SOMMAIRE
Pages
RESUME iv
RESUMEN v
SUMMARY vi
LISTE DES TABLEAUX vii
LISTE DES FIGURES ix
LISTE DES ABREVIATIONS x
INTRODUCTION GENERALE 1
ANALYSE BIBLIOGRAPHIQUE 4
1. L'abricotier, Prunus armeniaca 4
1.1 Description taxonomique et botanique de l'espèce 4
1.2 Origine et aires de répartition 4
1.3 Diversification variétale 5
1.4 Importance économique de la culture 6
1.5 Contraintes biotiques et abiotiques 6
2. Le chancre bactérien 7
2.1 Agent causal 7
2.2 Dégâts économiques 14
2.3 Symptômes 14
2.4 Epidémiologie 15
2.5 Sensibilité variétale 17
2.6 Sources de résistance 18
2.7 Mécanismes de résistance : 19
ii
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3. Les facteurs influençant le développement du
chancre bactérien 27
3.1 Facteurs pédoclimatique et agronomique 27
3.1.1 Influence du climat 27
3.1.2 Influence de porte greffe et hauteur de greffage 28
3.1.3 Influence du type de sol 28
3.1.4 Influence des pratiques culturales 29
MATERIEL ET METHODES 32
1. Matériel végétal 32
2. Méthodes 33
a. Dispositif expérimental
33
b. Inoculations 33
3. Phénotypage 34
4. Génotypage 35
5. Analyses statistiques 36
RESULTATS ET DISCUSSION 40
1. Sensibilité variétale de l'abricotier à
P.syringae - éléments de phénotypage 40
1.1 Analyses des réactions aux inoculations sur rameaux
40
1.1.1 Caractérisation de la sensibilité de la
population biparentale BerBa 40
1.1.2 Caractérisation de la sensibilité des
variétés de la core-collection 45
1.2 Analyses des réactions aux inoculations sur feuilles
50
1.2.1 Caractérisation de la sensibilité de la
population biparentale GoMo 50
1.2.2 Caractérisation de la sensibilité
observée au sein de la core-collection: 54
2. Analyse de la résistance de l'abricotier à
P.syringae - recherche des régions du
génome impliquées 58
2.1 Analyse de liaison dans les populations biparentales pour la
sensibilité à
P. syringae sur rameaux et sur feuilles 58
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iii
2.1.1 Etude de la résistance à Pseudomonas
syringae sur rameaux au sein de la
population BerBa 58
2.1.2 Etude de la resistance à Pseudomonas syringae
sur feuilles au sein de la population GoMo 59
2.2 Analyse d'association dans le panel de RG constitué
de 76 accessions re-
séquencées pour la sensibilité à P.
syringae observée sur rameaux et feuilles 61
3. Discussion et perspectives 63
CONCLUSION 72
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES 73
ANNEXES 85
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iv
RESUME
Parmi les cultures fruitières, l'abricotier
connaît un développement important au niveau Européen et en
France tout particulièrement. Le principal facteur limitant la culture
en zone septentrionale est l'extrême sensibilité de
l'espèce au dépérissement bactérien causé
par Pseudomonas syringae et l'absence de traitements phytosanitaires
pour lutter contre la maladie. La création de nouvelles
variétés d'abricot portant des facteurs de résistance
à cette maladie, représente donc un enjeu prioritaire pour
assurer la durabilité de la filière.
Dans ce contexte un panel de ressources
génétiques et deux populations biparentales (BerBa et GoMo) ont
été mobilisés pour étudier la sensibilité
tissulaire des rameaux et des feuilles suite à des inoculations
contrôlées avec un isolat pathogène de P. syringae pv.
syringae (souche 41A) en conditions climatiques naturelles. Les
données de phénotypage ont montré (i) qu'il existait des
sources de résistance potentielles et (ii) que les composantes de
résistance étaient sous contrôle polygénique et
fortement influencées par les conditions climatiques.
L'adossement des données de phénotypage sur les
données de génotypage disponibles: cartes
génétiques basées sur des marqueurs SSR (Single Sequence
Repeat) pour les populations bi-parentales et données SNP (Single
Nucleotide Polymorphism) issues de re-séquençage pour la
collection (76 accessions), ont permis (i) d'identifier des QTL et (ii) de
mettre en évidence des associations (264) entre SNP et caractères
de sensibilité. Ces données préliminaires demandent encore
à être consolidées. Elles permettent néanmoins
d'envisager à terme la mise en oeuvre de travaux de Sélection
Assistée par Marqueurs (SAM)
Mots-clés: abricotier, chancre bactérien,
criblure bactérienne, Pseudomonas syringae, inoculation,
vascularisation, rameaux, limbes, Single Sequence Repeat, Single Nucleotide
Polymorphism, analyse de liaison, analyse d'association, ressources
génétiques, hérédité.
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