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Prédiction de l'interaction génotype à— environnement par linéarisation et régression PLS-mixte

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par Ibnou DIENG
Universite Montpellier II - Doctorat 2007
  

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4. Les données utiisées

Nous avons des résultats d'essais agronomiques d'arachide menés de 1994 à 1998 sur la station expérimentale du Ceraas, située à Bambey (14?42N et 16?28O), au Sénégal. Ces essais pluriannuels ont concerné au total 26 génotypes à cycle de développement de 90 jours et répondaient à l'objectif de recherche de génotypes physiologiquement adaptés à la sécheresse.

La variété de référence choisie est la 55-437, c'est une variété hâtive de 90 jours; elle a donc une longueur de cycle proche de celle des autres variétés utilisées. Elle a été choisie parce que ses données étaient disponibles.

Dans ce milieu à forte variabilité des pluies dans l'espace et même dans le temps pour un même lieu, nous avons considéré chacune des cinq années d'expérimentation comme un environnement (Fig. 1).

Pour valider notre modèle, nous avons réservé successivement chacune des années et estimé les paramètres des génotypes sur les années restantes. Pour chaque année, les rendements observés ont été comparés à ceux prédits par la méthode APLAT. Les rendements sont exprimés en kilogrammes de gousses par hectare.

SarraH a été utilisé pour calculer X. Compte tenu du nombre de données disponibles, seuls deux paramètres (P = 2) ont été considérés parmi les 61 de SarraH. Le premier paramètre est en fait un coefficient multiplicateur qui agit sur cinq paramètres de SarraH : coefficient

Fig. 1. Répartition des pluies sur la station de Bambey, au Sénégal, de 1994 à 1998.

moyen d'angle des feuilles, coefficient de conversion en assimilat, coefficient d'efficience d'assimilation des feuilles à la phase végétative juvénile, coefficient d'efficience d'assimilation des feuilles à la première phase de maturation, phase sensible de remplissage des grains et coefficient d'efficience d'assimilation des feuilles à la deuxième phase de maturation, phase non sensible. Le deuxième paramètre est le poids moyen des gousses.

5. Résultats

Au Sahel, l'interaction G×E est largement due aux aléas climatiques, dont la probabilité peut être estimée à l'aide de longues chroniques de relevés météo au sol. Cependant, relier l'interaction G×E et la pluviométrie à l'aide d'un modèle de simulation de cultures n'est habituellement possible que pour des variétés dont on a estimé les paramètres, au prix d'une expérimentation spécifique. Le modèle APLAT permet de prédire cette interaction avec les seules données d'une expérimentation multilocale classique, sans autre instrumentation que des stations météo simples.

Pour les modèles sans les données respectivement de 1994, 1995 et 1997, le PRESS minimal est atteint avec six composantes. Pour les deux autres modèles, le PRESS est minimal avec neuf composantes, mais nous avons réduit leur espace à cinq dimensions, car le PRESS n'y est pas trop différent de ses valeurs mini-males (Fig. 2).

Les coefficients des régressions PLS et les intervalles de confiance qui leur sont associés sont représentés sur la Fig. 3.

Les MSEP estimées pour les modèles APLAT, sauf celle sans les données de l'année 1998, sont inférieures aux MSEP des modèles moyens correspondants (Tableau 1). Ce qui signifie que, pour ces modèles, pré-

Fig. 2. Evolution du PRESS en fonction du nombre de composantes. Le modèle (-1994) utilise les données, sauf celles de l'année 1994, et ainsi de suite.

Fig. 3. Intervalle de confiance percentile-t à 95 % des coefficients estimés. Le modèle (-1994) utilise les données, sauf celles de l'année 1994, et ainsi de suite. Sur l'axe des abscisses figurent les génotypes par ordre alphabétique pour chacun des deux paramètres. Le symbole représente l'estimation des coefficients.

Tableau 1

MSEP des différents modèles APLAT et modèles moyens correspon-
dants. Le modèle (-1994) utilise les données, sauf celles de l'année

1994, et ainsi de suite

 
 
 

APLAT

Modèle moyen

Modèle (-1994)

24687,3

64651,6

Modèle (-1995)

5915,0

7160,6

Modèle (-1996)

35446,1

37814,8

Modèle (-1997)

10038,3

18201,1

Modèle (-1998)

118304,9

84963,6

dire le rendement par la méthode APLAT est meilleur que par la moyenne des rendements du passé. Ainsi, quatre fois sur cinq, la méthode APLAT s'est révélée meilleure que le modèle moyen. Toutefois, cette étude souffre de la faible taille de notre échantillon.

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"Aux âmes bien nées, la valeur n'attend point le nombre des années"   Corneille