Memoire Online - Recherche et validation de résistance génétique au dépérissement bactérien causé par pseudomonas syringae chez l'abricotier.

Les analyses conduites sur la population BerBa restent très préliminaires car elles reposent sur des cartes génétiques trop lâches. Toutefois des éléments d'intérêt apparaissent:

Allèles de Bakour : une zone significative ressort de l'analyse de cartographie d'intervalle simple et composite sur la variable ln bs2013 (LOD score respectivement de 22,1 et 19,88). Elle est localisée à 14,5cM du GL8 entre les marqueurs CPPCT006 et UDAP98-409. L'intervalle de confiance autour de cette position est de 5,1cM. Le pourcentage de variation expliqué par le QTL est faible, de 7,34%.

Deux zones sont en limite de significativité selon les deux méthodes d'analyse pour deux variables. Pour lge2013, elle se situe sur le GL1-a en position de 40cM encadrée par les marqueurs bga_002_111.pca et PGS1.21 avec un LOD score de 2,88. Cette zone est significativement liée avec le marqueur bga_002_111.pca avec un r² de 0,003. Pour bi2013, cette zone se situe à 21,1cM au niveau de GL1-b sur le marqueur BPPCT011 dont lequel l'analyse par marqueur révèle une forte liaison de ce dernier avec le caractère bi2013 avec r² de 0,01.

Allèles de Bergeron: aucun QTL n'a pu être mis en évidence sur les variables mesurées (lgc, lge, bs, bi en 2013 et 2014). Deux zones en limite de significativité ont pu être détectées, la première correspond à la variable lge2013 située à 35,1cM du GL1-a au niveau du marqueur AMPPG016, fortement lié au QTL (r² de 0,003) avec un LOD score de 2,09 et expliquant 9,8% de la variabilité. Le second correspond à lgc2013 à 62,1cM du GL6 avec un LOD score de 2,39 à proximité du marqueur EPPCU4092.

Une analyse des données obtenues sur les rameaux témoins inoculés à l'eau a pu mettre en évidence la cohérence des résultats et ainsi confirmer que les QTLs détectés notamment pour le bruissement ne sont pas liés aux effets de blessure.

2.1.2 Etude de la resistance à Pseudomonas syringae sur feuilles au sein de la population GoMo

On dispose des cartes génétiques des parents ainsi que de 120 et de 94 marqueurs répartis respectivement sur les 8 chromosomes pour Goldrich et Moniqui. L'effet individuel de chaque QTL sur la variabilité phénotypique (R²) a été donné par le modèle. Les caractéristiques des différents QTLs détectés dans la descendance GoMo sont rassemblées dans le tableau 18.

Des QTLs ont été détectés pour la sévérité (SevMoy, SevMed, et SevRegLog), ils se positionnent surtout sur GL4 et GL1 avec une redondance de quelques marqueurs;

- UDAp416 explique 19,2% et 17,4% de la variabilité phénotypique respectivement pour SevMoy2013 et SevRegLog2013.

Pour la criblure, trois zones ressortent de l'analyse en cartographie d'intervalle composite sur les GL1 et GL3 avec des LOD score de 2,93 à 5,34, ils n'expliquent toutefois qu'une faible part de la variabilité phénotypique observée (de 1% à 1.9%).

La cartographie d'intervalle ne révèle pas d'autre zone significative. Allèle de Moniqui :

Plusieurs zones ressortent de l'analyse de cartographie d'intervalle et de d'intervalle composite sur les groupes de liaisons 2, 7 et 8.

Les marqueurs ECU3216m (GL8) et UDAp478 (GL7) ressortent dans les deux types d'analyses, et chacun est impliqué dans les deux notes de sévérité (SevMoy2013 et SevRegLog2013). La part de variation phénotypique au QTL est respectivement 18,6% et 18,16 en moyenne.

Un QTL localisé au niveau du marqueur AMPA95m sur GL2 est impliqué dans les caractères sévérité (SevRegLog2013) et criblure (CribRegLog2013), il explique respectivement 5,8% et 5,9% de la variabilité observée. Une région chromosomique semble stable d'une année à une autre chez les deux parents, elle est impliquée pour le

caractère sévérité (SevMed2013 et SevMed2014) est localisée au niveau du marqueur UDAp470 sur le GL8.

Tableau 18: QTLs détectés pour les symptômes de sensibilité bactérienne sur feuilles dans la population hybride Goldrich x Moniqui de 196 individus par Interval mapping (IM) et composite interval mapping (CIM).

Caractère	parent				IM			CIM
Caractère	parent	marqueur	GL	P_valeur (r2)	position (cM)	LOD	R2	position (cM)	LOD	R²
Sevmed 2014	Goldrich	UDAp470	8	0,033 *	-	-	-	16	3,31	5,2
Sevmed 2013		Pgms2m UDAp471B AMPA94 CPPTCT34m	4 1 1 1	0,821 0,187 0,164 0,049 *	- - - -	- - - -	- - - -	5,5 37,5 46 55,2	3,88 3,42 3,2 4,25	3,4 2 2,2 4,5
Sevmoy 2013		UDAp416 pgms5m	4 4	1.e-05 ** 5e-04 *	48,9 25	4,25 2,74	19,2 13,3	- -	- -	- -
Sevmoy 2013		ECU1775	4	4 e- 04****	-	-	-	52	3,33	17,4
SevRegLog 2013		UDAp416 DAp405 ECU1775 AMPA121m	4 2 4 6	1e-05 ** 0,002 7 e-05 **** 0,256	45,7 - -	3,81 - -	17,4 - -	- 0,1 51,7 66,1	- 4,47 4,89 2,72	- 8,7 16,9 1,5
CribRegLog 2013		CPSCT24m UDAp446m UDAp436	1 3 3	0,202 0,916 0,33	- - -	- - -	- - -	54,2 17,6 36	5,34 2,93 3,9	1,9 1 1,1
Sevmed 2013	Moniqui	UDAp470	8	0,071	-	-	-	33	2,53	17,4
Sevmoy 2013		UDAp424A UDAp478 ECU3216m	5 7 8	5e-04 * 4 e-5 1 e-5**	0,1 66,9 0,1	2,65 3,66 4,13	8 e- 4 17,9 19,2	- 0,1	- 3,4	- 19,2
SevRegLog 2013		UDAp457 UDAp478	2 7	0,835 3 e- 05****	58,2 66,9	2,66 3,76	0,5 18,3	66,7	5,13	18,3
SevRegLog 2013		ECU3216m	8	5e-05 ***	0,1	3,6	17,4	-	-	-
SevRegLog 2013		AMPA95m	2	5e-04 ***	-	-	-	58,1	2,57	5,8
CribRegLog 2013		AMPA95m	2	9 e-3 **	58,1	2,58	5,9	58	2,85	5,9

*Les symboles* indiquent le niveau de significativité. R² : part de variation du phénotype expliquée par marqueur. r²: significativité de liaison entre marqueur et QTL. La couleur rose indique la redondance de deux marqueurs dans les résultats. La couleur verte indique un marqueur identifié en 2013 et 2014.

Recherche et validation de résistance génétique au dépérissement bactérien causé par pseudomonas syringae chez l'abricotier.

2. Analyse de la résistance de l'abricotier à P.syringae - recherche des régions du génome impliquées.

2.1 Analyse de liaison dans les populations biparentales pour la sensibilité à P. syringae sur rameaux et sur feuilles

2.1.1 Etude de la résistance à Pseudomonas syringae sur rameaux au sein de la population BerBa