Fouille de données biologiques. étude comparative et expérimentation.

Chapitre IV : Conception et expérimentation du système BIODM - 62 -

avec k E [1, n]. Ces ensembles seront représentés sous le format de couches cellulaires suivant :

REGLES
ER	IR	SR
0	1	1
	...
					Les couches			CELFAIT		et CELREGLE
CELFAIT					FAITS					CELREGLE
					EF	IF	SF
Fait1					1	0	0			R1
					0	1	0			R2
Faitsn

Les traitements de cette étape sont décrits par le pseudo code suivant :

Algorithme : Production des règles cellulaires Début

Entrée : fichier graphe (Fichier_Graphe)

Sortie : le fichier des faits (fichier_fait)

le fichier des regles (fichier_regles)

les fichiers CELFAIT, CELREGLE, RE, RS

Lire (Fichier_Graphe)

Pour chaque noeud

Sommet=noeud

Suc = extraire_Suc (noeud)

val = extraire_val (Suc)

ecrire_fait (fichier_fait , sommet, val, suc, type)

ecrire_regle (fichier_regles, sommet_noeud, val, Suc)

Fin pour

Pour chaque regle

Fait=Extraire_fait (regle)

type=Calculer_ type (Fait)

Si (type=valeur) Alors if = "1" Fin si

Si (type=sommet) Alors if = "0" Fin si

Si (fait="s0") Alors ef = "1" Sinon ef= "0" Fin si

Ecrire_CELFAIT (Fait, if, ef, "0")

Num_regle=Extraire_num_regle (regle)

Ecrire_CELREGLE (Num_regle, "0","1","1" )

Fin Pour

Pour chaque fait

type=Extraire_ type (fait)

num_regle=Extraire_num_regle (fait)

Si (type="Prémisse") Alors Re = "1" sinon Re="0" Fin si

Ecrire_RE (fait, num_regle, Re)

Si (type="Conclusion") Alors Rs = "1" sinon Rs="0" Fin si

Ecrire_RS (fait, num_regle, Rs)

Fin Pour

Fermer_fichier Fichier_Graphe, fichier_fait , fichier_regles , CELFAIT, CELREGLE, RE, RS

Fin

Chapitre IV : Conception et expérimentation du système BIODM - 63 -

7eme étape : Intégration

La machine cellulaire intégrera et exploitera la représentation cellulaire et les matrices d'E/S à travers une inférence en chaînage avant (recherche des règles applicables, choix d'une règle à appliquer, ajouter la conclusion à la base de faits pour enrichir la base de connaissances).

La dynamique de la machine cellulaire utilise les deux fonctions de transition citées auparavant (Chapitre III - Section 1), à savoir :

· La fonction de transition äfact :

äfact (EF, IF, SF, ER, IR, SR) = (EF, IF, EF, ER+(RE^T.EF), IR, SR)

· La fonction de transition ärule :

ärule (EF, IF, SF, ER, IR, SR) = (EF+( RS.ER), IF, SF, ER, IR, ^ER)

Nous considérons G0 la configuration initiale de notre machine cellulaire et que ?=ärule ° äfact la fonction de transition globale : ?(G0)=G1 si _{äfact(G0)=G'0} ^et _{ärule(G'0)=G1.} Supposons que G={G0, G1, ....,G_q} est l'ensemble des configurations de la machine cellulaire. L'évolution discrète de la machine d'un génération à une autre est définie par la séquence G0, G1, ....,G_q, oÙ _Gi+1 =?(Gi).

IV.4 Le logiciel réalisé

IV.4.1 Présentation fonctionnelle du logiciel

Le logiciel que nous avons réalisé permet de produire des règles d'association, ensuite celles-ci subiront un post-traitement pour produire des règles booléennes inductives, ceci bien entendu avec une visualisation des résultats. Le schéma que nous présentons montre les fonctionnalités sans pour autant fixer une quelconque chronologie dans les opérations. Ce schéma représente les principales classes java et les différentes interactions possibles entre elles, i.e. une classe supérieure (schématiquement) interagit avec les classes subordonnées à l'aide de fonctions ou procédures internes. Les classes de moindres importances ne seront pas explicitées pour présenter un schéma simplifié et compréhensible.