique de la tomate était générée par l'usage de mutants^107(*) morphologiques distincts. Plus tard des isoenzymes^108(*) ont été ajoutés à la carte « classique ». Ces isoenzymes ont été la première génération de marqueurs moléculaires.

Avec l'avènement des marqueurs ADN comme les RFLPs et AFLPS^109(*) des « cartes » complètes ont été réalisées pour la tomate^110(*)

Les marqueurs génétiques sont donc en réalité le début d'une nouvelle ère pour la sélection végétale, qui peut être qualifiée d'ère génomique et qui a entre autres permis la création, par la communauté scientifique internationale, d'ateliers. Pour la tomate c'est le projet « the international Solanaceae Genomics (SOL) qui a été initié en 2003 avec la séquence du gène de la tomate comme pilier. Ou encore l'EU-SOL programme^111(*)

Cette nouvelle ère génomique va beaucoup plus loin que la simple application de marqueurs moléculaires appliquée à la création végétale puisque ces programmes internationaux sont en phase avec la bioinformatique.

En effet ces programmes, établissent des techniques post-génomes et des recherches intégrées^112(*), ils génèrent d'énormes quantités de données comme : « tomato gene databases, the gene expression databases, the tomato metabolite database etc... »

Ces même auteurs vont jusqu'à parler de « super domestication dans la sélection végétale » Ainsi avec l'avancement de la connaissance génomique les sélectionneurs seront capables d'identifier les allèles utiles dans le germoplasme d'espèces sauvages et créer de nouveau génotypes à travers des croisements, des hybridations et des retro croisement répétés.

Le fait de connaître les gènes pour des traits importants permet de créer ces nouveaux génotypes à travers une hiérarchisation et ou une réorganisation des séquences génétiques.

Il est évidemment attendu que l'apport de l'informatique et de la génétique va considérablement bouleverser les méthodes de sélection.

Il semblerait que Yuling bai and Pim lindhout aient, sans le savoir, défini la biotechnologie appliquée à la sélection végétale lorsqu'ils précisent :

« Le capital du sélectionneur va passer du terrain à l'ordinateur, le sélectionneur va sélectionner la meilleure combinaison de génotypes et designer des programmes pour combiner des traits dans un nouveau cultivar dans un processus de conception sélective »^113(*)

Aujourd'hui de nombreux gènes importants pour la sélection de la tomate notamment ont été cartographiés et certaines séquences moléculaires sont facilement disponibles en ligne^114(*). Les sélectionneurs utilisent ces outils pour améliorer l'efficacité des programmes de sélection et pour diminuer le cout salarial de la sélection végétale.

Comme le note Yuling Bay : « Le paradigme de la sélection végétale a changé de la sélection de phénotype nous sommes passés à la sélection des gènes directement ou indirectement »^115(*)

Ainsi, en effet, non seulement le paradigme de la sélection végétale a changé en qualité mais aussi au niveau juridique. Comme le note Rifkin à propos de la biotechnologie comme seconde révolution technologique de l'histoire^116(*) :

L'attribution de brevets sur les gènes, les lignées cellulaires, les tissus génétiquement modifiés, les organes et organismes, aussi bien que les processus pour les modifier, créent une incitation commerciale pour exploiter les nouvelles ressources.

C'est donc parce que certains n'ont cessé de défendre le brevet comme outil nécessaire au marché pour la création végétale que celui ci n'a cessé d'étendre son emprise. C'est également parce que le nombre de demande de brevet n'a fait qu'augmenter. En effet selon Rose-Marie Borges : « Il est d'ailleurs significatif de constater que les demandes de brevets portant sur des inventions biotechnologique ont cru d'environ 57% entre 2000 et 2009 soit environ 10% de plus que le nombre de demandes portant sur les technologies informatiques, lesquelles ont cependant connu un essor considérable »^117(*)

Le séquençage complet de la tomate a été réalisé en mai 2012^118(*) et selon Guy Castler du Réseaux semences paysannes : «On assiste désormais à une sélection in silico ». In silico est utilisé ici comme un néologisme désignant une recherche ou un essai sur des végétaux effectué au moyen de calculs ou modèles informatiques. Par ailleurs l'essor biotechnologique et l'apparition d'un nouvel outillage moléculaire et de la bioinformatique n'ont pas uniquement été l'occasion d'augmenter le nombre de brevets sur des inventions biotechnologiques il fût et reste un casse tête jurisprudentiel qui vise a fortiori à gérer la balance innovation/propriété intellectuelle. Et cela non seulement à cause de l'épineuse définition de procédés essentiellement biologiques mais aussi du fait des possibilités qu'offrent la génomique, l'informatique et la création végétale.

Cela est parfaitement illustré par le cas, en aout 2013, du brevet EP182575^119(*) concernant une tomate qui a la capacité de résister au champignon Brotrytis cinerea^120(*). Pour créer cette variété Monsanto a utilisé des tomates de la banque publique de gènes de Gatersleben en Allemagne. Selon No patent on seed^121(*) : « Monsanto a publié un brevet formulé de façon à donner l'impression que des techniques de génie génétique avaient été utilisées pour produire les tomates et pour répondre au critère d'inventivité » No patent on seed ainsi que d'autres associations et l'entreprise bayer on donc déposé un recours contre ce qu'il présumait être une falsification. Selon No patent on seeds ! : «Sachant que les techniques de simples croisements (ici de tomates) ne sont pas brevetables, Monsanto a délibérément reformulé le brevet pendant la période d'examen afin de faire croire que des techniques de génie génétique étaient impliquées. Cependant, une lecture attentive du brevet montre que cela est simplement frauduleux. Ces tomates n'ont pas été produites par transfert d'ADN isolé. L'Office Européen des Brevets (OEB) aurait du le relever».

L'usage de l'expression génie génétique est ici frauduleuse dans la mesure ou même l'usage de génétique n'emporte pas nécessairement la brevetabilité de l'invention (usage des marqueurs moléculaires par exemple), il faut, outre les critères du droit des brevets, que ce génie génétique corresponde à une modification in vitro ou à un transfert d'ADN pour que le produit soit brevetable.

En effet Le génie génétique, en soi, ne permet pas le brevetage. C'est l'isolation de l'ADN et son transfert au sein d'une espèce de tomate par exemple qui permettent, en revanche, le brevetage. C'est notamment l'une des raisons pour laquelle en novembre 2014 l'OEB révoquait officiellement le brevet.

Le problème, qui semble ici évident, c'est que le séquençage d'une plante ne prend aujourd'hui que quelques jours à une équipe de chercheurs et que le génie génétique est fortement impliqué dans des procédés essentiellement biologiques d'obtention de végétaux. D'où la nécessité de disposer d'un cadre juridique adéquat.

Comme l'écrivit Lord Ritchie-Calder ^122(*):  

«Toute comme nous avons manipulé les plastiques et les métaux, nous sommes en train de manufacturer le matériel vivant. Nous passons de l'âge de la phytotechnologie à l'âge de la biotechnologie. La vitesse des découvertes est vraiment phénoménale. Le savoir biotechnologique est en train de doubler tout les 5 ans, et dans le domaine génétique la quantité d'information double tout les 24 mois. Les possibilités commerciales, disent les scientifiques, sont uniquement limitées par l'envergure de l'imagination humaine et par les caprices du marché »

S'il est exact que les possibilités commerciales sont limitées par l'envergure de l'imagination et les caprices du marché comme le pensent les scientifiques, ce n'est pas tout.

En effet, les possibilités du génie génétique sont aussi limitées par un cadre juridique particulier qui se doit de concilier l'intérêt général et l'intérêt particulier, et donc l'incitation à l'innovation et le blocage de cette même innovation par une appropriation trop extensive du titulaire de l'invention.

Il convient dés lors d'observer l'extension du droit des brevets sur le végétal.

* ⁹⁵ La création végétale est aujourd'hui très largement assistée par le génie génétique avec l'aide de marqueurs moléculaires notamment.

* ⁹⁶ La biotechnologie est définie à l'article 2 Convention des Nations-unis sur la diversité biologique, du 5 juin 1992 : "any technological application that uses biological systems, living organisms or derivatives thereof, to make or modify products or processes for specific use"

* ⁹⁷ Rifkin jeremy, Jeremy P. Tarcher, Putnam, The Biotech Century,Harnessing the Gene and Remaking the World, Chapitre 1 p 1

* ⁹⁸ Les biotechnologies vertes sont celles appliquées au monde agricole.

* ⁹⁹ Les praticiens de la cytologie, c'est-à-dire l'étude des caractères morphologiques et fonctionnels des cellules

* ¹⁰⁰ Voir Rifkin jeremy, Jeremy P. Tarcher, Putnam, The Biotech Century,Harnessing the Gene and Remaking the World, Chapitre 1 p 1 : «The first international workshop on gene mapping was convened in January of 1973 at Yale University in New Haven, Connecticut. Researchers reported on fifty newly mapped genes»

* ¹⁰¹ « the primary raw resources for the coming biotech century» Rifkin jeremy, Jeremy P. Tarcher Putnam The Biotech Century, Harnessing the Gene and Remaking the World, Chapitre 1 p 1

* ¹⁰² Larousse : Se dit d'une plante issue du croisement entre des parents nettement différents, appartenant à la même espèce (croisement entre lignées) ou à des espèces voisines (hybrides interspécifiques).

* ¹⁰³ La définition la plus communément admise est celle du concept biologique de l'espèce énoncé par Ernst Mayr en 1942 : « une espèce est une population ou un ensemble de populations dont les individus peuvent effectivement ou potentiellement se reproduire entre eux et engendrer une descendance viable et féconde, dans des conditions naturelles. Ainsi, l'espèce est la plus grande unité de population au sein de laquelle le flux génétique est possible et les individus d'une même espèce sont donc génétiquement isolés d'autres ensembles équivalents du point de vue reproductif. »

* ¹⁰⁴ La classification phylogénique des Solanaceae a récemment été revu et le genre Lycopersicon (dérive de lyco le loup et de persicum la pêche) a été ré intégré dans la nouvelle nomenclature. La section Solanum Lycopersicon inclue les tomates cultivées et 12 espèces sauvages additionnelles. Solanum lycopersicum est la seule espèce domestiquée. Voir Peralta IE, Spooner DM. 2007. History, origin and early cultivation of tomato (Solanaceae). In: Razdan MK, Mattoo AK, eds. Genetic improvement of solanaceous crops. Vol. 2. Tomato. Enfield, NH: Science Publishers, 1- 27. )

Techniquement le nom Lycopersicon lycopersicum serait correct mais ce nom publié en 1881 n'a jamais été vraiment utilisé. La littérature utilise au choix la classification de Carl Von linné (Solanum Lycopersicum) ou de Philip Miller qui a place la tomate dans son propre genre et l'as appelé Lycopersicon esculentum. Malgré tout cela, il est très probable que le placement taxonomique de la tomate sera revu dans la mesure où l'on trouve les deux noms dans la littérature.

* ¹⁰⁵ Yuling bai and Pim lindhout

* ¹⁰⁶ « L'avènement de la génomique a amené une réelle accélération à la génération des données, les connaissances et les outils qui peuvent être appliqué dans la sélection, ce qui a transformé la sélection végétale d'une activité plutôt individuelle en une activité multidisplinaire en travail d'équipe ce qui correspond le mieux à l'exploitation des gènes du germoplasme d'une manière efficace »

Yuling bai and Pim lindhout, Oxford journals, Annals of Botany, Domestication and Breeding of Tomatoes: What have We Gained and What Can We Gain in the Future Laboratory of Plant Breeding, Wageningen University Published electronically: 23 August 2007, p 1085

* ¹⁰⁷ En génétique les mutants sont des organismes ou un nouveau caractère qui provient d'une mutation. Mutation qui est le changement d'une paire de base (appariement de deux bases nucléiques) dans l'ADN d'un gène ou d'un chromosome d'un organisme.

* ¹⁰⁸ Les isoenzymes (ou isozymes) sont des enzymes présentant une séquence d'acides aminés différentes d'une autre enzyme mais catalysant la même réaction chimique

* ¹⁰⁹Respectivement : Restriction fragment length polymorphism et Amplified fragment length polymorphism

* ¹¹⁰ Tanksley et Haanstra Razdan 12 Janvier 2006 CRC Press Genetic Improvement of Solanaceous Crops Volume 2: Tomato, p240

* ¹¹¹ Ce programme est financé par la commission européenne dans le 6eme programme cadre. URL : https://www.eu-sol.wur.nl/about_eu-sol.php

* ¹¹² YULING BAI and P IM L INDHOUT, Oxford journals, Annals of Botany, Domestication and Breeding of Tomatoes: What have We Gained and What Can We Gain in the FutureLaboratory of Plant Breeding, Wageningen University Published electronically: 23 August 2007, p 1091

* ¹¹³Ibid « breeder's capital will shift from the field to the computer, the breeder will select the best combinations of genotypes and design programmes to combine traits in new cultivars in a breeding design process » p 1089

* ¹¹⁴ De nombreuses séquences génétiques sont disponibles sur ce site : https://sgn.cornell.edu/. Pour la tomate mais aussi pour l'aubergine la patate le poivroi le petunia etc.... En outre il est possible de rechercher au sein du génome de trouver des séquences par similarités et même de télecharger des séquences génétiques. Par ailleurs ce site du sol génomics network est basé sur le programme «Generic Model Organism Database» qui est un software open source pour visualiser annoter gérer et stocker des données biologiques (GMOD). Ce programme a été financé par des instituts Etats-uniens et représente une forme de version « open source » concernant l'accès intellectuel aux ressources génétiques.

* ¹¹⁵«the paradigm of plant breeding has changed from selection of phenotypes towards selection of genes either directly or indirectly» YULING BAI and P IM L INDHOUT, Oxford journals, Annals of Botany, Domestication and Breeding of Tomatoes: What have We Gained and What Can We Gain in the FutureLaboratory of Plant Breeding, Wageningen University Published electronically: 23 August 2007, p 1083

* ¹¹⁶ « the awarding of patents on genes, cell lines, genetically engineered tissue, organs, and organisms, as well as the processes used to alter them, is giving the marketplace the commercial incentive to exploit the new resources.» Voir RIFKIN JEREMY, Jeremy P. Tarcher / Putnam The Biotech Century,Harnessing the Gene and Remaking the World, Chapitre 1 page 1

* ¹¹⁷ Borges Rose-Marie, Les brevets sur les inventions biotechnologiques végétales : un moyen d'appropriation des ressources phytogénétiques ? the innovation journal : the Public Sector innovation Journal, Volume 18(3),2013,article 4, p2.

* ¹¹⁸  Par les scientifiques de l'Inra et leurs homologues du Tomato Genome Consortium.

* ¹¹⁹ https://register.epo.org/application?number=EP05797992

* ¹²⁰ Champignon nuisible qui s'attaque à toutes sortes de plantes connu sous le nom commun de pourriture grise. Néanmoins cette pourriture permet aussi la création de grands vins liquoreux tels le sauterne.

* ¹²¹ Une coalition d'association européenne s'opposant au brevetage du vivant.

* ¹²² Rifkin jeremy, Jeremy P. Tarcher Putnam, The Biotech Century,Harnessing the Gene and Remaking the World, Chapitre 1 page 1 «just as we have manipulated plastics and metals, we are now manufacturing living materials." We are moving from the age of pyrotechnology to the age of biotechnology. The speed of the discoveries is truly phenomenal. It is estimated that biological knowledge is currently doubling every five years, and in the field of genetics, the quantity of information is doubling every twenty-four months. The commercial possibilities, say the scientists, are limited only by the span of the human imagination and the whims and caprices of the marketplace.»