Comme illustre l'architecture du système ci-dessus,
nous avons utiliséplusieurs outils : AutoDock, pour préparer les
fichiers nécessaires afin d'effectuer le docking moléculaire
protéine-ligand. Pour atteindre l'objectif de ce travail, nous avons
utiliséla Grille EGI,
via la VO Biomed et l'intergiciel DIRAC, oùun ensemble
de scripts avaient déjàétédéveloppé,
nous avons choisi d'adapter ces scripts sur la grille via DIRAC. L'adaptation
a
principalement consistéà générer
les fichiers JDL et à utiliser les commandes de DIRAC :
»dirac-wins-job-subinit» pour soumettre les jobs sur la
grille de calcul. Les identifiants des jobs soumis ont
étéstockés dans un fichier local, qui a ensuite servi
à tester le statut des jobs avec la commande
:»dirac-wins-job-status», et à
récupérer les résultats avec :
»dirac-wins-job-get-output». La visualisation du workflow
s'est fait avec »Taverna», cet outil est largement
utiliédans le domaine de la bio-informatique [23], et qui permet aux
utilisateurs d' effectuer des expériences scientifiques, de visualiser
et de créer leurs workflow.
Afin de comprendre le fonctionnement de ces outils, nous
avons installéle client DIRAC (voir annexe) pour mieux cerner
le mécanisme de soumission des jobs sur la grille de calcul à
travers l'intergiciel DIRAC. Et pour l'outil Taverna [23], nous avons
installéTaverna Workbench version 2.5 (http: //
www. taverna.
org. uk/ download/ workbench/ 2-5/ )
pour le mode graphique, il permet aux utilisateurs d'identifier
et combiner des services .Et Taverna Command Line (2.5) pour le mode ligne de
commande (http: //
www. taverna.
org. uk/ download/ command-line-tool/ 2-5/
), sous le système d'exploitation Linux.
39
Pour le mode graphique, il nécessitera l'installation
d'un paquet nomméGraphviz (http: // www. graphviz. org/
) pour la visualisation du workflow. L'exécution de Taverna est
simple, il suffit juste de lancer le fichier »
taverna.sh». Afin
de montrer la création des workflow avec Taverna, nous avons choisi un
exemple qui concerne la génération de script JDL (Job
Description Language) et la soumission des jobs sur la grille de calcul
avec DIRAC via la commande (dirac-wms-job-submit). Ce workflow accepte
comme entrées deux fichiers essentiels (fichiers »dpf»
& »gpf»), et la sortie est l'identifiant du job soumis sur
la grille. son statut, et le résultat du job.
Nous avons exécutéle workflow avec le mode
graphique comme c'est apparaît dans la capture ci-dessous :
FIGURE 17 - Workflow soumission de job sur la
grille avec Taverna
Le résultat de ce workflow est l'identifiant du job
comme montre la capture ci-dessus (JobID = 18473187), un dossier qui
contient les fichiers générés par le workflow (script
»jdl» et »shell»), l'état du job, et le chemin
du résultat du job après l'avoir récupérer depuis
la grille de calcul. Et en mode ligne de commande en utilisant Taverna
Command Line avec la ligne de commande suivante:
40
> /bin/bash taverna-commandline-core-2.5.0/
executeworkflow.sh -inputvalue
file tvrnCmdJdl
-inputvalue gpf 1OKE.gpf
-inputvalue dpf ZINC71389186 01 1OKE.dpf
/home/dida/Documents/TavernaStage/jobStatOut.t2flow
Nous avons choisi l'outil Taverna dans notre architecture, vu
son utilisation pour concevoir des workflows scientifques et exécuter
des expérimentations »in-silico»,
possibilitéd'importer des services via URL, d'un
côté, et qu'on pourra dans le future étendre le workflow
tout en ajoutant d'autres services et d'autres fonctionnalités afin de
répondre
aux exigences des utilisateurs, de l'autre côté.
Et en ce qui concerne l'intergiciel DIRAC,
nous l'avons choisi car il procure les avantages suivants :
· Accessibilitéet simplicitéde l'interface
d'utilisateur
· Lignes de commandes très enrichit
· Efficacitéd'exécution des tâches
élevée
· Exécution rapide des tâches des
utilisateurs
· Soumission des jobs en parallèle
· Production des données massives
· Possibilitéd'inclure des ressources de calcul
supplémentaires
· Intégration des ressources informatiques
hétérogènes
· Stabilitéd'agent de pilote
· Réduction de temps de réponse
· Récupération rapide du résultat du
job
