Rapport de stage dans un secteur médical

L'hygiène est le point le plus important de la santé humaine.

En effet, un manque dans la qualité alimentaire (un produit toxique ou une eau mal traitée), ou un manque d'asepsie peuvent entraîner plusieurs maladies pour l'être humain : infections, intoxications...

On trouve dans la plupart des cas que la cause des maladies est microbiologique en particulier bactériologique. Avant de prescrire le remède généralement des antibiotiques, le médecin exige une série d'analyses qui permettent d'identifier les différentes bactéries.

Les effets énumérés ci-dessus m'ont intéressé á tel point que j'ai choisi le coté médical de la microbiologie.

Un stage de 15 jours (17/06-02/07/2008) m'a permis de voir de plus près quelques analyses microbiologiques et même biochimiques.

Mon stage a eu lieu dans la polyclinique BOUMEDIENE KHEIRA à SIG.

La polyclinique BOUMEDIENE KHEIRA SIG est l'annexe du centre hospitalier SIG, dont la mise en service remonte á Septembre 2006.

D'une façon générale, la polyclinique reçoit chaque jour plus de 100 patients environ, un service d'accueil enregistre leurs renseignements.

Les services disponibles dans la polyclinique sont :

* Médecine :

- médecine générale

- Spécialités :

Pédiatrie - ophtalmologie - gastrologie - dermatologie - ORL - hématologie - chirurgie dentaire.

* La radiologie

* Les analyses : on trouve

- une salle de prélèvements

- un laboratoire d'analyses biochimiques

- un laboratoire d'hygiène.

Laboratoire d'hygiène

Le personnel du laboratoire est au nombre de 2.

Le laboratoire d'hygiène est muni d'une paillasse avec un évier, dont le matériel disponible est :

Appareils :

Bec Benzun : pour assurer une stérilisation instantanée.

Centrifugeuse : pour séparer les composants des ech

Bain marie : pour la transfusion des milieux de culture

Four Pasteur : stérilisation de la verrerie du laboratoire á sec

Autoclave : stérilisation á la vapeur

Incubateur : pour la culture des bactéries

Réfrigérateur : conservation des souches et des réactifs

Microscope optique : permet l'observation (état frais, coloration de Gram).

Spectrophotomètre : pour les prises du D.O.

Verrerie :

Tout genre de pipettes (20cc, 10cc, 5cc, 2cc, 1cc) utilisées pour l'inoculation

Pipettes Pasteur pour l'inoculation et l'ensemencement

Micropipettes pour une prise très précise

Becher á différents volumes

Verre á pied (200cc, 60cc)

Lames et lamelles utilisées pour l'observation microscopique

Tubes à essai

Autres matériels :

Boites de Pétri pour les cultures bactériennes

Tubes à hémolyse

Anse de platine utilisée en ensemencement

Porteoirs

Poires pour aspirer les solutions

Milieux de culture :

a- Solides :

CPS : pour la culture et l'isolement des germes urinaires (ex : E.coli)

Sabouraud+chloramphénicol : isolement sélectif des levures et moisissures

Gélose Salmonella Shigella SS : isolement sélectif des Salmonelles et des Shigelles á partir des selles (mise en évidence des colonies lac et H2S -/+)

Hektoen : isolement des Entérobactéries pathogènes

Chapman : mise en évidence des colonies mannitol+ (jaunes), sélectif pour Staphylococcus aureus

Muller-Hinton : étude de la sensibilité aux ATB par la méthode de diffusion

BGA : isolement des Salmonelles

TGEA : dénombrement des germes totaux

GNAB : isolement sélectif des Vibrio

VF : mise en évidence des CSR

b- Liquides :

EPA : enrichissement des Vibrio

SFB : enrichissement des Salmonelles

BCPL : dénombrement des C.T

Schubert : mise en évidence des C.F (E.coli)

Rothe : présomption des Streptocoques fécaux

EVA Litsky : confirmation des S.F.

Milieux d'identification :

Kligler Hajna : recherche des caractères LDC, gaz, lac, glucose, H2S.

Urée indole : mise en évidence de l'enzyme uréase et l'indole

Urée tryptophane : recherche de tryptophane désaminase

Moeller : mise en évidence de la décarboxylase (LDC)

Citrate de Simmons : pour voir si la bactérie utilise le citrate comme seule source de carbone

Plasma du lapin : la recherche de la coagulase.

TSI : étude de fermentation des 3 sucre :saccharose, lactose, glucose

Réactifs utilisés :

Réactifs pour coloration de Gram (violet de gentiane, lugol, alcool,

fushine).

H202 : pour le test de catalase

Réactif de KOWACS

Autres :

Les bandelettes urinaires

Les disques d'oxydase

Les disques d'antibiotiques

* Pour les dilutions : eau physiologique, eau distillée.

ECBU (Examen CytoBacteriologique des Urines)

L'examen le plus fréquent demandé au laboratoire de bactériologie.

C'est la clé pour affirmer le diagnostic d'une infection urinaire

Cet examen repose essentiellement sur deux paramètres : la leucocyturie et la bactériurie. Il dure de 1 à 3 jours avec un test d'antibiogramme.

But d'examen :

· affirmer ou infirmer une infection urinaire.

· La recherche du germe et son étude afin de donner un traitement

· Recherche des éléments du sang (hématurie).

ECBU Déroulement :

1- Prélèvement des urines :

a- Chez l'adulte et le grand enfant : après une désinfection très soigneuse du méat urinaire, on recueille les urines du matin (de préférence), en éliminant la première partie de miction puis on met le milieu du jet dans un flacon stérile.

b- Chez le petit enfant : on applique une poche collectrice, qui ne doit pas être laissée en place au delà de 30 minutes.

c- Le porteur de sonde : on ponctionne la tubulure, après une désinfection.

2- Choix du récipient ou flacon :

Le flacon doit être en plastique ou en verre, à vis qui doit être hermétiquement fermé. Ce flacon est fournis par le laboratoire.

Il faut identifier ce flacon par une étiquette contenant le nom du Patient et par la date et l'heure du prélèvement.

3- Technique :

Premier jour :

Examen macroscopique :

- aspect: limpide, trouble.

- couleur: jaune, ambrée, hématique.

- présence de sédiment: blanchâtre (phosphates), rouge brique (acide urique)

Chimie des urines :

Nous avons utilisé la bandelette URS-5K (Urine Reagent Strips for urinalysis)

Les bandelettes urinaires permettent d'établir une étude chimique des urines c.-à-d. une analyse simple et rapide de différents paramètres urinaires. Généralement, on détermine 5 paramètres (hématurie, cétonurie, glucosurie, protéinurie et le pH).

Les bandelettes sont toujours conservées dans leur emballage bien bouché, dans un endroit sec et frais.

Utilisation de la bandelette :

· D'abord j'agite les urines (homogénéisation).

· Sortir la bandelette de son étui sans toucher les zones réactives.

· Plonger la bandelette dans le récipient d'urine et la retirer immédiatement

· J'élimine l'excès d'urine sur la bandelette.

· J'attends le temps préconisé sur l'emballage.

· Je note les paramètres en suivant l'échelle colorimétrique 

· Jeter la bandelette dans la poubelle.

Hématurie (blood) :60 secondes

Cétonurie (ketone) :40S

Glucosurie (glucose):30S

Proteinurie (protein):60S

pH : 60S

Examen microscopique : Cytologie

* Un état frais : une goutte d'urine non diluée entre une lame et lamelle, sur microscope et on note la présence de :

. Bactérie(s): morphologie, mobilité, nombre relatif

. Levures

. Les éléments du sang :

- les leucocytes : en notant leur nombre

- les cylindres : sont des modules protéiques des tubules rénaux

C.hématiques	C.leucocytaires	C.épitheliaux	C.graisseux

- les cristaux : les substances chimiques non solubles des urines forment les cristaux.

forme enveloppe	Forme arachide	Acide urique (formes : carrés. Losanges, cubiques)
Oxalate de calcium

· Concernant la numération des leucocytes, on utilise les cellules de Malassez ou de Kova.

Mais dans le laboratoire ou j'ai passé mon stage, on y procède à une numération semi quantitative

* Rare.......................................+/-

* Peu nombreux..........................++

* Nombreux.................................+++

* Très nombreux...........................+++++

* le frottis (coloration de Gram) : son réalisation nous indique á noter la présence des espèces morphologiquement différentes ainsi leur Gram.

Mise en culture :

A l'aide d'une pipette Pasteur stérile ou une anse de platine, on ensemence 10 ul d'urine pure non diluée sur une boite de gélose CPS ou CLED, puis on incube à 37°C pendant 24heures.

Deuxième jour :

Numération des bactéries :

On apprécie le nombre de colonies (UFC : Unité Formant Colonie) sur la boite et le comparer par rapport aux normes.

 

  Identification des bactéries :

Après incubation de la boite CPS ensemencée par les urines, il y aura des colonies suspectes, donc nous identifierons chacune de ces colonies en appliquant des tests biochimiques ou en utilisant les galeries Api, avec une incubation á 37°C/24h

Les colonies caractéristiques sur milieu CPS :

E. coli? colonies roses.

Staphylococcus saprophyticus? colonies blanches

Exemple de galerie Api20E, appliquée sur Escherichia coli

L'antibiogramme :

Permet de tester la sensibilité d'une souche bactérienne vis-à-vis d'un ou plusieurs antibiotiques

Le principe consiste à déterminer l'effet de ou des ATB sur le développement et la survie des souches. Il existe trois possibilités d'interprétation selon le diamètre du cercle qui entoure le disque d'antibiotique : bactérie sensible, intermédiaire ou résistante.

Réalisation :

- Préparer une suspension à partir d'une souche pure.

- couler le milieu Muller-Hinton sur la boite de Pétri.

- laisser sécher le milieu

- déposer 1ml de suspension sur la gélose

- étaler ce volume á l'aide d'un râteau stérile du centre vers les bords.

- Laisser sécher 2-3mn, puis poser les disques d'ATB.

- Incuber á 37°C pendant 24h.

Troisième jour :

Lecture des tests biochimiques et identification des germes.

Lecture des résultats de l'antibiogramme et interprétation.

Exemple d'un antibiogramme.