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Recherche et validation de résistance génétique au dépérissement bactérien causé par pseudomonas syringae chez l'abricotier.

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par MOUNA HADJ BRAHIM
Institut Agronomique Méditerranéen de Saragosse Espagne - Master amélioration génétique végétale 2014
  

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RESUMEN

Entre los cultivos frutales, el albaricoque tiene un desarrollo importante a nivel europeo y muy particularmente en Francia. El factor limitante a dicho cultivo en la zona septentrional es la extrema sensibilidad de la especie a la bacteriosis causada por Pseudomonas syringae y la ausencia de tratamientos fitosanitarios para luchar contra la enfermedad. La creación de nuevas variedades del albaricoque que contengan los factores de resistencia a esta enfermedad representa entonces una problemática prioritaria para asegurar la durabilidad del sector.

En este contexto, un panel de recursos genéticos y dos poblaciones biparentales (Berba y GoMo) fueron movilizados para estudiar la sensibilidad de los tejidos de ramas y hojas gracias a una serie de inoculaciones controladas por una suspensión patógena de P. syringae pv. syringae (cepa 41A) en condiciones climáticas naturales. Los datos fenotípicos muestran (i) que existían potencialmente fuentes de resistencia dentro del germoplasma albericoque y (ii) que los compuestos de resistencia estaban bajo control poligenético y que eran fuertemente influenciados por las condiciones climáticas.

La confrontación de los datos fenotípicos sobre los datos de genotipado disponibles: una carta genética basada en marcadores SSR (Single Sequence Repeat) para las poblaciones biparentales y datos SNP (Single Nucleotide Polymorphism) provenientes de la secuenciación de 76 accesiones dentro de la colección, permitió (i) de identificar los QTL y (ii) de poner en evidencia las asociaciones (264) entre SNP y caracteres de sensibilidad. Sin embargo, estos datos preliminares requieren ser consolidados. No obstante permiten la consideración a futuro de trabajos de selección asistida por marcadores moleculares (SAM).

Palabras clave: albaricoque, bacteriosis, Pseudomonas syringae, inoculación, vascularización, ramas, hojas, Single Sequence Repeat, Single Nucleotide Polymorphism, análisis de enlace, análisis de asociación, recursos geneticos, herencia.

Mlle HADJ BRAHIM Mouna SUMMARY

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SUMMARY

Among the fruit crops, apricot knows an important development at the European level and in France in particular. However its cultivation is limited in the French Rhône valley by the extreme sensitivity to bacterial canker caused by Pseudomonas syringae and by the lack of phytosanitary treatment to prevent the disease. The creation of new varieties of apricot carrying resistance factors for this disease represents therefore, a priority stake for the sustainability of the sector.

In this context, a panel of genetic resources and two parent populations (Berba and GoMo) were mobilized to study tissue sensitivity of branches and leaves after controlled inoculations with a pathogenic isolate of P. syringae pv. syringae (strain 41A) in natural climatic conditions. The phenotyping data showed (i) that there were potential sources of resistance within the apricot germplasm and (ii) that the resistance components were under polygenic control and strongly influenced by the climatic factors.

The association in between the phenotyping datasets and the genotyping datasets (genetic map based on SSR markers (Single Sequence Repeat) for the two-parent and SNP data (Single Nucleotide Polymorphism) issued from the re-sequencing of 76 accessions), allowed (i) to identify QTL and (ii) to highlight associations (264) between SNP and traits of sensitivity. These preliminary data still need to be consolidated. Nevertheless, they open new opportunities based on the integration of the related resistance components through Assisted Selection Markers (SAM) approaches.

Keywords: apricot, bacterial canker, Pseudomonas syringae, inoculation, vascularization, shoots, limbs, Single Sequence Repeat, Single Nucleotide Polymorphism, linkage analysis, association analysis, genetic resources, heredity.

Mlle HADJ BRAHIM Mouna LISTE DES TABLEAUX

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