Memoire Online - Recherche et validation de résistance génétique au dépérissement bactérien causé par pseudomonas syringae chez l'abricotier.

La distribution des variables lgc, lge, bs et bi au sein de la descendance BerBa est représentée dans le tableau 6. Les courbes sont caractérisées par des distributions continues suggérant l'existence de contrôles polygéniques pour les variables observées au cours des 3 années. La disposition des parents traduit d'une part l'existence de composantes de résistance chez la variété Bakour et d'autre part l'existence d'une transgression au sein de la population avec présence d'hybrides plus résistants que le parent `Bakour'. Le « brunissement superficiel» est caractérisé par des valeurs singulièrement faibles en 2014, ce qui n'est pas le cas du « brunissement interne » qui demeure stable pendant les deux années.

Une ACP a été réalisée sur le jeu de données complet. La figure 4 résume les projections des variables et des individus sur les deux premiers axes qui représentent 62% de la variabilité et la matrice des corrélations est présentée dans le tableau 7. La figure 4 traduit l'importance de l'effet année qui structure fortement la diversité observée. En effet les variables de 2013 contribuent le plus à l'axe 1 et expliquent plus de 42 % de la variabilité tandis que celles de 2014 sont expliquées préférentiellement par l'axe 2 suggérant ainsi un effet environnement (année) sur l'expression des symptômes sachant que les inoculations avaient été réalisées avec la même souche et à la même concentration. Ceci peut être confirmé par la matrice de corrélation qui montre:

- Une faible corrélation entre les variables de 2013 et 2014 (en bleu) sauf pour la variable « bi » avec R=0,486.

- Une corrélation moyenne entre les variables d'une même année surtout en 2013. - Un comportement particulier de « bi » qui se distingue des autres réactions.

En 2013 comme en 2014, les réactions suite aux inoculations sur rameaux montrent une différence significative entre les rameaux inoculés avec la suspension bactérienne et les rameaux témoins (Test de Wilcoxon, p-value < 2.2e-16) quelles que soient les variables.

Les notes de Bakour montrent que ce dernier est plus tolérant que Bergeron, mais la différence n'est significative que pour le caractère `brunissement interne'. En effet les valeurs aussi bien pour Bakour que pour Bergeron ont pratiquement doublés entre 2013 et 2014 (effet année avec p-valeur<0.05). Les valeurs mesurées des deux parents confirment le caractère contrasté entre Bakour et Bergeron dans l'ensemble des notes.

Tableau 6: Distribution de l'intensité des symptômes de sensibilité des hybrides de la population BerBa suite à une inoculation bactérienne sur rameaux en 2013 et 2014. Les distributions portent sur les moyennes de 5 rameaux testés par individu. Mesures en centimètres

Figure 4: Représentation synthétique des données de sensibilité tissulaire mesurées sur rameaux suite à une inoculation bactérienne - ACP des variables mesurées en 2013 et 2014 sur rameaux au sein de la population BerBa (moyennes par individus des 5 rameaux, 211 individus.

A : nuage des individus (moyennes sur 5 rameaux) selon l'axe 1 et 2 de l'ACP. B : représentation des variables mesurées en 2013 et en 2014.

Tableau 7: Matrice de coefficient de corrélation de Pearson des variables mesurées sur rameaux dans la

	lgc2014	lge2014	bs2014	bi2014	bi2013	bs2013	lgc2013	lge2013
lgc2014	1
lge2014	0,406	1
bs2014	0,196	0,156	1
bi2014	0,290	0,157	0,154	1
bi2013	-0,083	-0,169	-0,024	0,486	1
bs2013	0,110	0,068	0,193	0,340	0,546	1
lgc2013	0,202	0,113	0,188	0,380	0,525	0,796	1
lge2013	0,100	0,000	0,150	0,358	0,571	0,748	0,867	1

*La couleur rose indique la forte corrélation entre les variables et la couleur bleu indique les faibles corrélations entre variables d'une année à l'autre.

L'analyse de la variance critère par critère a mis en évidence, de façon hautement significative, un effet génotype et un effet année pour l'ensemble des variables. L'interaction génotype x année n'est significative que pour la variable lgc.

Tableau 8: Synthèse des analyses statistiques effectuées suite aux inoculations des rameaux au sein de la population hybride Bakour x Bergeron (5 répétitions, 224 individus)

Variables

2013

2014

2013 et 2014

lgc

lge

lgc

lge

lgc

lge

Effet de l'année

2,2 e-16

Effet du génotype

2,2 e-16

0,002

2,8611e-16

2,2 e-16

2,957e-15

2,2 e-16

Effet interactions GxE (Génotype x Année)

4,5 e-06

Effet diamètre du rameau

0,0004

2,708 e-05

0,0007

0,003

Distribution normale (shapiro)

non

Homoscédasticité % an

0,613

0,0184

2,2 e-16

2,64 e-06

Homoscédasticité % génotype

0,713

0,990

0,879

0,994

0,990

0,993

0,997

Comparaison % témoin (wilcoxon)

2,2 e-16

Moyenne de la population (cm)

4,94#177;2,60

3,57#177;2,05

7,55#177;4,98

17,61#177;14,36

3,69#177;1,73

2,85#177;2,24

2,80#177;5,45

28,35#177;14,21

Différence entre parents (wilcoxon)

0,110

0,056

0,268

0,011

0,088

0,969

0,101

0,007

3,24e-08

0,0356

1,77e-07

1,65e-05

Moyenne Bergeron (cm)

9,5#177;4,16

5,9#177;2,07

15,8#177;8,22

42,5#177;11,43

2,54#177;1,10

2,5#177;0,97

2,07#177;3,36

32,4#177;13,93

Moyenne Bakour (cm)

6,1#177;2,6

3,85#177;4,58

9,9#177;5,13

22,35#177;7,69

3,52#177;1,11

2,61#177;0,44

0,26#177;0,82

13,76#177;6,59

NS : non significatif, % : par rapport à ; #177; indique l'écart-type, lgc : longueur du chancre; lge : longueur de la blessure; bs : brunissement superficiel; bi: brunissement interne.

Recherche et validation de résistance génétique au dépérissement bactérien causé par pseudomonas syringae chez l'abricotier.

RESULTATS ET DISCUSSION

1. Sensibilité variétale de l'abricotier à P.syringae - éléments de phénotypage

1.1 Analyses des réactions aux inoculations sur rameaux

1.1.1 Caractérisation de la sensibilité de la population biparentale BerBa