Recherche et validation de résistance génétique au dépérissement bactérien causé par pseudomonas syringae chez l'abricotier.

ANNEXES

Annexe I : Liste des variétés et des pays d'origine représentant les 76 accessions du panel re-séquencé dans le cadre du projet ABRIWG.

Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES

86

Annexe II : Visualisation des quatre mesures effectuées sur rameaux après inoculation tissulaire de P. syringae (souche 41A), méthode Prunier.

1-Longueur de chancre : languette d'inoculation et méplat

2-Longueur de la blessure résultant de l'entaille: après décollement de la languette et léger pelage.

3-Brunissement superficiel: après avoir ôté l'écorce, tissus verts de l'année. 4-Brunissement interne : après un décorticage profond partant de l'entaille.

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87

Annexe III: Repères visuels permettant la notation des symptômes de sévérité sur feuilles d'abricotier trois semaines après inoculation de P. syringae (souche 41A) sur des blessures réalisées par perforation à l'aide d'une brosse métallique. Détail du pourcentage de nécrose représenté par chacune des classes:

0= 0 à 5%, 1= 5 à 10%, 2= 10 à 25%, 3= 25 à 50%, 4= 50 à 75%, 5= 75 à 100%

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88

Annexe IV : Repères visuels permettant la notation des symptômes de criblures sur feuilles d'abricotier trois semaines après inoculation de P. syringae (souche 41A) sur des blessures réalisées par perforation à l'aide d'une brosse métallique. Détail de notation de chaque classe:

0= absence de criblure, 1= présence de criblures au niveau des point de perforation, 2= dessèchement de la partie nécrosé et formation de trous, 3= forme dentelée de la criblure.

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Annexe V: Cartographie de type « père-mère» de la population Bergeron x Bakour obtenue à l'aide de marqueurs SSRs parmi 89 individus. (52 marqueurs chez Bakour et 39 chez Bergeron). Les noms des chromosomes indiquent s'il s'agit du père « BK » pour Bakour ou de la mère « BG » pour Bergeron. Les positions sont données en centimorgans

89

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Annexe VI : Cartographie de type « père-mère» de la population Goldrich x Moniqui (187 individus), réalisée à l'aide de 93 marqueurs SSR dans Map Maker (fonction Kosambi). La dernière lettre du nom des chromosomes (G1 à 8) indique s'il s'agit du père « G» pour Goldrich ou de la mère « M » pour Moniqui. Les positions sont données en centimorgans. Auteur : P. LAMBERT

0

Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES

91

Annexe VII: QQ plot représentant la distribution des p_valeurs obtenues selon les 3 modèles testés et permettant de comparer les différents modèles testés au sein d'un panel de 76 accessions et de 16478 SNPs.

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92

Annexe VIII: Synthèse des marqueurs SNPs en association (264 associations) avec toutes les variables mesurant les symptômes sur feuilles et rameaux de 76 accessions d'abricotier après inoculation de P. syringae pv. syringae (souche A41). Position en paire de base. «P brute » obtenue dans TASSEL à l'aide d'un GLM `simple'. « P corrigé» obtenue par un FDR sur les p_valeurs < 1.10^-3. R² du modèle: part de variation du phénotype expliquée par le modèle d'association. DL : déséquilibre de liaison entre marqueurs deux à deux. La couleur rose indique la redondance de deux marqueurs dans les résultats.

Variables	SNP	chromosome	Position	P brutes	P corrigé	R^2 modèle	DL (r^2)
	2476706	7	15947844	7,59E-05	8,09E-04	0,0585531	0,105
	1555612	4	17094864	4,90E-04	8,09E-04	0,04843911	0,015
	908812	2	23475380	6,20E-04	8,09E-04	0,04711266	0,015
	2423985	7	12630465	6,79E-04	8,09E-04	0,03748743	0,02
	2286025	6	28256270	7,04E-04	8,09E-04	0,04639861	0,06
bi2013	1094325	3	8838123	7,84E-04	8,09E-04	0,03669901	0,01
	1353437	4	3363345	7,84E-04	8,09E-04	0,03669901	0,01
	1714510	5	4963571	7,84E-04	8,09E-04	0,03669901	0
	2735134	8	12294229	7,84E-04	8,09E-04	0,03669901	0,025
	2899405	8	21356043	7,84E-04	8,09E-04	0,03669901	0
	2382827	7	9502032	8,09E-04	8,09E-04	0,04560325	0,075
	52997	1	3498650	8,25E-09	2,78E-04	0,50281522	0,015
	696292	2	5494791	8,25E-09	7,16E-04	0,50281522	0,035
	803171	2	17358860	8,25E-09	8,15E-04	0,50281522	0,015
	1196231	3	17218787	8,25E-09	8,46E-04	0,50281522	0,04
	2813701	8	16935578	8,25E-09	8,73E-04	0,50281522	0,115
	2815604	8	17107616	8,25E-09	9,18E-04	0,50281522	0,02
	2899197	8	21349210	8,25E-09	9,18E-04	0,50281522	0
	1558694	4	17443049	1,89E-08	9,18E-04	0,53080555	0,03
	1770396	5	10669796	2,42E-08	9,18E-04	0,52588876	0,155
	391616	1	32764095	2,90E-08	9,18E-04	0,52222462	0,025
	744018	2	12465179	2,97E-08	9,30E-04	0,52171637	0,025
bi2014
	130219	1	9568771	3,67E-08	2,71E-07	0,51740732	0,065
	2332591	7	4196554	5,12E-08	2,71E-07	0,51047768	0,03
	696434	2	5517980	5,85E-08	2,71E-07	0,50772301	0,105
	1804746	5	12829814	7,12E-08	2,71E-07	0,50358349	0,065
	959569	2	26153028	7,33E-08	2,71E-07	0,50296355	0,065
	2361655	7	7731551	1,38E-06	2,71E-07	0,38769357	0,015
	2812414	8	16895799	1,20E-05	2,71E-07	0,38262104	0,14
	1411071	4	6480852	1,22E-05	5,52E-07	0,38221702	0,005
	1731541	5	6389281	6,95E-05	6,36E-07	0,33463968	0,045
	245969	1	22805645	2,25E-04	6,51E-07	0,30049862	0,07
	2400827	7	10749405	2,29E-04	6,51E-07	0,30003306	0,045

Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES

93

	1789757 936251 899587 1815607 1896073 753133 760944	5 2 2 5 5 2 2 2	11964259 24949613 22992849 13374348 17641074 13391448 14162479 14961919	2,31E-04 2,87E-04 2,92E-04 3,46E-04 3,77E-04 3,86E-04 5,36E-04 9,92E-04	7,42E-07 7,92E-07 8,55E-07 9,64E-07 9,64E-07 1,65E-05 1,07E-04 1,07E-04	0,2998024 0,29328343 0,24130281 0,28758781 0,28499114 0,28428243 0,27418993 0,25495438	0,045 0,06 0,02 0,11 0,01 0,005 0,045 0,075
	770829
	1656116	5	137069	9,93E-04	1,07E-04	0,254912	0,05
	2881357	8	20416610	1,84E-06	2,65E-04	0,35139735	0,105
	1404117	4	6089798	8,21E-06	4,28E-04	0,31883908	0,015
	738202	2	11696910	1,77E-05	4,28E-04	0,25878224	0,015
	1535794	4	14857780	2,93E-05	4,28E-04	0,28980184	0,015
	253934	1	23725665	3,32E-05	4,84E-04	0,24419981	0,015
	1265950	3	21061645	5,83E-05	4,86E-04	0,2310015	0
	2520827	7	18289542	8,01E-05	5,62E-04	0,26600536	0,03
	618134	1	45612178	9,36E-05	5,90E-04	0,26223616	0,03
	2141594	6	19896693	9,52E-05	5,97E-04	0,26183635	0,015
	1558033	4	17285402	1,22E-04	7,49E-04	0,25585384	0,01
	1374696	4	4368411	1,44E-04	9,92E-04	0,2517357	0,03
	892729	2	22622451	1,45E-04	2,10E-05	0,20918719	0,04
	494323	1	39207841	1,53E-04	8,00E-05	0,2501944	0,025
	142534	1	10608642	1,61E-04	1,11E-04	0,24908551	0,15
	917212	2	23906819	2,09E-04	1,31E-04	0,2002812	0,005
	526236	1	41159623	2,35E-04	1,43E-04	0,23965582	0,15
	1970070	6	3814371	2,36E-04	2,31E-04	0,19735809	0,085
bs2013
	1969058	6	3776663	2,39E-04	2,78E-04	0,2391972	0,1
	1524319	4	13885862	2,70E-04	2,96E-04	0,23620138	0,085
	722527	2	9893704	2,92E-04	2,96E-04	0,23416932	0,05
	2622093	8	897887	3,14E-04	3,37E-04	0,19029893	0,01
	1832824	5	14175610	3,68E-04	3,37E-04	0,22838635	0,1
	1832495	5	14164015	3,77E-04	3,37E-04	0,2277823	0,06
	2116613	6	17332392	4,75E-04	3,41E-04	0,2218953	0,02
	2286025	6	28256270	5,16E-04	3,50E-04	0,21978385	0,06
	1779420	5	11250274	5,45E-04	4,10E-04	0,21835678	0,055
	1714138	5	4950207	6,56E-04	4,31E-04	0,21361984	0,04
	1354763	4	3402060	6,77E-04	4,31E-04	0,21281569	0,085
	1671169	5	1412531	6,79E-04	4,33E-04	0,21273561	0,03
	734362	2	11309807	7,15E-04	4,67E-04	0,1698423	0,015
	1514687	4	13255012	7,24E-04	4,86E-04	0,1695206	0,075
	2878647	8	20301115	7,85E-04	5,19E-04	0,20897367	0,035
	956508	2	25979109	9,09E-04	5,83E-04	0,16382378	0,055
	1498486	4	12044411	9,88E-04	5,90E-04	0,20297428	0,025

Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES

82818

1 5600562

2,45E-05

7,10E-04

0,31247582

0,01

891769

2

22565610

2,45E-05

7,34E-04

0,31247582

0,02

920773

2

24071424

2,45E-05

7,50E-04

0,31247582

0,035

1231942

3

19445130

2,45E-05

8,46E-04

0,31247582

0,035

1428800

4

7454285

2,45E-05

8,46E-04

0,31247582

0,005

1437411

4

8175329

2,45E-05

8,46E-04

0,31247582

0,01

1556964

4

17175614

2,45E-05

8,83E-04

0,31247582

0,005

2063792

6

11414579

2,45E-05

8,90E-04

0,31247582

0,005

2355446

7

6941377

2,45E-05

9,18E-04

0,31247582

0

2538506

7

19230240

2,45E-05

9,42E-04

0,31247582

0,04

2650184

8

3132010

2,45E-05

9,92E-04

0,31247582

0,01

2665136

8

4537748

2,45E-05

1,11E-04

0,31247582

0,01

2695385

8

8281491

2,45E-05

1,11E-04

0,31247582

0,01

2707869

8

10356300

2,45E-05

1,11E-04

0,31247582

0,015

2719075

8

11268956

2,45E-05

1,11E-04

0,31247582

0,005

2728619

8

11850629

2,45E-05

1,11E-04

0,31247582

0,01

2732224

8

12155313

2,45E-05

1,11E-04

0,31247582

0,165

2732608

8

12168313

2,45E-05

1,11E-04

0,31247582

0,23

2739940

8

12791835

2,45E-05

1,11E-04

0,31247582

0,045

2763811

8

14232399

2,45E-05

1,11E-04

0,31247582

0,01

2890298

8

20895676

2,45E-05

1,11E-04

0,31247582

0,01

bs2014

1090574

3

8480269

3,12E-05

1,11E-04

0,35691657

0,025

1947507

6

2196901

5,09E-05

1,11E-04

0,34338524

0,02

683065

2

3845648

5,38E-05

1,11E-04

0,34184819

0,045

1653503

4

29882327

7,98E-05

1,11E-04

0,33069458

0,02

2550173

7

19811127

8,99E-05

1,11E-04

0,32730561

0,095

2835895

8

18063577

1,02E-04

1,11E-04

0,32354335

0,055

860447

2

20854362

1,06E-04

1,11E-04

0,32266039

0,045

206408

1

16740746

1,07E-04

1,11E-04

0,32224853

0,025

2604925

7

22500898

1,14E-04

1,11E-04

0,32053942

0,035

849088

2

20312541

1,17E-04

1,11E-04

0,31980353

0,055

2273150

6

27573560

1,20E-04

1,11E-04

0,31903664

0,06

1082676

3

7398870

1,21E-04

1,37E-04

0,31880483

0,015

486082

1

38300278

1,25E-04

2,09E-04

0,31787155

0,01

1319547

4

1680882

1,26E-04

2,18E-04

0,31747317

0,045

466741

1

37122377

1,27E-04

2,78E-04

0,31729388

0,045

874283

2

21620220

1,30E-04

2,95E-04

0,31658065

0,03

733897

2

11254109

1,38E-04

3,12E-04

0,31490514

0,01

2377038

7

9079071

1,43E-04

3,16E-04

0,31378916

0,01

212251

1

17804024

1,44E-04

3,16E-04

0,31371398

0,075

136213

1

10189175

1,45E-04

3,33E-04

0,31350008

0,275

1275769

3

21473789

1,47E-04

3,37E-04

0,31298521

0,135

1337225

4

2578994

1,48E-04

3,37E-04

0,31293104

0,09

94

Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES

95

Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES

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96

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Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES

ln_bi_1_14

ln_lgc_1_13

ln_lge_1_13

ln_lge_1_14

sevmed13

sevmed14

97

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929219	2	24508541	8,10E-04	9,42E-04	0,20816243	0,135

Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES

98

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	230787	1	21295573	5,22E-04	6,07E-04	0,21947982	0,18
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SevReglog13	2209184	6	24202531	6,49E-04	9,30E-04	0,17226678	0,01
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	1184668	3	16465701	8,18E-04	9,37E-04	0,2078881	0,035
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	2574030	7	21044552	9,86E-04	9,92E-04	0,20302481	0,07

99

Mlle HADJ BRAHIM Mouna ANNEXES

5

4

A0654

3

A2204

A0544

lgc2014

A1711

2

lge2014

1

0

A0892

-1

A2311

A1793

A1956

-2

A2137

A0660_kanna

A1314

-3

-4

-6 -5 -4 -3

5 6 7

F1 (31,26 %)

F2 (21,29 %)

-2 -1 0 1 2 3 4

Biplot (axes F1 et F2 : 52,55 %)

A2343

A2205A0634 A0804
bi2014 A1729 A0665

bs2014 A0539

A2340 A1453_kanna A0862

A2219 sevmoy14 A0882 A0500

A1267_kanna A1811

sevmed14

A1693 A1343 A1939 cribmoy14

A0300 A2156 A2129

A2217 A2346

A1236 A0157

A1814

A1809

A0039

1

lgc2014

lge2014

0,75

0,5

0,25

bi2014

sevmed14 cribmoy14

bs2014

sevmoy14

0

-0,25

-0,5

-0,75

-1

F1 (31,26 %)

F2 (21,29 %)

-1 -0,75 -0,5 -0,25 0 0,25 0,5 0,75 1

Variables (axes F1 et F2 : 52,55 %)

Annexe IX : ACP sur l'ensemble des variables mesurées en 2014 sur rameaux et feuilles sur 76 accessions du panel de Ressources Génétique ré-séquencées - A : nuage des individus selon les 2 axes principaux. B : Représentation des variables selon les 2 axes principaux